Original title: Mikrobiální společenstva a metagenom průmyslově znečištěných půd: výskyt genů kódujících AEH
Translated title: Microbial consortia and metagenome of industrially polluted soil: occurrence of genes encoding AEH
Authors: Pitkina, Anastasiya ; Kyslík, Pavel (advisor) ; Lichá, Irena (referee)
Document type: Master’s theses
Year: 2015
Language: eng
Abstract: [eng] [cze]
Soils contain highly diverse consortia of bacteria making them very attractive starting points for both culture-dependent and metagenomic discovery efforts. The present diploma thesis analyses the composition of the microbial community from pharmaceutically polluted soil, with the employment of next-generation Illumina sequencing of 16S rDNA region. This analysis revealed high complexity of the soil microbial environment and confirmed that anthropogenic activity (represented by production of beta- lactam antibiotics) influences the variability and abundance of the species, yet without reducing the microbial diversity. In the second part of the thesis, isolation and heterologous expression of a novel gene encoding alpha-amino acid ester hydrolase (AEH) from a cultivable soil microorganism B. cereus is described. AEHs possess industrial potential for biocatalytic synthesis of semi-synthetic beta-lactam antibiotics, which are presently of great clinical importance. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org) Půda obsahuje různorodá společenstva bakterii, což z ní děla atraktivní cíl pro metagenomický výzkum a zkoumání kultivovatelných organizmů. Tato diplomová práce analyzuje složení mikrobiálního společenstva farmaceuticky znečištěných půd, s využitím sekvenační technologie nové generace Illumina a knihovny amplikonů 16S rDNA. Tato analýza odhalila vysokou komplexitu mikrobiálního prostředí půd a potvrdila to, že antropogenní aktivita (konkrétně produkce beta-laktamových antibiotik) ovlivňuje variabilitu a relativní zastoupení druhů, aniž by však snižovala mikrobiální diverzitu. V druhé části této diplomové práce je popsaná isolace a heterologní exprese nového genu kódujícího alfa-amino acid ester hydrolázu (AEH), který pochází z kultivovatelného půdního mikroorganizmu B. cereus. AEH mají velký průmyslový potenciál v biokatalytických syntézách beta-laktamových antibiotik, které jsou momentálně velmi důležité z hlediska uplatnění v medicíně. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
Keywords: 16S rRNA; AEH; alpha-amino acid ester hydrolase; B. cereus; Illumina; metagenomics; molecular cloning; 16S rRNA; AEH; alfa-amino acid ester hydroláza; B. cereus; Illumina; metagenomika; molekulární klonování

Institution: Charles University Faculties (theses) (web)
Document availability information: Available in the Charles University Digital Repository.
Original record: http://hdl.handle.net/20.500.11956/61983

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-331139


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Charles University > Charles University Faculties (theses)
Academic theses (ETDs) > Master’s theses