Název:
Lokalizace maternálních RNA v časném vývoji
Překlad názvu:
The localization of maternal RNAs during early development
Autoři:
Kováčiková, Petra ; Šindelka, Radek (vedoucí práce) ; Děd, Lukáš (oponent) Typ dokumentu: Diplomové práce
Rok:
2018
Jazyk:
eng
Abstrakt: [eng][cze] The maternal determination of a developmental plan has been described in many animal species. The most well-known examples are found in the embryogenesis of C. elegans and D. melanogaster. In vertebrates, these studies are often limited by the size of oocytes to just a small subset of model organisms. The most comprehensive research can be found dealing with the early development in the frog, Xenopus laevis. Its oocytes, displaying differently pigmented animal and vegetal hemispheres, are patterned by an asymmetric distribution of maternal factors. These proteins and RNAs of maternal origin are stored in the oocyte and provide the only source of cell differentiation until the zygotic genome activation. Here, we address the role of RNA localization in this process. We assessed the localization patterns of both, maternal mRNAs and lncRNAs and found that, in addition to protein coding transcripts, lncRNAs also form concentration gradients along the animal-vegetal axis. Furthermore, using RT-qPCR tomography, we have now been able to demonstrate a difference between actively localized extremely animal group and spontaneously localized animal group of transcripts, a distinction emerging from the transcriptome characterization performed in our laboratory. Additionally, we found that the extremely animal...Maternálny vplyv na skorý vývoj je známy u mnohých živočíchov, predovšetkým z embryogenézy C. elegans a D. melanogaster. Výskumy tohto typu u stavovcov sú limitované najmӓ rozmerom vajíčok, obmedzujúc výber vhodných modelových organizmov. Výhodným modelom pre výskum vplyvu maternálnych determinantov na skorý embryonálny vývoj sú veľkorozmerné vajíčka Pazúrnatky vodnej (Xenopus laevis) s ľahko rozlíšiteľnou tmavou (animálnou) a svetlou (vegetatívnou) hemisférou. Animálne - vegetatívna (A-V) os tvorí základ pre tvorbu gradientov kľúčových biomolekúl. Proteíny a RNA maternálneho pôvodu, uskladnené vo vajíčku z obdobia oogenézy, sú jediným prostriedkom pre bunkovú diferenciáciu až do aktivácie genomu zygoty. Táto práca sa zameriava na úlohu RNA lokalizácie v danom procese. Stanovením lokalizačných profilov vybraných maternálnych transkriptov sme zistili, že okrem mRNA pozdĺž A-V osi aktívne lokalizujú aj dlhé nekódujúce lncRNA. Pomocou RT-qPCR tomografie sme taktiež boli schopní detegovať rozdiel medzi extrémne animálnou skupinou transkriptov, ktorá je lokalizovaná aktívne, a animálnou skupinou transkriptov. Tento výsledok bol predikovaný nedávnou trankriptomovou analýzou vykonanou našou skupinou. V závere ukazujeme úlohu extrémne animálne lokalizovaných transkriptov v špecifikácii ektodermálnej línie...