Original title:
Akcelerace algoritmů pro porovnání biologických sekvencí s využitím FPGA
Translated title:
Acceleration of Algorithms for Approximate String Matching Using FPGA
Authors:
Beck, Patrik ; Kořenek, Jan (referee) ; Martínek, Tomáš (advisor) Document type: Bachelor's theses
Language:
cze Publisher:
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií Abstract:
[cze][eng]
Táto práca sa zaoberá implementáciou hardwarového zariadenia, ktoré porovnáva biologické sekvencie. Pri porovnávaní využíva algoritmy Smith-Waterman a Needleman-Wunsch. Zariadenie slúži ako akcelerátor bioinformatických algoritmov na vyššej úrovni. Príkladom využitia može byť analýza ľudského genómu, porovnávanie proteínu s databázou, odhaľovanie dedičných informácií. Dosiahnuté zrýchlenie sa v závislostí na danej úlohe, oproti bežnému PC pohybuje v niekoľkých rádoch.
This work describes implementation of hardware device for approximate string matching of biological sequences. Matchnig is performed using Smith-Waterman and Needleman-Wunsch algorithms. Device can be used as an accelerator for bioinformatics algorithms on higher level. This accelerator can be used for human genome analysis, matching proteins against a database, revealing inheritance information. Depending on task character, the acceleration speed up achieves several orders of magniture in comparison with conventional computers.
Keywords:
approximate string matching; FPGA; FPGA; približné porovnávanie ret'azcov
Institution: Brno University of Technology
(web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library. Original record: http://hdl.handle.net/11012/56284