Original title: Dotazovací jazyk pro databáze biologických dat
Translated title: Query Language for Biological Databases
Authors: Bahurek, Tomáš ; Vogel, Ivan (referee) ; Martínek, Tomáš (advisor)
Document type: Master’s theses
Year: 2015
Language: cze
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstract: [cze] [eng]
S rapidně stoupajícím množstvím biologických dat stoupá i důležitost biologických databází. U těchto databází je nezbytné objevování znalostí (nalezení spojitostí, které nebyli známé v čase vkládání dat). K získávání znalostí z biologických databází je nutná konstrukce složitých SQL dotazů, což vyžaduje pokročilou znalost SQL a použitého databázového sché- matu. Biologové většinou tyto znalosti nemají, proto je potřeba nástroje, který by poskytl intuitivnějšího rozhrání pro tyto databáze. Tato práce navrhuje ChQL, intuitivní dotazovací jazyk pro databázi biologických dat Chado. ChQL umožňuje biologům poskládat dotaz za použití pojmů, které dobře znají bez nutnosti znát SQL nebo použité schéma. Tato práce implementuje aplikaci pro dotazování databáze Chado pomocí ChQL. Webové rozhrání provede uživatele procesem zostavení věty jazyka ChQL. Aplikace přeloží tuto větu do SQL dotazu, odešle jej do databáze Chado a zobrazí vrácená data v tabulce. Výsledky jsou vyhodnoceny testováním dotazů na reálných datech. With rising amount of biological data, biological databases are becoming more important each day. Knowledge discovery (identification of connections that were unknown at the time of data entry) is an essential aspect of these databases. To gain knowledge from these databases one has to construct complicated SQL queries, which requires advanced knowledge of SQL language and used database schema. Biologists usually don't have this knowledge, which creates need for tool, that would offer more intuitive interface for querying biological databases. This work proposes ChQL, an intuitive query language for biological database Chado. ChQL allows biologists to assemble query using terms they are familiar without knowledge of SQL language or Chado database schema. This work implements application for querying Chado database using ChQL. Web interface guides user through process of assembling sentence in ChQL. Application translates this sentence to SQL query, sends it to Chado database and displays returned data in table. Results are evaluated by testing queries on real data.
Keywords: Biological Database; Chado; Gene ontology; Query Language; Sequence Ontology; Vaadin; Chado; Databáze biologických dat; Dotazovací jazyk; Gene ontology; Sequence Ontology; Vaadin

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: http://hdl.handle.net/11012/52322

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-234998


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Master’s theses