Original title: Webový server pro predikci 3D struktury proteinu
Translated title: Web Server for Protein Structure Prediction
Authors: Votroubek, Lukáš ; Očenášek, Pavel (referee) ; Burgetová, Ivana (advisor)
Document type: Master’s theses
Year: 2013
Language: cze
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstract: [cze] [eng]
Tato práce se zabývá proteiny, především jejich strukturou a způsoby predikce terciární, neboli 3D, struktury. Predikce terciární struktury je důležitá pro zjištění funkce těchto životně důležitých látek. Využití metod bioinformatiky velice zefektivňuje a zrychluje predikci, protože klasické metody přímého zjišťování struktury z molekuly jsou drahé a pomalé. Na druhou stranu jsou zatím mnohem přesnější. Cílem práce je přiblížit metody používané pro predikci terciární struktury, popsat nástroje, které se používají a možnosti automatické komunikace s nimi. Dále je cílem popsat implementaci serveru, který bude sloužit proteinovým inženýrům pro efektivnější zjišťování informací o terciární struktuře z více nástrojů, aniž by museli zadávat požadavek na každý zvlášť. Také zde budou popsány výsledky testování. This work deals with proteins, especially with their structure and kinds of tertiary, or 3D, structure prediction. Tertiary structure prediction is very important for function prediction of this vitally important substance. Bioinformatics do this prediction much more effective and faster, because classical methods of structure prediction directly from molecule are very expensive and slow. On the other hand they are much more exact. Objective of this thesis is to describe tertiary structure prediction methods, describe used tools and possibility of automatic communication with them.  Next objective is describe implementation of server, that will serve to protein engineers for more effective finding of information about tertiary structure from more servers without requesting each of them separately. Results of testing will be described in this work too.
Keywords: 3D structure; 3D-Jigsaw; ab initio; AS2TS; CPH-models; de novo; ESyPred3D; Fugue; Geno3D; HHPred; homology modeling; I-TASSER; iPBA; JAVA; JSP; LOOPP; Phyre2; prediction; PSI-PRED; RaptorX; Robetta; SAM-T08; Superfammily; Swiss model; tertiary structure; threading; 3D struktura; 3D-Jigsaw; ab initio; AS2TS; CPH-models; de novo; ESyPred3D; Fugue; Geno3D; HHPred; homologní modelování; I-TASSER; iPBA; JAVA; JSP; LOOPP; Phyre2; predikce; PSI-PRED; RaptorX; Robetta; SAM-T08; Superfammily; Swiss model; terciární struktura; threading

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: http://hdl.handle.net/11012/53468

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-236225


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Master’s theses