Original title: Analysis of bacterial isolates and community DNA from four different succession plots in post-mining area
Translated title: Analýza bakteriálních izolátů a DNA ze společenstva ze čtyř různých sukcesních ploch na území po těžbě hnědého uhlí
Authors: Chroňáková, Alica ; Halbritter, A. ; Krištůfek, Václav ; Biró, B.
Document type: Papers
Conference/Event: Present methods for investigation of microbial community biodiversity in soils and substrates. Methodological workshop /9./, České Budějovice (CZ), 2004-03-02 / 2004-03-03
Year: 2004
Language: eng
Abstract: [eng] [cze]
Microbial communities of 4 different stages (initial [0 years after heaping of the excavated material], early [10], middle [20] and late [42] of primary succession process were studied. They were characterized by genotyping methods: ARDRA - Amplified ribosomal DNA restriction analyses and box-PCR - genomic fingerprinting using specific primer for boxA-element. Box-PCR method was chosen for comparison of methodological approaches used for characterization of heterotrophic bacterial communities. ARDRA patterns of eubacterial communities were so complex and there weren´t shown any differences among individual communities on different stages of primary succession process. Actinomycetes communities were analyzed using two sets of primers: Actinomycetes 1. (243F-1378R, Heuer et al. 1997) and Actinomycetes 2. (243F-A3R; Monciardini et al. 2002). Fingerprints, which were obtained using both of actinomycetes specific primers, showed differences between communities on the early and later stages of primary succession process. Boy-PCR analysis is still in data processing and will be published later Byla studována mikrobiální společenstva 4 rozdílných stadií (iniciální [0 let po navršení výsypkového materiálu], rané [10], střední [20] a pokročilé [42]) v procesu primární sukcese. Tato společenstva byla charakterizována genotypickými metodami: ARDRA (Amplified Ribosomal DNA Restriction Analysis) a box-PCR - genomický fingerprint s použitím specifického primeru pro repetitivní box A - element. Metoda box-PCR byla vybrána pro porovnání metodických přístupů analýzy heterotrofního bakteriálního společenstva. ARDRA profily eubakteriálního společenstva byly příliš komplexní a neukázaly žádné rozdíly mezi jednotlivými společenstvy eubakterií na odlišných sukcesních plochách. Společenstvo aktinomycet bylo studováno použitím dvou sad primerů: aktinomycety 1. (243F-1378R, Heuer et al. 1997) a aktinomycety 2. (243F-1401R, Monciardini et al. 2002).Fingerprinty získané použitím dvou specifických sad primerů pro aktinomycety ukázaly rozdíl mezi společenstvem aktinomycet na raném a středním stadiu v procesu primární sukcese. Výsledky z analýzy box-PCR jsou nyní v procesu zpracování a budou publikovány později
Keywords: bacterial isolates; community DNA; succession plots in post-mining area
Project no.: CEZ:AV0Z6066911 (CEP), GA526/03/1259 (CEP)
Funding provider: GA ČR
Host item entry: Present methods for investigation of microbial community biodiversity in soils and substrates, ISBN 80-86525-03-1

Institution: Institute of Soil Biology AS ČR (web)
Document availability information: Fulltext is available at the institute of the Academy of Sciences.
Original record: http://hdl.handle.net/11104/0012645

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-19944


The record appears in these collections:
Research > Institutes ASCR > Institute of Soil Biology
Conference materials > Papers