Název:
Konzervace pozice genů v bakteriálních genomech
Překlad názvu:
Gene order conservation in bacterial genomes
Autoři:
Martinková, Tereza ; Sedlář, Karel (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce) Typ dokumentu: Bakalářské práce
Rok:
2018
Jazyk:
cze
Nakladatel: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstrakt: [cze][eng]
Teoretická část práce se zabývá základními pojmy jako bakteriální genom, komparativní genomika a synteny bloky. Je zde vysvětleno, co synteny je a v čem spočívá její důležitost. Dále je v teoretické části zmíněn GenBank formát, jeho obsah a využití. Praktická část je zaměřena na vyhledávání podobností v sekvencích DNA referenční bakterie s vybranou bakterií, jejich setřídění pomocí hladového algoritmu a zobrazení podobnosti fylogenetickým stromem.
Theoretical part of the thesis deals with basic concepts such as bacterial genome, comparative genomics and mainly synteny blocks. Here is explained what synteny is and what is its importance. In the theoretical part, the GenBank format is also mentioned, its content and usage. The practical part is focused on searching similarities in DNA sequences of reference bacteria with selected bacteria, their sorting by means of greedy algorithm and visualization of similarities using phylogenetic tree.
Klíčová slova:
breakpointová metoda; CDS; DNA; fylogenetika; Gen; genom; komparativní genomika; synteny; breakpoint method; CDS; comparative genomics; DNA; Gene; genome; phylogenetics; synteny
Instituce: Vysoké učení technické v Brně
(web)
Informace o dostupnosti dokumentu:
Plný text je dostupný v Digitální knihovně VUT. Původní záznam: http://hdl.handle.net/11012/82364