Original title: Studium reverzibilní adsorpce nukleových kyselin na pevných nosičích
Translated title: Study of Reversible Adsorption of Nucleic Acids on Solid Surfaces
Authors: Trachtová, Štěpánka ; Zendulková,, Dagmar (referee) ; Drbohlav,, Jan (referee) ; Rittich, Bohuslav (advisor)
Document type: Doctoral theses
Year: 2011
Language: cze
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická
Abstract: [cze] [eng]
Magneticky řízené separační techniky využívající pevné magnetické částice jsou řazeny mezi moderní separační metody urychlující a usnadňující dříve používané separační postupy. Použití magnetických částic je podmíněno přísnými požadavky na fyzikální a chemické vlastnosti částic, včetně nízké toxicity, biokompatibility. Cílem této studie bylo zhodnotit možnosti využití různých polymerních magnetických neporézních nosičů P(HEMA-co-GMA), P(HEMA-co-GMA), PGMA funkcionalizovaných karboxylovými skupinami, nanočástic manganatého peroskvitu La0.75Sr0.25MnO3 pokrytých vrstvou silikagelu a termosenzitivních poly(N-isopropylakrylamidových) mikročástic - P(NIPAAm) pro izolaci DNA z komplexních vzorků obsahujících PCR inhibitory (různé druhy potravin a vzorků získaných z životního prostředí). Byla vypracována metoda reversibilní absorpce nukleových kyselin na povrch pevných nosičů v prostředí systému vodné fáze složené z 16% PEG 6000 a 2M NaCl z různých typů komplexních vzorků (mléčných výrobků, mléčných náhrad a probiotických doplňků stravy, myší stolice). Byly optimalizovány podmínky (pH elučního pufru, teplota, doba eluce) uvolnění adsorbované DNA do elučního pufru. Kvalita eluované DNA a přítomnost cílové DNA byly úspěšně ověřeny pomocí PCR a PCR v reálném čase za využití primerů specifických pro doménu Bacteria a rod Lactobacillus. PCR v reálném čase byla použita pro testování případného inhibičního vlivu přítomných nanočástic v PCR porovnáním účinnosti amplifikace purifikované DNA v přítomnosti nanočástic s DNA bez nanočástic. Magnetically driven separation techniques using magnetic solid carriers are one of modern methods to speed up and facilitate the previously used separation and purification procedures. The use of magnetic particles in biology imposes strict requirements on physical, and chemical properties of the particles, including low toxicity, biocompatibility and non-interference with the chemical environment in diagnostics. The aim of this study was to evaluate carboxyl-functionalised magnetic non-porous P(HEMA-co-GMA), P(HEMA-co-EDMA), PGMA, silica-coated lanthanum manganese peroskvite La0.75Sr0.25MnO3 and thermosensitive poly(N-isopropylacrylamide) microspheres – P(NIPAAm) for DNA isolation from different types of complex food and environmental samples containing PCR inhibitors. The solid-phase reversible immobilisation (SPRI) of nucleid acids on microsphere surface and the release of adsorbed DNA were optimised. DNA from real samples (milk products and probiotic food suplements, mouse faeces) was apparently adsorbed on solid particles from the aqueous phase system composed of 16% PEG 6000 and 2M NaCl. The conditions of the subsequent release absorbed DNA to the elution buffer (pH of elution buffer, temperature and time of elution) were optimized. The quality of eluted DNA and the presence of target DNA were examined by PCR and q-PCR using domain-specific Bacteria and genus-specific Lactobacillus primer set. Real-time PCR was used for an estimation of the PCR interference by comparing the amplification efficiencies of purified DNA containing solid nanoparticles with the DNA standards free of any nanoparticles
Keywords: DNA isolation magnetic particles polymerase chain reaction (PCR) solid-phase reversible immobilisation (SPRI); izolace DNA magnetické nosiče polymerázová řetězová reakce (PCR) metoda reversibilní adsorpce na pevné fázi

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: http://hdl.handle.net/11012/7787

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-233338


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Doctoral theses