Original title: Metodika detekce vnitřního genu hrachu setého lektinu pomocí PCR: metodika pro praxi
Translated title: PCR based assay for detection garden pea lec gene
Authors: Vráblík, Aleš ; Hodek, Jan ; Ovesná, Jaroslava
Document type: Methods
Year: 2012
Language: cze
Publisher: Výzkumný ústav rostlinné výroby, v.v.i.
Abstract: [cze] [eng]
Metodika popisuje detekci vnitřního genu hrachu setého lektinu pomocí PCR a real-time PCR s využitím nově vyvinutých specifických primerů. Podstatou zkoušky je zjistit ve vzorku přítomnost nukleotidové sekvence specifické pro lektin, vnitřní gen hrachu setého. Vzhledem k tomu, že v řadě matric je DNA poškozena výrobními postupy, využívá se amplifikace krátkého úseku DNA. Po amplifikaci cílové DNA metodou PCR následuje elektroforetická separace PCR produktů v agarózovém gelu. V transiluminátoru se poté v UV světle vizualizuje hledaný PCR produkt v podobě proužku svítícího na gelu v předem určené pozici. Nově vyvinuté primery byly rovněž verifikovány pro metodu real-time PCR s využitím SYBR® Green detekce. U dané metody byla ověřena specificita a rovněž byl stanoven detekční a kvantifikační limit. The method was developed and verified by staff of National reference laboratory for GMO identification and DNA fingerprinting suited for governmental control laboratories and private laboratories that analyze food and feed derived from various plant matrices. Method can be applied for quantification of GM pea in a sample, when reference gene is used as a standard. The method describe internal garden pea specific gene, lektin in this case, detection using PCR and real-time PCR. The general principle of the assay relies on lektin specific sequence presence that represents a species specific gene of garden pea. In many matrices DNA is damaged so amplification of short stretches of DNA is used. After amplification of target exploiting newly developer species specific gene primers PCR products are separated by electrophoresis in agarose gel. Resulting band is visualized by UV light and its position is compare with size standard. Alternatively, real-time PCR and ABI platform in combination with SYBR® Green can be used. Reaction parameters are described and specificity of reaction was verified. LOD as well as LOQ was defined.
Keywords: garden pea; GMO; lectin; modulated signal detection; real-time PCR; SYBR Green; ultraviolet radiation; vegetable legumes; detekce; hrách setý; lektin; luskoviny; ultrafialové záření
Project no.: QI101B267 (CEP)
Funding provider: Ministerstvo zemědělství ČR
Rights: This work is protected under the Copyright Act No. 121/2000 Coll.

Institution: Crop Research Institute (web)

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-124033


The record appears in these collections:
Research > Scientific research institutions > Crop Research Institute
Analytical and methodological materials > Methods