Original title: STR genotypizace středověké české populace: polykulturní lokalita Mlékojedy (okr.Litoměřice)
Translated title: STR genotyping of Czech medieval population: archeologocal site in Mlekojedy (Litoměřice)
Authors: Brynychová, Veronika ; Hájek, Martin (advisor) ; Šimková, Halina (referee)
Document type: Master’s theses
Year: 2010
Language: cze
Abstract: [cze] [eng]
Cílem této diplomové práce byla prvotní genetická charakteristika souboru jedinců raně středověkého pohřebiště (polykulturní lokalita Mlékojedy, okr. Litoměřice, Česká republika). Metoda autozomálních STR markerů byla zvolena pro vysokou diskrimační schopnost, zvlášť vhodnou pro studie genetické diverzity a příbuzenské analýzy u malých souborů. Nespornou výhodou byla také možnost validace získaných výsledků vzhledem k riziku kontaminací. Za účelem získání co nejširšího rozsahu genotypů byly použity primery pro amplifikaci zkrácených STR lokusů (miniSTR). Opakovatelně se podařilo amplifikovat jadernou DNA z 35 % kostních vzorků a 91 % zubů. Úspěšnost PCR amplifikace se úměrně snižovala s nárůstem délky fragmentů nad 150 bp. Zároveň jsme zaznamenali vysokou míru alelového drop-outu, která svědčí o vysoké degradaci aDNA. Věrohodné genotypy markeru TH01 se podařilo stanovit jen u dvanácti z celkového počtu 23 jedinců. Získané výsledky jsou diskutovány v porovnání s recentními populacemi a dalšími aDNA studiemi historických pohřebišť. Klíčová slova: ancient DNA, STR markery, miniSTR, ranně středověké pohřebiště, česká populace The aim of this diploma thesis was the initial genetic analysis of early mediaeval burial site from Mlekojedy polycultural locality (Litoměřice District, Czech Republic). Autosomal STR markers were chosen because of the following reasons. The high degree of polymorphism of these markers and the high extent of heterozygosity favor the use of STRs instead of mitochondrial DNA for the structural analysis of small populations. Usefulness of STR typing for validation purposes was demonstrated many times before. We used primers for miniSTRs to obtain the fullest results. Nuclear DNA was extracted from 35 % of bone samples and 91 % of teeth. We detected lower PCR amplification success rate of fragments longer than 150 bp and very high rate of allele drop-out which is sign of degraded DNA. Twelve reliable genotypes were determined for TH01 marker. Observed allele frequency and genetic diversity values were discussed in comparison with recent populations and other aDNA studies of burial sites. Keywords: ancient DNA, STR markers, miniSTR, early medieval burial site, Czech population
Keywords: ancient DNA; Czech population; early medieval burial site; miniSTR; STR markers; ancient DNA; miniSTR; raně středověké pohřebiště; STR markery; česká populace

Institution: Charles University Faculties (theses) (web)
Document availability information: Available in the Charles University Digital Repository.
Original record: http://hdl.handle.net/20.500.11956/31300

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-295789


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Charles University > Charles University Faculties (theses)
Academic theses (ETDs) > Master’s theses