Original title: A Phenylnorstatine Inhibitor Binding to HIV-1 Protease: Geometry, Protonation and Subsite-Pocket Interactions Analyzed at Atomic Resolution
Translated title: Vazba fenylnorstatinového inhibitoru na proteázu HIV-1: geometrie, protonace a interakce kapes podřadných míst analyzované při atomovém rozlišení
Authors: Brynda, Jiří ; Řezáčová, Pavlína ; Fábry, Milan ; Hořejší, Magdalena ; Štouračová, Renata ; Sedláček, Juraj ; Souček, Milan ; Hradilek, Martin ; Lepšík, Martin ; Konvalinka, Jan
Document type: Papers
Conference/Event: Meeting of the Czech and Slovak structural biologists /3./, Nové hrady (CZ), 2004-03-11 / 2004-03-13
Year: 2004
Language: eng
Abstract: [eng] [cze]
The x-ray structure of a complex of HIV-1 protease (PR) with a phenylnorstatine inhibitor Z-Pns-Phe-Glu-Glu-NH2 has been determined at 1.03 A, the highest resolution so far reported for any HIV PR complex. The inhibiot shows subnanomolar Ki values for both the wild-type PR and the variant representing one of the most common mutations linked to resistance development. The structure displays a unique pattern of hydrogen bonding to the two catalytic aspartate residues. The high resolution permints to assess the donor/acceptor relations of this hydrogen bonding and to indicate a proton shared by the two catalytic residues. Structural mechanism for the unimpaired inhibition of the protease Val82Ala mutant is also suggested, based on energy calculations and analyses Byla určena rentgenová struktura komplexu proteázy HIV-1 (PR) s fenylnorstatinovým inhibitorem Z-Pns-Phe-Glu-Glu-NH(2) při rozlišení 1,03 A, nejvyšším rozlišení, které bylo doposud uvedeno pro kterýkoli komplex HIV PR. Tento inhibitor vykazuje subnanomolární hodnoty K(i) jak pro PR divokého typu, tak pro variantu představující jednu z nejběžnějších mutací spojenou s vývojem rezistence. Struktura obsahující fenylnorstatinovou část chirality (2R,3S) vykazuje jedinečný obraz vazby vodíkových můstků na dva katalytické aspartátové zbytky. Toto vysoké rozlišení umožňuje zjistit donorové a akceptorové vztahy těchto vodíkových můstků a určit proton sdílený oběma katalytickými zbytky. Je také navržen strukturální mechanismus nenarušené inhibice mutanty proteázy Val82Ala založený na energetických výpočtech a analýzách
Keywords: atomic resolution; HIV protease; inhibitor
Project no.: CEZ:AV0Z5052915 (CEP), OE67/1 (CEP)
Funding provider: GA MŠk
Host item entry: Materials Structure in Chemistry, Biology, Physics and Technology, ISSN 1211-5894

Institution: Institute of Molecular Genetics AS ČR (web)
Document availability information: Fulltext is available at the institute of the Academy of Sciences.
Original record: http://hdl.handle.net/11104/0016093

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-20493


The record appears in these collections:
Research > Institutes ASCR > Institute of Molecular Genetics
Conference materials > Papers