Original title: Algoritmy pro detekci vazebních míst u protein-ligand interakcí
Translated title: Algorithms for protein-ligand binding site discovery
Authors: Krivák, Radoslav ; Neruda, Roman (advisor) ; Mráz, František (referee)
Document type: Master’s theses
Year: 2013
Language: eng
Abstract: [eng] [cze]
Virtually all processes in living organisms are conducted by proteins. Proteins perform their function by binding to other proteins (protein-protein interactions) or small molecules - so called ligands (protein-ligand interactions). Active sites for protein-ligand interactions are pockets in protein structure where ligand can bind. Predicting of ligand binding sites is the first step to study and predict protein functions and structure based drug-design. In this thesis we reviewed current approaches for binding site prediction and proposed our own improvement. We have developed a novel pocket ranking function based on prediction model that predicts ligandability (ability to bind a ligand) of a given point inside of a pocket. Prediction is done considering only a local physicochemical and geometric properties derived from neighbourhood. Prakticky každý proces v živých organismech je zajišťován promocí proteinů. Proteiny vykonávají svoji funkci buď vázáním se na další proteiny (protein-protein interakce), nebo na malé molekuly, tzv. ligandy (protein-ligand interakce). Aktivní místa pro protein-ligand interakce jsou tzv. kapsy v proteinové struktuře, kam se může ligand navázat. Predikce těchto kapes je obyčejně prvním krokem ke studiu funkce daného proteinu a taky zákledem k strukturálně orientovanému vývoji léků. V této práci jsme udělali přehled existujících metod a představili naše vlastní vylepšení. Vyvynuli jsme novou funkci pro ranking kapes, která je založená na predikci ligandability (schopnosti vázat ligand) budu vňe kapsy jen na základě chemických a geometrických vlastnosí lokálního okolí daného bodu.
Keywords: Machine learning; Protein-ligand binding sites; Structural Bioinformatics; Strojové učení; Strukturální Bioinformatika; Vazební místa pro Ligandy

Institution: Charles University Faculties (theses) (web)
Document availability information: Available in the Charles University Digital Repository.
Original record: http://hdl.handle.net/20.500.11956/51679

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-321000


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Charles University > Charles University Faculties (theses)
Academic theses (ETDs) > Master’s theses