Original title: Fyzické interakce sestřihového faktoru Prp45
Translated title: Physical interactions of the splicing factor Prp45
Authors: Kratochvílová, Eliška ; Folk, Petr (advisor) ; Doubravská, Lenka (referee)
Document type: Master’s theses
Year: 2015
Language: cze
Abstract: [cze] [eng]
Je známo, že posttranslační stav chromatinu, transkripce a sestřih se vzájemně ovlivňují, přesto ve studiu jejich vztahů zbývá ještě mnoho nezodpovězených otázek. V kvasince Saccharomyces cerevisiae lze relativně snadno navodit stavy, kdy je v životaschopných buňkách sestřih oddělen od transkripce. Takového stavu bylo docíleno mutací sestřihového faktoru Prp45, jehož savčí homolog se prokazatelně účastní jak regulace transkripce, tak sestřihových reakcí. Na základě předem indikovaných interakcí v dvouhybridním systému byla v této práci hledána fyzická spojení proteinu Prp45 s proteiny účastnícími se posttranslačních modifikací chromatinu. Jejich nalezení by poskytlo vhled do vzájemných vztahů procesů genové exprese. Koimunoprecipitací ani afinitní purifikací nebyly nalezeny fyzické interakce mezi proteinem Prp45 a námi zvolenými regulátory chromatinu. O alternativních přístupech uvažujeme. Koprecipitačními metodami byla dále blíže lokalizována interakce proteinu Prp46 se zkrácenými variantami proteinu Prp45. Toto pozorování rozšířilo naše znalosti o protein- proteinových interakcích v rámci sestřihového komplexu. It is well known that chromatin posttranslational state, transcription and splicing influence each other. Nevertheless, the details of this coupling are not fully understood. In S. cerevisiae, it is possible to induce conditions, in which splicing is uncoupled from transcription. Such situation occurred in cells expressing a mutated splicing factor Prp45, whose human homolog has been proved to participate in transcription regulation and also in splicing reactions. Based on previously indicated interactions in high throughput two-hybrid screens, we have been looking for physical links between Prp45 and proteins involved in chromatin posttranslational modifications. Finding of such a link would provide insight into the relationships of gene expression processes. Using coimmunoprecipitation and affinity purification, we were unable to detect physical interactions between Prp45 and our candidate chromatin regulators. Alternative approaches are discussed. Using the precipitation techniques, we mapped the interaction of Prp46 with truncated variants of Prp45. This observation contributes to our knowledge of protein-protein interactions within the spliceosome.
Keywords: affinity purification; chromatin modifications; coimmunoprecipitation; cotranscriptional splicing; protein-protein interactions; Prp22; Prp45; Prp46; Saccharomyces cerevisiae; spliceosome; afinitní purifikace; chromatinové modifikace; koimunoprecipitace; kotranskripční sestřih; protein-proteinové interakce; Prp22; Prp45; Prp46; Saccharomyces cerevisiae; spliceosom

Institution: Charles University Faculties (theses) (web)
Document availability information: Available in the Charles University Digital Repository.
Original record: http://hdl.handle.net/20.500.11956/2702

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-268028


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Charles University > Charles University Faculties (theses)
Academic theses (ETDs) > Master’s theses