Název: Alignment-free Visualization of Metagenomic Data by Genomic Signal Processing
Autoři: Kupková, Kristýna
Typ dokumentu: Příspěvky z konference
Jazyk: eng
Nakladatel: Vysoké učení technické v Brně, Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstrakt: Alignment-free visualization of metagenomic data without prior knowledge about organism composition is one of the major issues in metagenomic bioinformatics. Such a visualization method must place fragments from one organism in close proximity to each other, be reproducible and with rapidly increasing amount of data also work ideally in linear time. A novel technique fulfilling all of these requirements is introduced in this paper. The method is based on transformation of genomic sequence into phase signal representation with extraction of three Hjorth’s descriptors forming three dimensional space for visualization.
Klíčová slova: Hjorth’s descriptors; metagenome; numerical representation; visualization
Zdrojový dokument: Proceedings of the 22nd Conference STUDENT EEICT 2016, ISBN 978-80-214-5350-0

Instituce: Vysoké učení technické v Brně (web)
Informace o dostupnosti dokumentu: Plný text je dostupný v Digitální knihovně VUT.
Původní záznam: http://hdl.handle.net/11012/83931

Trvalý odkaz NUŠL: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-383649


Záznam je zařazen do těchto sbírek:
Školství > Veřejné vysoké školy > Vysoké učení technické v Brně
Konferenční materiály > Příspěvky z konference