|
|
Metody reverzní genetiky u anaerobních prvoků
Stojanovová, Darja ; Tachezy, Jan (vedoucí práce) ; Doležal, Pavel (oponent)
Tato práce je primárně zaměřená na metody reverzní genetiky u anaerobních prvoků. Jelikož se jedná o široké téma, metody popisované v této práci jsou vybrané s přihlédnutím konkrétně k parazitům člověka T. vaginalis, G. intestinalis a E. histolytica. Jako metody reverzní genetiky se označují postupy umožňující manipulaci s geny na úrovni DNA a RNA za účelem porozumět jejich vlastnostem a funkci. Získané znalosti umožňují v laboratořích zabývajících se parazitickými prvoky odhalovat příčiny jejich patogenity a usnadňovat tak například hledání nových léčiv. V neposlední řadě umožňují tyto znalosti porozumět metabolismu a buněčným funkcím, které jsou u prvoků často velmi specifické nebo naopak redukované. Mezi metody reverzní genetiky na úrovni DNA, které působí trvalou změnu cílové sekvence, patří homologní rekombinace nebo integrace cizorodé DNA do genomu. Dočasné nebo trvalé změny v expresi genů mohou být realizovány pomocí transkripčního umlčování genů, kde sekvence DNA zůstává beze změny, avšak dochází k represi exprese. Transkripční umlčování genů může být navozeno řadou mechanismů, například je v některých případech funkčně propojené s dráhou RNA interference, která se běžně uplatňuje u posttranskripčního umlčování genů na úrovni mRNA. Další techniky umlčování exprese genů rozebírané v této...
|
|
|
The impact of Fam84b in retinal homeostasis
Raishbrook, Miles Joseph ; Procházka, Jan (vedoucí práce) ; Mašek, Jan (oponent)
Fam84b je jen málo prostudovaný protein, jehož funkce v eukaryotické buňce je stále nejasná. V této práci je představen myší model s vyřazeným genem FAM84B (FAM84B KO) s detailní charakteristikou jeho fenotypu v oční sítnici. Morfologie sítnice byla u FAM84B KO myší studována pomocí optické koherentní tomografie a histologie. Tyto dvě metody ukázaly dynamické změny vycházející z fotoreceptorové a z pigmentové epiteliální vrstvy. Fenotyp se zhoršoval s věkem a patologické oblasti se postupně rozšiřovaly, ale také pronikaly hlouběji do vnitřních retinálních vrstev. Porovnání lokalizace standartních retinálních buněčných markerů ukázalo, že u FAM84B KO myší dochází k postupnému rozrušení vrstev sítnice spolu s deformací retinální makrostruktury. Sítnice mutovaných myší také vykazují nižší reakci na stimulaci světlem, což bylo prokázáno pomocí elektroretinografie. Fam84b je homologní s HRASLS enzymatickou rodinou, která tlumí signalizaci asociovanou s Ras. K ověření, zda má Fam84b podobnou funkci, byly porovnány hodnoty fosforylovaných a aktivovaných downstream Ras efektorů mezi lyzáty sítnice FAM84B KO a kontrolních nemutovaných zvířat. U KO myší byla naměřena redukce pERK1 (pY204), která poukazuje na možnou funkci v rámci downstream Ras signalizace. Předběžné ko-imunoprecipitační pokusy odhalily...
|
|
|
Využití JavaScriptových MVC frameworků při tvorbě webových aplikací
KOLÁŘ, David
Cílem bakalářské práce je zpracovat a popsat problematiku týkající se JavaScritpových MVC frameworků, které pomohou zefektivnit práci při tvorbě kódu webových aplikací z hlediska skriptování na straně klienta. Zaměřím se na porovnání nejfrekventovanějších frameworků, jejich výhod, nevýhod, kdy a proč se vyplatí používat. Do mého výběru jsem zařadil AngularJS, React, Knockout a zmíním i další knihovny a frameworky. Praktická část se bude skládat z konkrétních ukázek využití jednotlivých frameworků při řešení reálných problémů. Pro tento účel vytvořím webovou aplikaci, která bude obsahovat přehled jejich vlastností, komparaci a výše zmiňované příklady.
|
|
|
Metody reverzní genetiky u anaerobních prvoků
Stojanovová, Darja ; Tachezy, Jan (vedoucí práce) ; Doležal, Pavel (oponent)
Tato práce je primárně zaměřená na metody reverzní genetiky u anaerobních prvoků. Jelikož se jedná o široké téma, metody popisované v této práci jsou vybrané s přihlédnutím konkrétně k parazitům člověka T. vaginalis, G. intestinalis a E. histolytica. Jako metody reverzní genetiky se označují postupy umožňující manipulaci s geny na úrovni DNA a RNA za účelem porozumět jejich vlastnostem a funkci. Získané znalosti umožňují v laboratořích zabývajících se parazitickými prvoky odhalovat příčiny jejich patogenity a usnadňovat tak například hledání nových léčiv. V neposlední řadě umožňují tyto znalosti porozumět metabolismu a buněčným funkcím, které jsou u prvoků často velmi specifické nebo naopak redukované. Mezi metody reverzní genetiky na úrovni DNA, které působí trvalou změnu cílové sekvence, patří homologní rekombinace nebo integrace cizorodé DNA do genomu. Dočasné nebo trvalé změny v expresi genů mohou být realizovány pomocí transkripčního umlčování genů, kde sekvence DNA zůstává beze změny, avšak dochází k represi exprese. Transkripční umlčování genů může být navozeno řadou mechanismů, například je v některých případech funkčně propojené s dráhou RNA interference, která se běžně uplatňuje u posttranskripčního umlčování genů na úrovni mRNA. Další techniky umlčování exprese genů rozebírané v této...
|
|
|
Utilization of genome editing technology to knock out \kur{dnd1} gene in sturgeons
VU THI, Trang
In this study, for the first time we used CRISPR/Cas9 gene editing technology in sturgeons i.e., sterlets (Acipenser ruthenus). The sequences of sgRNA and primers were designed based on published dnd1 sterlet sequence. Each pair of sgRNA oligos after ligation ready duplex DNA fragment was cloned into vector pX330-U6-Chimeric_BB-CBh-hSpCas9 backbone and thereafter the transformation to competent cells Escherichia coli DH5 was done. The plasmid carried sgRNA was extracted for downstream applications. We diluted extracted plasmid with 10% of 2 M KCl and injection into animal pole of fertilized eggs of sterlets at one to four-cell-stage, 4 hours post fertilization (hpf). At the same time, second microinjection with 2.5% FITC-biotin-dextrans was injected into vegetal pole for labelling PGCs. In the control groups, the eggs were only injected by 2.5% FITC into vegetal pole. PGCs of sterlet were visualized and photographed using a uorescent stereo microscope Leica M165 FC. To confirm the presence or deletion/insertion occurring in the target gene, we used MCE-202 MultiNA microchip electrophoresis system for DNA analysis, in which the targeted gene after amplifying by PCR was analyzed. Mutations in both treated and control embryos of sterlet were further assessed by Sanger sequencing of the PCR product. In present study, we successfully established basic protocols such as preparation of competent cells, construction of vector carrying sgRNA and its transformation into competent cells to carry out the CRISPR/Cas9 technology in sturgeons. Less number of PGCs was observed in embryos that were treated with CRISPR/Cas9; however, sequencing did not provide us a reliable evidence for mutation of the targeted gene probably due to an unspecific PCR. Therefore, more authentication of dnd1 knockout should be done in future by more specific PCR and repeated sequencing.
|
host ::
RSS.