Original title:
Vyhledávání CpG ostrůvků pomocí nukleotidových denzitních vektorů
Translated title:
Nucleotide density for finding CpG islands
Authors:
Sikorová, Eva ; Provazník, Ivo (referee) ; Maděránková, Denisa (advisor) Document type: Bachelor's theses
Year:
2013
Language:
cze Publisher:
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií Abstract:
[cze][eng]
Tato bakalářská práce se zabývá vyhledáváním CpG ostrůvků v sekvencích DNA pomocí nukleotidových denzitních vektorů. První část práce obsahuje náhled na strukturu DNA, expresi genetické informace, podrobnější rozbor CpG ostrůvku a především metody jejich detekce. V praktické části byl v prostředí MATLAB realizován algoritmus pro grafické zobrazení nukleotidů na základě jejich denzit a detekci CpG ostrůvků z uměle vytvořených i reálných sekvencí DNA. Součástí práce je analýza dvaceti sekvencí s očekávaným obsahem CpGIs a srovnání výsledků vytvořeného programu s dvěma internetovými vyhledávači.
This bachelor thesis deals with searching for CpG islands in the DNA sequences using the nucleotide density vectors. The first part includes view of the DNA structure, the genetic information expression, more detailed analysis of CpG islands and primarily their detection methods. In the practical part the algorithm for graphical representation of nucleotides on the basis of their densities and detections of CpG islands of artificially created and real DNA sequences was realized in the MATLAB program. The thesis includes the analysis of twenty sequences with the expected content of CpGIs and the comparison of results between the created program and two search engines.
Keywords:
CpG islands; DNA; DNA methylation; expression; nucleotide density; transcription; CpG ostrůvky; DNA; DNA metylace; exprese; nukleotidová denzita; transkripce
Institution: Brno University of Technology
(web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library. Original record: http://hdl.handle.net/11012/26180