|
|
Dotazovací jazyk pro databáze biologických dat
Bahurek, Tomáš ; Vogel, Ivan (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
S rapidně stoupajícím množstvím biologických dat stoupá i důležitost biologických databází. U těchto databází je nezbytné objevování znalostí (nalezení spojitostí, které nebyli známé v čase vkládání dat). K získávání znalostí z biologických databází je nutná konstrukce složitých SQL dotazů, což vyžaduje pokročilou znalost SQL a použitého databázového sché- matu. Biologové většinou tyto znalosti nemají, proto je potřeba nástroje, který by poskytl intuitivnějšího rozhrání pro tyto databáze. Tato práce navrhuje ChQL, intuitivní dotazovací jazyk pro databázi biologických dat Chado. ChQL umožňuje biologům poskládat dotaz za použití pojmů, které dobře znají bez nutnosti znát SQL nebo použité schéma. Tato práce implementuje aplikaci pro dotazování databáze Chado pomocí ChQL. Webové rozhrání provede uživatele procesem zostavení věty jazyka ChQL. Aplikace přeloží tuto větu do SQL dotazu, odešle jej do databáze Chado a zobrazí vrácená data v tabulce. Výsledky jsou vyhodnoceny testováním dotazů na reálných datech.
|
|
|
Detekce genů v DNA sekvencích
Bahurek, Tomáš ; Burgetová, Ivana (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Tato práce se věnuje problematice detekce genů v DNA sekvencích. Vysvětluje spůsob uložení informace v DNA sekvencích, poskytuje přehled některých metod pro detekci genů, konkrétně popisuje vybrané metody a výsledky testů těchto metod na reálnych datech (geném bakterie E. coli K12). Obsahuje porovnání efektivity metod při různých parametrech a efektivity metod mezi sebou.
|
|
|
Detekce genů v DNA sekvencích
Bahurek, Tomáš ; Burgetová, Ivana (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Tato práce se věnuje problematice detekce genů v DNA sekvencích. Vysvětluje spůsob uložení informace v DNA sekvencích, poskytuje přehled některých metod pro detekci genů, konkrétně popisuje vybrané metody a výsledky testů těchto metod na reálnych datech (geném bakterie E. coli K12). Obsahuje porovnání efektivity metod při různých parametrech a efektivity metod mezi sebou.
|
|
|
Dotazovací jazyk pro databáze biologických dat
Bahurek, Tomáš ; Vogel, Ivan (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
S rapidně stoupajícím množstvím biologických dat stoupá i důležitost biologických databází. U těchto databází je nezbytné objevování znalostí (nalezení spojitostí, které nebyli známé v čase vkládání dat). K získávání znalostí z biologických databází je nutná konstrukce složitých SQL dotazů, což vyžaduje pokročilou znalost SQL a použitého databázového sché- matu. Biologové většinou tyto znalosti nemají, proto je potřeba nástroje, který by poskytl intuitivnějšího rozhrání pro tyto databáze. Tato práce navrhuje ChQL, intuitivní dotazovací jazyk pro databázi biologických dat Chado. ChQL umožňuje biologům poskládat dotaz za použití pojmů, které dobře znají bez nutnosti znát SQL nebo použité schéma. Tato práce implementuje aplikaci pro dotazování databáze Chado pomocí ChQL. Webové rozhrání provede uživatele procesem zostavení věty jazyka ChQL. Aplikace přeloží tuto větu do SQL dotazu, odešle jej do databáze Chado a zobrazí vrácená data v tabulce. Výsledky jsou vyhodnoceny testováním dotazů na reálných datech.
|
host ::
RSS.