Original title: Hodnocení migrace značených buněk v tkáni
Translated title: Classification of marked cells migration in tissue
Authors: Solař, Jan ; Skopalík, Josef (referee) ; Čmiel, Vratislav (advisor)
Document type: Master’s theses
Year: 2016
Language: cze
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract: [cze] [eng]
Tato diplomová práce se zabývá rozborem moderních detekčních metod vizualizace, sledování a kvantifikace buněk v 3D prostoru. První část práce se zabývá optickými metodami detekce buněk. Je zde detailní rozbor problematiky fluorescenčního značení buněk a jejich detekce na konfokálním mikroskopu. Je zde popis vyvinutého algoritmu pro kvantifikaci celého buněčného objemu z mikroskopického obrazu. Díky tomu se porovnal signál fluorescence buněk v čase a podle jejich tvaru. Dále došlo k optimalizaci vizualizace vyvinutých tkáňových fantomů. Porovnaly se možnosti detekce buněk v těchto fantomech pomocí konfokální mikroskopie a OCT. Byl rovněž implementován algoritmus pro kvantifikaci buněk z OCT obrazů. Kromě konfokálního mikroskopu a OCT se buňky rovněž analyzovaly dalšími metodami. V poslední části je konkluze výsledků a srovnání jednotlivých použitých metod. This diploma thesis deals with analysing of modern methods for cell detection, visualization and quantification in 3D space. The first section deals with optical methods for cells detection. There is detailed discussion about cell labeling and detection on confocal microscopy. There is also description about developed algorithm for whole cell volume quantification from microscopy images. This could made a comparsion of fluorescence signal according to time of cell labeling and according to cell shapes. There was also optimalization of handmade tissue phantoms visualization. It could be compared a possibilities of cell detections in these phantoms by confocal microscopy and OCT. It was also implemented algorithm for quantification of cells from OCT images. Besides confocal microscopy and OCT cells are also analyzed by other methods. The last part is the Conclusion of results and comparison of used methods.
Keywords: cell detection; cell migration; Confocal microscopy; fluorescence; OCT; quantification; detekce buněk; fluorescence; Konfokální mikroskop; kvantifikace; migrace buněk; OCT

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: http://hdl.handle.net/11012/59737

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-241961


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Master’s theses