Original title: Statistické vyhodnocení fylogeneze biologických sekvencí
Translated title: Statistic evaluation of phylogeny of biological sequences
Authors: Vadják, Šimon ; Provazník, Ivo (referee) ; Škutková, Helena (advisor)
Document type: Master’s theses
Year: 2014
Language: cze
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract: [cze] [eng]
Diplomová práce poskytuje ucelený přehled resamplingových metod pro testování správnosti topologie fylogenetických stromů odhadujících průběh fylogeneze na základě podobnosti biologických sekvencí. Důraz byl kladen také na možnosti vzniku nepřesností v tomto odhadu a na možnosti jejich odstranění a odhalení. Tyto metody byly realizovány v programovém prostředí Matlab pro Bootstrapping, Jackknifing, OTU jackknifing a PTP test (permutation tail probability). Práce si klade za cíl otestovat jejich použitelnost na různých biologických sekvencích a také posoudit vliv volby vstupních parametrů analýzy na výsledky těchto statistických testů. The master's thesis provides a comprehensive overview of resampling methods for testing the correctness topology of the phylogenetic trees which estimate the process of phylogeny on the bases of biological sequences similarity. We focused on the possibility of errors creation in this estimate and the possibility of their removal and detection. These methods were implemented in Matlab for Bootstrapping, jackknifing, OTU jackknifing and PTP test (Permutation tail probability). The work aims to test their applicability to various biological sequences and also to assess the impact of the choice of input analysis parameters on the results of these statistical tests.
Keywords: bootstrapping; distance matrix; evolutionary model; jackknifing; neighbor joining; OTU jackknifing; permutation tail probability; phylogenetic tree; PTP test; resampling tests; scoring matrix; substitution matrix; taxon; bootstrapping; distanční matice; evoluční model; fylogenetický strom; jackknifing; neighbor joining; OTU jackknifing; permutation tail probability; PTP test; resamplingové testy; skórovací matice; substituční matice; taxon

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: http://hdl.handle.net/11012/31563

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-221143


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Master’s theses