Original title: Akcelerace algoritmů pro porovnání biologických sekvencí s využitím FPGA
Translated title: Acceleration of Algorithms for Approximate String Matching Using FPGA
Authors: Beck, Patrik ; Kořenek, Jan (referee) ; Martínek, Tomáš (advisor)
Document type: Bachelor's theses
Language: cze
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstract: [cze] [eng]
Táto práca sa zaoberá implementáciou hardwarového zariadenia, ktoré porovnáva biologické sekvencie. Pri porovnávaní využíva algoritmy Smith-Waterman a Needleman-Wunsch. Zariadenie slúži ako akcelerátor bioinformatických algoritmov na vyššej úrovni. Príkladom využitia može byť analýza ľudského genómu, porovnávanie proteínu s databázou, odhaľovanie dedičných informácií. Dosiahnuté zrýchlenie sa v závislostí na danej úlohe, oproti bežnému PC pohybuje v niekoľkých rádoch. This work describes implementation of hardware device for approximate string matching of biological sequences. Matchnig is performed using Smith-Waterman and Needleman-Wunsch algorithms. Device can be used as an accelerator for bioinformatics algorithms on higher level. This accelerator can be used for human genome analysis, matching proteins against a database, revealing inheritance information. Depending on task character, the acceleration speed up achieves several orders of magniture in comparison with conventional computers.
Keywords: approximate string matching; FPGA; FPGA; približné porovnávanie ret'azcov

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: http://hdl.handle.net/11012/56284

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-239334


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Bachelor's theses