|
|
Structural Studies on Extracellular Domains of adhesion G Protein-Coupled Receptor ADGRG4
Strnadová, Martina ; Márová, Ivana (oponent) ; Mravec, Filip (vedoucí práce)
The aim of this thesis was to provide structural information on the huge extracellular region (ECR) of ADGRG4 that allows hypothesis of the function of the receptor. Therefore, the ECR was dissected into smaller, likely independently folded subunits. Subsequently, these samples were recombinantly expressed in human embryonic kidney 293 cells (HEK293S cells). These protein constructs were purified to allow for subsequent biophysical characterization. To increase the possibility of protein crystallisation, the purified protein was deglycosylated and then subjected to crystallisation trials. The second part of this thesis dealt with the analysis of the construct that contained the NTF part (the CTF was lacking), of well-established ADGRs. Ten different constructs were successfully cloned and expressed in HEK293T cells. Native PAGE and Dynamic Light Scattering (DLS) techniques were used to evaluate the results of the oligomeric state of the samples from both parts. As a control for autoproteolysis, which is a typical feature of aGPCR, various WB techniques were used. The Nano-Differential Scanner Fluorescence (DSF method was used to determine the prepared constructs and to find the optimal conditions for the buffers used in the thesis. The results of the first part show under which conditions the crystallisation trials were the most suitable that can be repeated and optimized further in the research. The second part showed which cloned constructs were able to be expressed in cells. Based on the parameters obtained from the first and second parts, research in this area can continue and, in the future, we can obtain important information about these remarkable receptors.
|
|
|
Morfologická a molekulární charakterizace kvasinek rodu \kur{Zygosaccharomyces} asociovaných se včelami
JAVŮRKOVÁ, Petra
Včelařství je jedním z nejstarších oborů lidské činnosti. Klíčovou roli v tomto oboru představuje včela medonosná (Apis mellifera), která je i významným opylovatelem zemědělských plodin a planě rostoucích rostlin. Přestože si včely během dlouhého evolučního vývoje vyvinuly obranné mechanismy proti různorodým vnějším vlivům, jejich existence je v současné době ohrožena řadou faktorů. Zajímavým prostředkem pro zvyšování imunity včelstva se zdá být včelí mikrobiota. Právě na ni se zaměřuje tato diplomová práce, s praktickou částí zaměřenou na kvasinky rodu Zygosaccharomyces. Ze střev včelích larev, rousků a pylu bylo na vybraných kultivačních médiích izolováno dvacet vzorků/kmenů kvasinek. Na základě sekvenování úseku D1/D2 velké podjednotky ribozomální DNA byly v těchto dvaceti vzorcích identifikovány tři druhy rodu Zygosaccharomyces: Z. rouxii, Z. favi a Z. mellis. Výstupem této práce jsou rovněž čtyři páry primerů, které byly navrženy v rámci úseku ITS a mohou být alternativou či doplněním molekulární charakterizace izolovaných kmenů kvasinek na základě jiného markerového úseku DNA. Všechny primery byly vyhodnoceny jako specifické pro druh Z. rouxii. Pomocí jednoho primerového páru byl amplifikován úsek v ITS regionu i u druhu Z. mellis a tento pár by tak mohl posloužit k identifikaci i tohoto druhu. Poslední částí této práce je stanovení produkce ergosterolu v biomase kvasinek pomocí vysokoúčinné kapalinové chromatografie. Ergosterol je produkován kvasinkami Zygosaccharomyces a podílí se tak mimo jiné i na vývoji včelího plodu. V této práci bylo zjištěno, že hladiny ergosterolu v kvasinkách nejsou jednotné a rovněž nekorelují s produkcí biomasy. Nejvyšší produkce ergosterolu byla zjištěna u druhu Z. mellis, vzorku získaného z pylu. Výstupy této práce umožňují nový pohled na osídlení střevní mikrobioty včel a rovněž nabízejí potenciální význam do budoucnosti, zejména v aplikaci kvasinek jako zdroje ergosterolu pro vyvíjející se larvy.
|
|
|
Microbial consortia and metagenome of industrially polluted soil: occurrence of genes encoding AEH
Pitkina, Anastasiya ; Kyslík, Pavel (vedoucí práce) ; Lichá, Irena (oponent)
Půda obsahuje různorodá společenstva bakterii, což z ní děla atraktivní cíl pro metagenomický výzkum a zkoumání kultivovatelných organizmů. Tato diplomová práce analyzuje složení mikrobiálního společenstva farmaceuticky znečištěných půd, s využitím sekvenační technologie nové generace Illumina a knihovny amplikonů 16S rDNA. Tato analýza odhalila vysokou komplexitu mikrobiálního prostředí půd a potvrdila to, že antropogenní aktivita (konkrétně produkce beta-laktamových antibiotik) ovlivňuje variabilitu a relativní zastoupení druhů, aniž by však snižovala mikrobiální diverzitu. V druhé části této diplomové práce je popsaná isolace a heterologní exprese nového genu kódujícího alfa-amino acid ester hydrolázu (AEH), který pochází z kultivovatelného půdního mikroorganizmu B. cereus. AEH mají velký průmyslový potenciál v biokatalytických syntézách beta-laktamových antibiotik, které jsou momentálně velmi důležité z hlediska uplatnění v medicíně. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
host ::
RSS.