Original title: Distanční metody konstrukce fylogenetických stromů
Translated title: Distance methods for reconstruction of phylogenetic trees
Authors: Šudák, Vítězslav ; Provazník, Ivo (referee) ; Škutková, Helena (advisor)
Document type: Bachelor's theses
Language: cze
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract: [cze] [eng]
Bakalářská práce „Distanční metody konstrukce fylogenetických stromů“ shrnuje poznatky o metodách zpracování zarovnaných nukleotidových nebo aminokyselinových sekvencí pro použí v některém použitých modelů výpočtu evoluční distance těchto sekvencí. Následně pomocí popsaných metod algoritmů shrnuje poznatky o konstrukci fylogenetických stromů z matic evolučních distancích a jejich porovnání. Cílem práce je jednak literární rešerše popisující tyto metody, jejich princip, práce se sekvencemi a také fungující skript v prostředí programu MatLab, který by tyto modely aplikoval na realné sekvence stažené z genetických bank ve formátu FASTA. Následné skripty pro konstrukci a porovnávání metod pro konstrukci fylogenetických stromů. Thesis „Distance methods for reconstruction phylogenetic trees“ summarizes notes about methods for calculating evolutionary distances from aligned nucleotide, eminoacid or codon sequences. Then using these distances in methods for reconstructing phylogenetic trees from matrixes made of these distances. Aim is to create these method as a functional scripts in MATLAB software and appliance these method on real sequences downloaded from public databanks on internet in FASTA format, and to create a thesis about hese methods and describe them and my results.
Keywords: Nucleotide Sequence Base Complementar Purin Pyrimidin Mutation Alignment Gap Rate of substitution Evolutionary distance Transition Transversion Triplet Codon Distribution Corection Synonymous Nonsynonymous Proportional Phylogenetic Tree Operatinal taxonomic unit (OTU) Cluster Branch Rooted Unrooted Neighbor Minimal evolution Variance Matrix; Nukleotid Sekvence Báze Komplementární Purin Pyrimidin Mutace Zarovnání Mezera Míra změny Evoluční vzdálenost Tranzice Transverze Triplet Kodón Rozložení Korekce Synonymní Nesynonymní Proporcionální Fylogentický Strom Operační taxonovická jednotka (OTU) Shluk Uzel Větev Zakořeněný Nezakořeněný Soused Minimální evoluce Odchylka Matice

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: http://hdl.handle.net/11012/12440

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-240634


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Bachelor's theses