|
|
Studium protinádorového účinku platinových komplexů PHEN-BEQU
Večeřová, Michaela ; Prachařová,, Jitka (oponent) ; Kostrhunová,, Hana (vedoucí práce)
Rakovina představuje pro společnost velkou hrozbu a přestože v dnešní době existuje velká škála řešení tohoto problému, není ani jedno bez rizik. V bakalářské práci bylo za úkol studovat protinádorový účinek nově nasyntetizovaných platinových komplexů skupiny PHEN-BEQU. V prvé řadě byl proveden test MTT a jeho výsledkem byly hodnoty IC50 jednotlivých komplexů. Cytotoxicita byla změřená pomocí testu CellTiter-Glo® také na sferoidech - 3D buněčných modelech, které dokážou lépe simulovat prostředí skutečného nádoru. Dále byla změřena akumulace komplexů v buňkách a jádrech a stanoven typ buněčné smrti. Výsledky byly dány do souvislosti s obsahem lipofilních skupin a zhodnoceny jejich účinky.
|
|
|
Analysis of Microscopic Images of Cancer Cells
Vičar, Tomáš ; Matula,, Petr (oponent) ; Sladoje, Natasa (oponent) ; Kolář, Radim (vedoucí práce)
This dissertation focuses on the analysis of various forms of microscopic image data of cancer cells (static 2D images, static 3D stacks, 2D timelapse live cell imaging). The main focus is on data acquired with a~coherence controlled holographic microscope, which is a~relatively new modality capable of contrast imaging of live cells without staining (label-free) and provide quantitative information (Quantitative Phase Imaging - QPI). In this thesis, the basic procedure for the analysis of cell images is described, where new methods for the individual steps are developed and refined. The largest part of the thesis is devoted to cell segmentation, where classical and deep learning-based methods are summarized. New methods suitable specifically for QPI data are also developed. A~part of the thesis is devoted to the segmentation of 3D fluorescence nuclei and the detection of DNA breaks using deep learning. The thesis also deals with further processing in the form of cell tracking, feature extraction and subsequent analysis, where cell death is detected and suitable interpretable features are developed to classify cell death into apoptotic and lytic. Overall, this thesis contributes to the development of different steps of image analysis of cancer cells and reflects current advances in the image analysis field, deep learning approaches in particular, which is also demonstrated in several research applications.
|
|
|
Analýza změn fenotypu nádorových buněk navozených migrastatiky v kvantitativním fázovém zobrazení
Kolínková, Veronika ; Netíková,, Irena Štenglová (oponent) ; Veselý, Pavel (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zaměřuje na pozorování živých buněk pomocí neinvazivní metody kvantitativního fázového zobrazování (hiQPI). Takové zobrazení je umožněno pomocí koherencí řízeného holografického mikroskopu (CCHM) vyvinutého v laboratoři experimentální biofotoniky na VUT. Pomocí této zobrazovací technologie jsou v rámci experimentální části práce vyhodnoceny morfologické změny nádorových buněk A549 a MCF7 po aplikaci potenciálních migrastatik. Jako migrastatika jsou označována již schválená léčiva, která by mohla zamezit migraci nádorových buněk z primárního nádoru a tím předejít vzniku metastáz. Pro posouzení jejich účinku na nádorové buňky byla zvolena metoda RAC-GM (Rychlé vyšetření růstu a migrace buněk in vitro).
|
|
|
Terapie obtížně léčitelných nádorů slinivky břišní pomocí nových metalofarmak a jejich mechanismus působení
Švitelová, Marie ; Prachařová,, Jitka (oponent) ; PhD, Vojtěch Novohradský, (vedoucí práce)
Nádorová onemocnění a protinádorová terapie představuje v současné době velmi aktuální problematiku, ve které jsou veškeré získané poznatky velkým přínosem pro společnost. I přes mimořádný rozvoj tohoto oboru jsou dostupné léčebné přístupy nádorů stále velmi omezené řadou faktorů, které motivují vědecké týmy k nalezení cílené, efektivní terapie. Hlavním cílem této bakalářské práce bylo provést klasifikační cytotoxické testy s nově syntetizovanými enantiomery [Pt(OXA)(1,2-DACHEX)] odvozenými od oxaliplatiny na buněčné úrovni. Při testování výše zmíněných látek jsme se zaměřili na analýzu antiproliferačního působení komplexů a odhalení mechanismu jejich působení. Z výsledků práce vyplývá, že R,R-enantiomer vykazuje vysoké terapeutické účinky při aplikaci na buňky adenokarcinomu pankreatu PSN1. Experimenty dále prokázaly, že mechanismus účinku tohoto komplexu v buňkách karcinomu slinivky břišní zahrnuje ovlivnění lipogeneze, konkrétně inhibici de novo syntézy lipidů. Protinádorové působení zaměřené na ovlivnění metabolismu lipidů představuje nový mechanismus účinku, který dosud nebyl uvažován u klinicky používaných protinádorových platinových léků. Získané informace naznačují, že by R,R-enantiomer mohl představovat budoucí nadějné cytostatikum, které by potenciálně vykazovalo méně nežádoucích účinků na organismus pacienta.
|
|
|
Úloha fosfoinositidů v makropinocytóze
Hájek, Tomáš ; Doubravská, Lenka (vedoucí práce) ; Španielová, Hana (oponent)
Makropinocytóza je neselektivní na aktinu závislý typ endocytózy. Je důležitá pro normální fyziologii některých buněčných typů. Využívají ji ale i intracelulárními paraziti, kteří se takto internalizují do hostitelských buněk a rovněž hraje roli v nutričním příjmu některých nádorových buněk. Během makropinocytózy vzniká samoorganizovaná membránová subdoména oddělená difúzní bariérou nazývaná makropinocytární pohárek. Polymerace aktinu řízená RAC1 proteinem je nezbytná pro tvorbu membránových výběžku na periferii pohárku, kde je přítomen úzký prstenec aktin nukleačních faktorů. Naproti tomu na bázi pohárku dochází k disociaci aktinu díky RAS-řízené tvorbě fosfatidylinositoltrisfosfátů (PIP3). Při uzavírání pohárku je nutné sekvenční odbourání PIP3 až na fosfatidylinositol a získání endozomální identity nově vzniklého váčku. Během časných fází maturace makropinocytozomu dochází k jeho tubulaci, díky čemuž váček zmenšuje svůj průměr a stabilizuje se. V pozdních fázích může makropinocytární váček splývat s lysozomem, čímž se do této degradační organely dostane internalizovaný materiál. Během celého procesu jsou součástí membrány konkrétní typy fosfatidylinositolů, které umožňují přenášení signálů a zajišťují identitu membrán. Tyto fosfolipidy řídí celou makropinocytózu a regulují metabolismus buňky.
|
|
|
Studium významu a mechanismů zapojení získané imunity při nádorové imunoterapii založené na synergii agonistů TLR a ligandů stimulujících fagocytózu
VENHAUEROVÁ, Anna
Tématem této diplomové práce je analýza zapojení získané imunity v průběhu protinádorové MBTA imunoterapie, která je založena na synergii mezi TLR agonisty, agonistickou protilátkou anti-CD40 a fagocytózu stimulujícími ligandy, které jsou na povrch nádorových buněk ukotveny biokompatibilní kotvou BAM. Tato imunoterapie byla testována na pankreatickém adenokarcinomu Panc02. Cílem této práce byla analýza nádorové infiltrace buňkami imunitního systému během terapie, následně bylo studováno zapojení adaptivní imunity na imunodeficientních myších. Poslední část práce byla věnována inhibitoru survivinu YM155, betaglukanům a anti-TGF, jakožto vhodným kandidátům pro zesílení imunoterapeutických účinků stávající MBTA terapie.
|
|
|
Analysis of Microscopic Images of Cancer Cells
Vičar, Tomáš ; Matula,, Petr (oponent) ; Sladoje, Natasa (oponent) ; Kolář, Radim (vedoucí práce)
This dissertation focuses on the analysis of various forms of microscopic image data of cancer cells (static 2D images, static 3D stacks, 2D timelapse live cell imaging). The main focus is on data acquired with a~coherence controlled holographic microscope, which is a~relatively new modality capable of contrast imaging of live cells without staining (label-free) and provide quantitative information (Quantitative Phase Imaging - QPI). In this thesis, the basic procedure for the analysis of cell images is described, where new methods for the individual steps are developed and refined. The largest part of the thesis is devoted to cell segmentation, where classical and deep learning-based methods are summarized. New methods suitable specifically for QPI data are also developed. A~part of the thesis is devoted to the segmentation of 3D fluorescence nuclei and the detection of DNA breaks using deep learning. The thesis also deals with further processing in the form of cell tracking, feature extraction and subsequent analysis, where cell death is detected and suitable interpretable features are developed to classify cell death into apoptotic and lytic. Overall, this thesis contributes to the development of different steps of image analysis of cancer cells and reflects current advances in the image analysis field, deep learning approaches in particular, which is also demonstrated in several research applications.
|
|
|
Analýza změn fenotypu nádorových buněk navozených migrastatiky v kvantitativním fázovém zobrazení
Kolínková, Veronika ; Netíková,, Irena Štenglová (oponent) ; Veselý, Pavel (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zaměřuje na pozorování živých buněk pomocí neinvazivní metody kvantitativního fázového zobrazování (hiQPI). Takové zobrazení je umožněno pomocí koherencí řízeného holografického mikroskopu (CCHM) vyvinutého v laboratoři experimentální biofotoniky na VUT. Pomocí této zobrazovací technologie jsou v rámci experimentální části práce vyhodnoceny morfologické změny nádorových buněk A549 a MCF7 po aplikaci potenciálních migrastatik. Jako migrastatika jsou označována již schválená léčiva, která by mohla zamezit migraci nádorových buněk z primárního nádoru a tím předejít vzniku metastáz. Pro posouzení jejich účinku na nádorové buňky byla zvolena metoda RAC-GM (Rychlé vyšetření růstu a migrace buněk in vitro).
|
|
|
Vliv nádorových fibroblastů na přežívání, proliferaci a invazivitu nádorových buněk.
Nováková, Gita ; Anděra, Ladislav (vedoucí práce) ; Brábek, Jan (oponent)
Nádorové mikroprostředí představuje, vedle vlastních nádorových buněk, strukturně i funkčně významnou součást nádoru. Obdobně jako v orgánech je i toto prostředí je vytvářeno několika buněčnými typy (fibroblasty, buňkami imunitního systému, endoteliálními buňkami aj.) a nebuněčnou složkou (především extracelulární matrix). Všechny tyto součásti formují vhodné prostředí pro vlastní nádorové buňky - podporují jejich růst a množení, brání imunitnímu systému v jejich zničení a zabezpečují i jejich výživu. Jednu z hlavních složek nádorového mikroprostředí představují nádorové fibroblasty. Vznikají z různých buněčných typů (stávajících fibroblastů, endoteliálních buněk, epiteliálních buněk atd.) vlivem faktorů produkovaných nádorovými buňkami (především TGF-β). Tyto aktivované nádorové fibroblasty (cancer associated fibroblasts, CAFs) exprimující α-SMA nejsou z tkáně odstraňovány podobně jako fibroblasty účastnící se reparačních procesů. Naopak v tkáni přetrvávají a produkují řadu pro-nádorových faktorů, mezi nejvýznamnější patří SDF-1, HGF, IGF-1, IL-6, VEGF, PDGF-C, TGF-β, MMPs aj. CAFs a jimi sekretované faktory ovlivňující téměř všechny znaky nádoru, tzv. Hallmarks of Cancer - podporují proliferaci nádorových buněk, brání jejich vstupu do apoptózy, podporují tvorbu cévního zásobení nádoru, aktivně přetváří...
|
|
|
Úloha kaspázy 2 v indukci apoptózy nádorových buněk.
Schmiedlová, Martina ; Kovář, Jan (vedoucí práce) ; Horníková, Lenka (oponent)
Kaspáza 2 v prámci buňky pravděpodobně plní několik funkcí. Kaspáza 2 má schopnost podílet se na indukci apoptózy, dále pak schopnost podílet se na reparaci poškozené DNA či regulaci buněčného cyklu. Kaspáza 2 má znaky iniciačních i exekučních kaspáz. Podnětem pro aktivaci kaspázy 2 bývá mimo jiné oxidační stres a poškození DNA buňky. Kaspáza 2 je aktivována štěpením při interakci s proteinovými komplexy. Jeden z proteinových komplexů tvoří prokaspáza 2 s proteiny RAIDD a PIDD, čímž vznikne PIDDozóm, v jehož rámci se prokaspáza 2 aktivuje. Aktivní kaspáza 2 existuje ve dvou formách a to v krátké S formě a dlouhé L formě. Dlouhá L forma působí proapoptoticky na rozdíl od S formy, která má antiapoptotické účinky. S forma kaspázy 2 byla zatím prokázána pouze na úrovni mRNA, nikoli na úrovni proteinu. Hlavní úloha L formy kaspázy 2 spočívá v indukci apoptózy u normálních i nádorových buněk. Kaspáza 2 se v nádorových buňkách aktivuje vnější i vnitřní drahou indukce apoptózy. Indukce apoptózy kaspázou 2 se např. studuje v souvislosti s terapií nádorů prsu taxany. Schopnost kaspázy 2 indukovat apoptózu u nádorových buněk i v nepřítomnosti proteinu p53 se využívá v terapii nádorů včetně překonání rezistence k indukci apoptózy, která je podmíněná ztrátou aktivity proteinu p53. Kaspáza 2 se účastní indukce apoptózy...
|
host ::
RSS.