Original title: Experimentální ověření in silico predikovaného vazebného proteinu k transkripčnímu faktoru FOXO4 a analýza transkriptomu nádorů močového měchýře
Translated title: Experimental verification of in silico predicted protein binder to FOXO4 transcription factor and transcriptome analysis of bladder cancer
Authors: Tauš, Petr ; Drbal, Karel (advisor) ; Převorovský, Martin (referee)
Document type: Master’s theses
Year: 2017
Language: eng
Abstract: [eng] [cze]
This diploma thesis includes an experimental and a bioinformatic part. The two parts are linked together through the subject of transcription factors of 'forkhead box O' (FOXO) family. FOXO transcription factors have a key role in many cellular processes including cell cycle regulation, apoptosis and metabolism. For a long time, they have been considered strictly as the tumor-suppressors yet a growing number of evidence is pointing out to their pro-tumorigenic role. In consequence FOXO transcription factors are studied intensively as potential therapeutic targets in cancer. In the past decade, in silico prediction of protein-protein interactions has become popular in basic research as well as in drug development. Nonetheless, the predicted structures are still far from fitting to the expected behavior of the respective biomolecules. In the experimental part of this thesis, I verified the interaction of four in silico predicted protein binders based on naturally occurring PDZ domain with FOXO4 using microscale thermophoresis. Non-invasive bladder tumors represent a heterogeneous disease where reliable prediction of tumor aggressiveness is still lacking despite an intensive research. In the bioinformatic part of this thesis, I described the cellular composition of the tumor microenvironment and demonstrated... Tato diplomová práce je rozdělená na experimentální a bioinformatickou část, které jsou spolu provázány přes transkripční faktory z rodiny 'forkhead box O' (FOXO). FOXO mají klíčovou roli v mnoha buněčných procesech, jako například v regulaci buněčného cyklu, apoptózy a metabolismu. Dlouhou dobu byly považovány pouze za nádorové supresory, ale vzrůstající počet studií poukazuje i na jejich pronádorovou roli. Z tohoto důvodu jsou intenzivně studovány jako potenciální terapeutické cíle v nádorových onemocněních. In silico predikce protein-protein interakcí se v poslední dekádě těší vzrůstající oblibě jak v základním výzkumu, tak při vývoji nových léčiv. Nicméně výsledky v mnoha případech stále nejsou dostatečně přesné při srovnání s očekávanými vlastnostmi predikovaných biomolekul. V této práci jsem pomocí termoforézy v malém měřítku ověřil vazbu čtyř in silico predikovaných vazebných proteinů, založených na přirozeně se vyskytující PDZ doméně k transkripčnímu faktoru FOXO4. Neinvazivní nádory močového měchýře představují heterogenní onemocnění, u kterého se i přes veškeré snahy stále nedaří přesně predikovat agresivita daného nádoru. V bioinformatické části této práce jsem na základě transkriptomických dat z pacientských vzorků nádorů močového měchýře popsal složení nádorového mikroprostředí a určil...
Keywords: alternative binding proteins; bladder cancer; cancer progression prediction; FOXO; FOXO4; in silico prediction; inhibitor; NMIBC; para-inflammation; PDZ; RNA-Seq; trancription factor; tumor microenvironment; alternativní vazebné proteiny; FOXO; FOXO4; inhibitor; NMIBC; nádorové mikroprostředí; nádory močového měchýře; parazánět; PDZ; predikce in silico; předpověď progrese nádorů; RNA-Seq; transkripční faktor

Institution: Charles University Faculties (theses) (web)
Document availability information: Available in the Charles University Digital Repository.
Original record: http://hdl.handle.net/20.500.11956/91243

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-367766


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Charles University > Charles University Faculties (theses)
Academic theses (ETDs) > Master’s theses