host ::
| Hlavní stránka > Vysokoškolské kvalifikační práce > Disertační práce > Interdoménové a intradoménové interakce u motorové podjednotky EcoR124I: Výpočetní studie |
Název:
Interdoménové a intradoménové interakce u motorové podjednotky EcoR124I: Výpočetní studie
Autoři: SINHA, Dhiraj
Typ dokumentu: Disertační práce
Rok: 2016
Jazyk: eng
Abstrakt: EcoR124I is a Type I restrictionmodification (RM) enzyme and as such forms multifunctional pentameric complexes with DNA cleavage and ATP-dependent DNA translocation activities located on the motor subunit HsdR. When non-methylated invading DNA is recognized by the complex, two HsdR endonuclease/motor subunits start to translocate dsDNA without strand separation activity up to thousands base pairs towards the stationary enzyme while consuming ~1 molecule of ATP per base pair advanced. Whenever translocation is stalled the HsdR subunits cleave the dsDNA nonspecifically far from recognition site. The X-ray crystal structure of HsdR of EcoR124I bound to ATP gave a first insight of structural/functional correlation in the HsdR subunit. The four domains within the subunit were found to be in a square planer arrangement. Computational modeling including molecular dynamics in combination with crystallography, point mutations, in vivo and in vitro assays reveals how interactions between these four domains contribute to ATP-dependent DNA translocation, DNA cleavage or inter-domain communication between the translocase and endonuclease activities.
Klíčová slova: Domain motions; EcoR124I; Endonuclease activity; Helicases; Interactions; Molecular dynamics; Motor subunit; Pentameric complex; Principal component analysis; Signal transfer; Translocase activity; Type I RM system
Citace: SINHA, Dhiraj. Interdoménové a intradoménové interakce u motorové podjednotky EcoR124I: Výpočetní studie. N. Hrady, 2016. disertační práce (Ph.D.). JIHOČESKÁ UNIVERZITA V ČESKÝCH BUDĚJOVICÍCH. Přírodovědecká fakulta
Instituce: Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích (web)
Informace o dostupnosti dokumentu: Plný text je dostupný v digitálním repozitáři JČU.
Původní záznam: http://www.jcu.cz/vskp/45938
Trvalý odkaz NUŠL: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-263281
Záznam je zařazen do těchto sbírek:
Školství > Veřejné vysoké školy > Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích
Vysokoškolské kvalifikační práce > Disertační práce
Autoři: SINHA, Dhiraj
Typ dokumentu: Disertační práce
Rok: 2016
Jazyk: eng
Abstrakt: EcoR124I is a Type I restrictionmodification (RM) enzyme and as such forms multifunctional pentameric complexes with DNA cleavage and ATP-dependent DNA translocation activities located on the motor subunit HsdR. When non-methylated invading DNA is recognized by the complex, two HsdR endonuclease/motor subunits start to translocate dsDNA without strand separation activity up to thousands base pairs towards the stationary enzyme while consuming ~1 molecule of ATP per base pair advanced. Whenever translocation is stalled the HsdR subunits cleave the dsDNA nonspecifically far from recognition site. The X-ray crystal structure of HsdR of EcoR124I bound to ATP gave a first insight of structural/functional correlation in the HsdR subunit. The four domains within the subunit were found to be in a square planer arrangement. Computational modeling including molecular dynamics in combination with crystallography, point mutations, in vivo and in vitro assays reveals how interactions between these four domains contribute to ATP-dependent DNA translocation, DNA cleavage or inter-domain communication between the translocase and endonuclease activities.
Klíčová slova: Domain motions; EcoR124I; Endonuclease activity; Helicases; Interactions; Molecular dynamics; Motor subunit; Pentameric complex; Principal component analysis; Signal transfer; Translocase activity; Type I RM system
Citace: SINHA, Dhiraj. Interdoménové a intradoménové interakce u motorové podjednotky EcoR124I: Výpočetní studie. N. Hrady, 2016. disertační práce (Ph.D.). JIHOČESKÁ UNIVERZITA V ČESKÝCH BUDĚJOVICÍCH. Přírodovědecká fakulta
Instituce: Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích (web)
Informace o dostupnosti dokumentu: Plný text je dostupný v digitálním repozitáři JČU.
Původní záznam: http://www.jcu.cz/vskp/45938
Trvalý odkaz NUŠL: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-263281
Záznam je zařazen do těchto sbírek:
Školství > Veřejné vysoké školy > Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích
Vysokoškolské kvalifikační práce > Disertační práce
Záznam vytvořen dne 2017-02-15, naposledy upraven 2023-01-15.