Original title: Charakterizace molekulárních mechanismů reiniciace translace v kvasinkách.
Translated title: Characterization of the molecular mechanism of translation reinitiation in yeast.
Authors: Pondělíčková, Vanda ; Valášek, Leoš (advisor) ; Hašek, Jiří (referee) ; Vopálenský, Václav (referee)
Document type: Doctoral theses
Year: 2014
Language: eng
Abstract: [eng] [cze]
Translation initiation is a multi-step process culminating in formation of the elongation- competent 80S ribosome. It requires accurate assembly of small and large ribosomal subunits, mRNA, initiation Met-tRNAi Met and at least 12 eukaryotic initiation factors (eIFs). This phase of protein synthesis is also one of the key points of regulation of gene expression. One of the main aims of our laboratory is a complex characterization of the multiprotein eIF3 complex that has been implicated in most of the steps of translation initiation. For example, we revealed and described its novel role in translation reinitiation (REI), a gene-specific translational control mechanism that among others governs expression of an important yeast transcriptional activator GCN4. Here I present a detailed characterization of the multi-functional N-terminal domain of Tif32 (subunit eIF3a). We demonstrated that the Tif32-NTD functionally interacts with the 5' sequences of short upstream ORF (uORF1) in the GCN4 mRNA leader and thus allows efficient reinitiation downstream of this critical reinitiation-permissive uORF. Four REI- promoting elements (RPEs) were identified in the 5' sequences of uORF1, two of which were shown to work in the Tif32-NTD-dependent manner. The structure of the 5' sequences was determined... Iniciace translace je několika stupňový proces končící sestavením 80S ribozomu umožňujícího elongaci. Při tomto procesu se musí bezchybně složit velká a malá podjednotka ribozomu, mRNA, iniciační Met-tRNAi Met a nejméně 12 eukaryotických iniciačních faktorů (eIF). Tato fáze výroby proteinů je také klíčovým místem pro regulaci genové exprese. Naše laboratoř se zaměřuje zejména na iniciační faktor eIF3, který je tvořen více proteiny a uplatňuje se ve většině fází iniciace translace. Odhalili jsme a popsali roli eIF3 v reiniciaci, genově specifickém mechanismu kontroly translace, uplatňujícím se i v regulaci exprese důležitého kvasinkového transkripčního faktoru GCN4. V této práci přináším detailní studii N-terminální domény proteinu Tif32 (podjednotka eIF3a), která umožňuje několik funkcí. Předně ukazujeme, že Tif32-NTD funkčně interaguje s 5' sekvencí krátkého předcházejícího ORF (uORF1) v GCN4 mRNA a umožňuje tak následnou účinnou reiniciaci. V 5' sekvenci uORF1 byly identifikovány čtyři elementy podporující reiniciaci (REI-promoting elements, RPEs) a dva z nich působí v součinnosti s Tif32-NTD. Struktura 5' oblasti byla počítačově modelována a následně experimentálně potvrzena. Společný strukturní motiv byl nalezen i v 5' sekvenci dalšího kvasinkového genu YAP1, který rovněž obsahuje uORF...
Keywords: eIF3; GCN4; reinitiation; Saccharomyces cerevisiae; translation; translation initiation; eIF3; GCN4; iniciace translace; reiniciace; Saccharomyces cerevisiae; translace

Institution: Charles University Faculties (theses) (web)
Document availability information: Available in the Charles University Digital Repository.
Original record: http://hdl.handle.net/20.500.11956/66508

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-335644


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Charles University > Charles University Faculties (theses)
Academic theses (ETDs) > Doctoral theses