Original title: Hodnocení kvality krystalových struktur makromolekul
Translated title: Validation of macromolecular crystal structures
Authors: Řezáčová, Pavlína
Document type: Papers
Conference/Event: Struktura 2003, Nové Hrady (CZ), 2003-06-16 / 2003-06-21
Year: 2003
Language: cze
Abstract: [cze] [eng]
Rentgenová krystalografie je hlavní technikou získání detailní informace o atomové struktuře makromolekul. Typické problémy makromolekulární krystalografie: difrakční data získaná na omezeném rozlišení a nepřesná fázová informace, nevyhnutelně ovlivňují kvalitu map elektronových hustot a následně se odrazí i v kvalitě konečného modelu.Dnes existuje mnoho metod pro ověření kvality modelu, které lze rozdělit do dvou základních skupin. První skupina hodnotí kvalitu modelu podle jeho shody s experimentálními daty. Druhá skupina ověřovacích metod hodnotí geometrické parametry modelu srovnáním se standardními hodnotami odvozenými z krystalových struktur malých molekul nebo struktur makromolekul určených na vysokém rozlišení. Tato práce je věnována představení běžně používaných počítačových programů využívajících obou výše zmíněných metod hodnocení kvality a ověřování struktur makromolekul. Jsou zde shrnuty ukazatele a měřítka kvality užívaná při hodnocení krystalových struktur makromolekul. X-ray crystallography is the main technique of macromolecular structure determination. Typical problems of protein crystallography diffraction data measured at limited resolution and inaccurate phase informacion adversely affect the quality of electron density maps and consequently the quality of the final model. Currently, there are many methods of protein quality validation. These can be subdivided into two main groups The first group assesses the model quality by evaluating the agreement of the model with the diffraction data. The second group of structure validation methods is based on comparison of the macromolecular model geometrical parameters with standards values derived from the crystal structures of small molecules or high-resolution macromolecular structures. This work is focused on introduction to widely used macromolecular structure-validation software. The main global quality criteria and reliable indicators for detecting local errors are summarized.
Keywords: protein crystallography; stereochemistry; validation
Project no.: CEZ:AV0Z5052915 (CEP), GA203/02/0405 (CEP), LN00B030 (CEP)
Funding provider: GA ČR, GA MŠk
Host item entry: Materials Structure in Chemistry, Biology, Physics and Technology, ISSN 1211-5894

Institution: Institute of Molecular Genetics AS ČR (web)
Document availability information: Fulltext is available at the institute of the Academy of Sciences.
Original record: http://hdl.handle.net/11104/0087290

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-28140


The record appears in these collections:
Research > Institutes ASCR > Institute of Molecular Genetics
Conference materials > Papers