Original title: Akcelerace algoritmů pro porovnání řetězců na základě podobnosti
Translated title: Acceleration of Algorithms for Approximate String Matching
Authors: Voženílek, Jan ; Kořenek, Jan (referee) ; Martínek, Tomáš (advisor)
Document type: Bachelor's theses
Year: 2008
Language: cze
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstract: [cze] [eng]
Cílem této bakalářské práce je návrh a implementace architektury pro FPGA čipy akcelerující porovnávání dvou řetězců a jejich ohodnocení na podobnost. Použité postupy vycházejí z bioinformatických algoritmů, především Needleman-Wunsch a Smith-Waterman. Jednotka může díky obecnému návrhu a generickému zpracování v jazyce VHDL porovnávat libovolné sekvence znaků, což je úloha prostupující mnoha oblastmi informatiky od prohledávání databází (kde porovnání na podobnost umožňuje odhalit překlepy) po detekci nevyžádané elektronické pošty - spamu. V závislosti na specifikaci úlohy se může zrychlení oproti běžnému softwarovému řešení pohybovat v řádu stovek až tisíců. The objective of this bachelor's thesis is to design and implement architecture for FPGA chips that accelerates matching of two strings and scoring them for similarity. Used processes come from bioinformatics algorithms, especially Needleman-Wunsch and Smith-Waterman. Due to general design and generic implementation in VHDL the unit is able to compare any sequences of characters, which is a task widely used in many branches of informatics from database searches (where approximate matching allows discovery of spelling errors) to spam detection. Depending on task specification the acceleration speed up against common software solution can reach orders of hundreds or even thousands.
Keywords: acceleration; approximate string matching; FPGA; VHDL; akcelerace; FPGA; porovnání řetězců na základě podobnosti; VHDL

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: http://hdl.handle.net/11012/52939

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-235697


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Bachelor's theses