Original title: Složení a aktivita mikrobiálních společenstev v půdě kontaminované těžkými kovy
Translated title: Composition and activity of microbial communities in soil contaminated by heavy metals
Authors: Průchová, Pavla ; Kopecký, Jan (advisor) ; Zikánová, Blanka (referee)
Document type: Master’s theses
Year: 2014
Language: cze
Abstract: [cze] [eng]
Diplomová práce je zaměřena na změny v mikrobiálním společenstvu v půdě dlouhodobě kontaminované těžkými kovy. Na Příbramsku byly vybrány dvě lokality s různým stupněm zatížení. U vzorků půdy byla měřena respirační aktivita in vitro s přídavky různých zdrojů uhlíku a různých koncentrací kadmia. Hodnoty respirace ukázaly, že i při koncentraci kadmia 1000 mg.kg-1 je společenstvo životaschopné a přídavky substrátů ještě respiraci zvýšily. Ze vzorků půdy byla izolována environmentální DNA a byl amplifikován gen pro 16S rRNA aktinobakterií. Analýza polymorfismu délky terminálního restrikčního fragmentu ukázala jasný rozdíl mezi profily obou lokalit. U vzorků s přídavky substrátů došlo k různě výrazným posunům v profilu společenstva. Byla provedena kvantifikace celkových bakterií a aktinobakterií metodou kvantitativní PCR, na základě amplifikace části genu pro 16S rRNA. Ve více zatížené lokalitě je o něco více bakterií, ale téměř dvojnásobek aktinobakterií než v méně kontaminované lokalitě. Sekvenování amplikonů části genu pro 16S rRNA na platformě firmy Illumina ukázalo zvýšení podílu aktinobakterií a změny struktury jejich společenstva u více kontaminované lokality. Výsledkem je zjištění, že vyšší dlouhodobá kontaminace těžkými kovů zvyšuje respirační aktivitu i při navození stresových podmínek přídavkem kadmia... The thesis focuses on studying changes of microbial communities living in the soil contaminated by heavy metals. Two sites with different degree of contamination were selected in the Příbram area. Respiration was measured in vitro in the soil samples supplemented with various carbon sources and different concentration of cadmium. The respiration showed that even at cadmium concentration of 1000 mg.kg-1 the community is viable and capable of utilization of substrates while increasing the respiration rate. Enviromental DNA from soil samples was isolated and 16S rRNA gene of actinobacteria was amplified. The terminal restriction fragment length polymorphism analysis showed a clear difference between the profiles of both sites. The shifts in the community profiles were observed also after the addition of substrates. The quantification of total bacteria and actinobacteria was performed by quantitative PCR based on amplification of part of the 16S rRNA gene. The more contaminated site contained slightly more bacteria, but almost twice the actinobacteria than the less contaminated one. The sequencing of amplicons of a part of 16S rRNA gene by Illumina showed an increase in proportion of actinobacteria and changes of their community structure in the more contaminated site. The conclusion was made that, high...
Keywords: aktinobacteria; heavy metals; quantitative PCR; respiration; T-RFLP; aktinobakterie; kvantitativní PCR; respirace; T-RFLP; těžké kovy

Institution: Charles University Faculties (theses) (web)
Document availability information: Available in the Charles University Digital Repository.
Original record: http://hdl.handle.net/20.500.11956/63260

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-332410


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Charles University > Charles University Faculties (theses)
Academic theses (ETDs) > Master’s theses