|
|
Chromozomální vyšetření u plodů s poruchami vývoje
Štolfa, Miroslav ; Novotná, Drahuše (vedoucí práce) ; Král, Jiří (oponent)
Častou příčinou abnormálního vývoje plodu, která vede k předčasnému úmrtí plodu anebo narození poškozeného jedince jsou chromozomální aberace. Polovina všech spontánních potratů v prvním trimestru a téměř třetina v druhém trimestru je způsobena chromozomálními abnormalitami, především aneuploidiemi. Při prokázaných poruchách vývoje plodu by mělo být doporučeno invazivní prenatální cytogenetické vyšetření. Na základě cytogenetického nálezu mohou být těhotenství ukončena až do konce 24. týdně těhotenství. Vyšetřili jsme celkem 81 spontánních potratů, 46 plodů z uměle ukončených těhotenství a 80 abnormálně se vyvíjejících plodů z probíhajících těhotenství. Jako základní metoda pro vyšetření spontánně potracených plodů byla použita metoda G-pruhování. Genomová DNA plodů s prokazatelnými vývojovými vadami byla podrobena analýze metodou arrayCGH. Podíl abnormálních karyotypů plodů byl nejvyšší u spontánních abortů, a to 43,75 %. Jednoznačně převládaly numerické aberace (91,4 %). U uměle ukončených těhotenství bylo odhaleno 25,71 % abnormálních karyotypů. Nejnižší podíl 11,67 % aberací byl pozorován u plodů z probíhajících těhotenství. Metodou aCGH byla detekována submikroskopická aberace u 13,41 % plodů s ultrazvukovými nálezy. Celkový podíl mikroskopických a kauzálních submikroskopických chromozomálních...
|
|
|
Záchyt submikroskopických aberací u fenotypově abnormálních nosičů zjevně balancovaných chromozomových přestaveb metodou array CGH
Slámová, Zuzana ; Sedláček, Zdeněk (vedoucí práce) ; Michalová, Kyra (oponent) ; Kuglík, Petr (oponent)
Nosiči balancovaných chromozomových aberací (BCA) jsou obvykle fenotypově normální. Avšak až 27 % de novo vzniklých BCA může být spojeno s patologií fenotypu způsobenou nejčastěji submikroskopickou imbalancí nebo genovou disrupcí v oblastech zlomových míst, případně vlivem pozičního efektu. Molekulárně cytogenetické techniky oproti karyotypování umožňují detailnější popsání aberace a tím usnadňují korelaci genotypu s fenotypem pacienta. Cílem práce bylo zhodnocení výskytu variant v počtu kopií (CNV) v místech zlomů aberace i v jiných oblastech genomu u pacientů s abnormálním fenotypem, kteří byli nosiči de novo i familiárních BCA. Metodou array CGH bylo vyšetřeno 54 případů BCA (20 de novo, 27 familiárních, 7 bez objasnění původu), z toho 32 reciprokých translokací, šest robertsonských translokací, 12 inverzí a čtyři komplexní přestavby. U klinicky významných nálezů, bylo-li to možné, byli vyšetřeni i rodiče pacienta pro objasnění původu CNV. Za účelem upřesnění nálezů či vyloučení genové disrupce byla u vybraných případů použita metoda FISH. U 31,5 % pacientů (17/54) byla zachycena alespoň jedna (z toho u osmi osob více než jedna) klinicky významná CNV. U čtyř případů byly zjištěny imbalance pouze v oblastech zlomových míst, u deseti pouze CNV jinde v genomu a u tří jedinců v oblastech zlomů i...
|
|
|
Analysis of mosaic chromosomal aberrations using various methods
Oroszová, Karin ; Drábová, Jana (vedoucí práce) ; Šolc, Roman (oponent)
Mozaika představuje dvě nebo více chromozómově odlišné buněčné linie u jedince. Mozaiky jsou nejčastěji způsobeny selháním chromozomů během mitózy, což vede k získání nebo ke ztrátě chromozómů, známé pod názvem aneuploidie, avšak strukturální aberace se také mohou vyskytovat v mozaice. Práce byla provedena na srovnání účinnosti metod FISH, array CGH a klasických cytogenetických technik pro detekci mozaiky. Praktická část se zaměřuje na srovnávání výsledků u 45 pacientů, u nichž byly identifikovány mozaiky aneuploidie gonozomů (26 pacientů) a mozaiky aneuploidie autozomů (19 pacientů). Získané údaje ukazují, že se liší vyšetření karyotypu a FISH z periferní krve u 20 z 36 (55 %) pacientů. Objevil se případ, kde karyotyp nezachtytil mozaiku a metoda FISH odhalila mozaiku s abnormálními buněčnými liniemi s procentuálním zastoupením menším než 5 %. Metoda array CGH potvrdila podobné výsledky u 10 z 12 (83 %) pacientů s metodou FISH v rámci vyšetření z periferní krve. Práce se zabýva i výsledky vyšetření arteficiálně vyrobených suspenzí se známým stupněm mozaicizmu. Z výsledků vyplývá, že metoda FISH má přesnější procentuální záchyt mozaiky ve srovnání s karyotypem. Ukázalo se, že použití všech tří technik paralelně umožňuje v klinické praxi dosáhnout vysoké citlivosti a specificity na správné...
|
|
|
Detekce submikroskopických aberací metodou array CGH
HORÁKOVÁ, Pavla
Tato bakalářká práce se zabývá metodou array CGH (array Comparativ Genomic Hybridization - komparativní genomová hybridizace na čipech) a jejím využití v genetické diagnostice, a to jak prenatální tak i postnatální. Metoda slouží k určení aberantních míst, tedy chromozomových oblastí, ve kterých došlo ke změně počtu kopií sekvencí DNA. Lokalizace aberantních míst není předem známa, jedná se tedy o celogenomový screening. Metoda se používá při podezření na výskyt mikrodelečního či mikroduplikačního syndromu. Také je ji možno použít v případech pacientů, u kterých se projevují patologické fenotypové změny, ale jiné metody změnu genetické výbavy neprokázaly. Bakalářská práce se zaměřuje na stanovení diagnózy v prenatálním období a také na stanovení příčiny patologických projevů v postnatální diagnostice. Nejprve práce probírá postupy v klinické cytogenetice a poté se zabývá submikroskopickými změnami. Práce dále popisuje metodou array CGH, vysvětluje její princip, využití, vyhodnocení a interpretaci jejích výsledků. V poslední části práce statisticky vyhodnocuje data array CGH získaná na oddělení OLG Thomayerovy nemocnice v období 8/18 - 3/19. Metoda array CGH může sloužit k doplnění rutinně prováděných cytogenetických vyšetření, umožňuje získat podrobnější informace o genetickém materiálu jedince, lze vyšetřit množství mikodelečních či mikroduplikačních syndromů. Na základě výsledků může být přesně stanovena diagnóza i prognóza pacientů.
|
|
|
Využití cytogenetických a molekulárně cytogenetických metod v prenatální diagnostice
Rašpličková, Tereza ; Novotná, Drahuše (vedoucí práce) ; Zemanová, Zuzana (oponent)
Abnormální ultrazvukový nález u plodu zvyšuje pravděpodobnost záchytu chromozomových odchylek. Ty jsou příčinou až jedné čtvrtiny spontánních potratů a mrtvěrozených plodů a rozvoje řady vrozených vývojových vad životaschopných plodů a novorozenců. Karyotypování je technika využívaná pro chromozomovou analýzu prenatálních vzorků jako metoda první volby. Naproti tomu array CGH je v prenatální diagnostice prozatím používaná obvykle jako metoda doplňková a ověřovací, následující až po karyotypování. Cílem této práce bylo dokázat, že metodou array CGH je možné zachytit více chromozomových nálezů v porovnání s karyotypováním. Při splnění tohoto předpokladu mohou čipové metody nahradit konvenční karyotypování jako primární screeningovou metodu genetického vyšetřování plodů s ultrazvukovým nálezem. Současně oběma metodami bylo vyšetřeno celkem 45 prenatálních vzorků fetální DNA, indikovaných k invazivnímu vyšetření z důvodu abnormálního nálezu na ultrazvuku. Karyotypováním byly identifikovány aberace u dvou (4,4 %) plodů a metodou array CGH u pěti (11,1 %) plodů, přičemž oba nálezy detekované pomocí karyotypování byly též nalezeny i metodou array CGH; tzn., že metoda array CGH zachytila o 6,7 % více nálezů ve srovnání s karyotypováním. Výsledky této práce se shodují se závěry odborných článků, které...
|
|
|
Chromozomální vyšetření u plodů s poruchami vývoje
Štolfa, Miroslav ; Novotná, Drahuše (vedoucí práce) ; Král, Jiří (oponent)
Častou příčinou abnormálního vývoje plodu, která vede k předčasnému úmrtí plodu anebo narození poškozeného jedince jsou chromozomální aberace. Polovina všech spontánních potratů v prvním trimestru a téměř třetina v druhém trimestru je způsobena chromozomálními abnormalitami, především aneuploidiemi. Při prokázaných poruchách vývoje plodu by mělo být doporučeno invazivní prenatální cytogenetické vyšetření. Na základě cytogenetického nálezu mohou být těhotenství ukončena až do konce 24. týdně těhotenství. Vyšetřili jsme celkem 81 spontánních potratů, 46 plodů z uměle ukončených těhotenství a 80 abnormálně se vyvíjejících plodů z probíhajících těhotenství. Jako základní metoda pro vyšetření spontánně potracených plodů byla použita metoda G-pruhování. Genomová DNA plodů s prokazatelnými vývojovými vadami byla podrobena analýze metodou arrayCGH. Podíl abnormálních karyotypů plodů byl nejvyšší u spontánních abortů, a to 43,75 %. Jednoznačně převládaly numerické aberace (91,4 %). U uměle ukončených těhotenství bylo odhaleno 25,71 % abnormálních karyotypů. Nejnižší podíl 11,67 % aberací byl pozorován u plodů z probíhajících těhotenství. Metodou aCGH byla detekována submikroskopická aberace u 13,41 % plodů s ultrazvukovými nálezy. Celkový podíl mikroskopických a kauzálních submikroskopických chromozomálních...
|
|
|
Molekulárně cytogenetické vyšetření chromozomových aberací v mozaice
Cinkajzlová, Anna ; Kočárek, Eduard (vedoucí práce) ; Král, Jiří (oponent)
Diplomová práce se soustředí na numerické a strukturní aberace v mozaice. V teoretické části práce je probírána obecná problematika mozaicismu, jeho dopadu na fenotyp, mechanismy vzniku, související epigenetické modifikace a diagnostické možnosti. Praktická část se soustředí především na metodu fluorescenční in situ hybridizace (FISH) a její aplikace při diagnostice mozaicismu. Touto metodou bylo provedeno vyšetření 29 pacientů s numerickými nebo strukturními abnormalitami autozomů i gonozomů v suspektní či prokázané mozaice. Na základě analýz byly stanoveny možné příčiny chyb stanovení a získána data pro statistické hodnocení. U tří pacientů bylo provedeno také vyšetření alternativou komparativní genomové hybridizace - technikou array CGH. Metoda FISH, i přestože stojí na náhodném výběru a na lidské zkušenosti, prokázala dostatečnou senzitivitu a specificitu rovněž v oblasti diagnostiky nízkofrekvenčního mozaicismu. Hlavní kritické faktory zodpovědné za možnou desinterpretaci dat vyvstávaly z vlastností biologického materiálu, nevhodného zacílení analýzy, nestability sond, jevu bleed through a absence mitóz při diagnostice strukturních aberací.
|
|
|
Použití metody MLPA pro stanovení nebalancovaných změn genomu
KŘÍHOVÁ, Miroslava
Nebalancované přestavby chromosomů nebo-li nevyvážené přestavby jsou změny spojené s přítomností nadbytečného určitého chromosomového úseku, nebo se naopak jedná o jeho absenci. MLPA (Multiplex ligation-dependent probe amplification) je metoda založená na PCR (Polymerase Chain Reaction) principu, která ale na místo cílových sekvencí amplifikuje MLPA sondy, které se na tyto cílové sekvence hybridizují a následně je při ligaci spojují. Při MLPA je použit pouze jeden pár PCR primerů. V teoretické části se zabývám představením MLPA metody a v krátkosti i dalších metod využívaných v diagnostice lékařské genetiky např. PCR, FISH (Fluorescence in situ hybridization), Array CGH (Comparative genomic hybridization). Taky jsem zde uvedla nemoci, které jsou nebalancovanými přestavbami způsobené a některé z nich i více popsala a to konkrétně mentální retardaci a mutaci genu BRCA1,2 (Breast cancer). Praktickou část jsem prováděla v Laboratoři molekulární biologie a genetiky v Nemocnici České Budějovice a.s. a to konkrétně pod vedením pana Mgr. Ondřeje Scheinosta. Zde jsem se zabývala provedením metody MLPA u konkrétních pacientů, kvůli diagnostice BRCA1,2 genu, mikrodelečních syndromů (mentální retardace) nebo subtelomerických delecí. Vše jsem dělala pod odborným dohledem vedoucího této práce a ostatních pracovníku laboratoře. Všechny postupy byly provedeny podle standartních operačních postupů. V další části této práce se zabývám interpretací výsledků a jejich srovnáním s ostatními dostupnými metodami. A v neposlední řadě se v této části mé práce zabývám rozvahou nad rozdílnými přístupy statistické analýzy v rámci MLPA.
|
host ::
RSS.