Original title: Využití numerických reprezentací ve zpracování nukleotidových sekvencí
Translated title: The use of numerical representations in processing of nucleotide sequences
Authors: Košíček, Adam ; Maděránková, Denisa (referee) ; Kubicová, Vladimíra (advisor)
Document type: Bachelor's theses
Year: 2014
Language: cze
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract: [cze] [eng]
Převod sekvencí DNA na vhodnou reprezentaci je důležitou úkolem před samotným započetím analýzy a dalšího zpracování. Hlavním úkolem této práce bylo se seznámit s typy numerických a grafických reprezentací a jejich využitím pro analýzu DNA. Vzhledem k velkému množství metod a postupů, byly do této práce vybrány pouze některé. Některé metody nelze přímo klasifikovat jako numerické nebo grafické, protože obsahují možnost obojí reprezentace. Tyto metody byly zařazeny mezi grafické reprezentace. Pro vybrané metody byly vytvořeny fylogenetické stromy pro porovnání přesnosti. Závěrem práce je zhodnocení získaných výsledků. Conversion of DNA sequences for appropriate representation is important task before initiation of analyzes and further processing. The main goal of this work was to get familiar with types of numerical and graphical representations and their application for DNA analyzes. In consideration of great volume of methods and procedures, only a few were chosen for this work. Some methods can not be classified only as numerical or graphical representations, because of option allowing them to be converted into both of these representations. These methods were classified as graphical representations. Phylogenetic trees were programmed for chosen methods to compare its precision. Outcome of this work is summing up the results.
Keywords: coding sequence; CpG islands; criterion; DNA sequence; graphical representation; numerical representation; phylogenetic tree; similarity; CpG ostrůvky; dendrogram; DNA sekvence; grafická reprezentace; kritérium; kódující sekvence; numerická reprezentace; podobnost

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: http://hdl.handle.net/11012/33397

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-244340


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Bachelor's theses