Original title: Klasifikace malých nekódujících RNA
Translated title: Classification of Small Noncoding RNAs
Authors: Žigárdi, Tomáš ; Martínek, Tomáš (referee) ; Vogel, Ivan (advisor)
Document type: Master’s theses
Year: 2015
Language: cze
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstract: [cze] [eng]
Tato diplomová práce opisuje návrh a implementaci nástroje pro klasifikaci rostlinných microRNA bez genomu. Použity jsou vlastnosti mature a star sekvencí v microRNA duplexech. Implementována metoda je založena na shlukování RNA sekvencí (nástrojem CD-HIT), hlavne pro redukci jejich počtu. Vybraní reprezentanti z jednotlivých shluků jsou klasifikováni použitím support vector machine. Výkonnost klasifikace je víc než 96% (na základě metody cross-validation, využitím trénovacích dat). This masters's thesis contains description of designed and implemented tool for classification of plant microRNA without genome. Properties of mature and star sequences in microRNA duplexes are used. Implemented method is based on clustering of RNA sequences (with CD-HIT) to mainly reduce their count. Selected representants from each clusters are classified using support vector machine. Performance of classification is more than 96% (based on cross-validation method using the training data).
Keywords: CD-HIT; central dogma of molecular biology; classification of plant miRNA; cross-validation; duplex; miRNA; next-generation sequencing; sequences clustering; small noncoding RNAs; support vector machine; CD-HIT; centrální dogma molekulární biologie; cross-validation; duplex; klasifikace rostlinných miRNA; malé nekódující RNA; miRNA; next-generation sekvenování; support vector machine; zhlukování sekvencí

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: http://hdl.handle.net/11012/52305

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-234981


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Master’s theses