|
|
Úloha nepřekládaných oblastí mRNA v Giardia intestinalis.
Najdrová, Vladimíra ; Doležal, Pavel (vedoucí práce) ; Zubáčová, Zuzana (oponent)
Giardia intestinalis je anaerobní jednobuněčný patogen, původce nemoci známé jako giardióza. Doposud máme pouze omezené informace o regulaci genové exprese u tohoto organismu, výjimkou jsou informace o pravděpodobném přepínání exprese povrchových antigenů. V předkládané práci jsme se zaměřili na možnou úlohu 3' nepřekládaných oblastí (3'UTR) mRNA, které zprostředkovávají stabilitu i lokalizaci mRNA transkriptů. K sledování a objasnění úloh 3' UTR využíváme RNA vazebné proteiny rodiny PUF, které se podílejí na kontrole transkriptů jejich represí, aktivací nebo degradací. Tyto výhradně eukaryotické proteiny jsou vysoce konzervované. Každý z proteinů obsahuje v C-koncové oblasti konzervativní doménu, která specificky váže 3'UTR v mRNA. Podařilo se nám identifikovat pět různých PUF proteinů v genomu G. intestinalis (GiPUF), prokázat jejich přirozenou expresi v trofozoitech G. intestinalis a lokalizovat všech pět GiPUF proteinů v cytoplasmě. GiPUF 2, GiPUF3 a GiPUF5 navíc vykazují afinitu k povrchu ER. V proteinových sekvencích jsme identifikovali C-koncovou vazebnou doménu u všech GiPUF proteinů. Nejvíce konzervovaný GiPUF4 obsahuje 8 vazebných míst, navíc téměř identických s vazebnými místy lidského PUF proteinu PUM1, kvasinkového PUF3p, FBF1 C. elegans, PUM D. melanogaster a PUF1 P. falciparum, což...
|
|
|
Úloha nepřekládaných oblastí mRNA v Giardia intestinalis.
Najdrová, Vladimíra ; Doležal, Pavel (vedoucí práce) ; Zubáčová, Zuzana (oponent)
Giardia intestinalis je anaerobní jednobuněčný patogen, původce nemoci známé jako giardióza. Doposud máme pouze omezené informace o regulaci genové exprese u tohoto organismu, výjimkou jsou informace o pravděpodobném přepínání exprese povrchových antigenů. V předkládané práci jsme se zaměřili na možnou úlohu 3' nepřekládaných oblastí (3'UTR) mRNA, které zprostředkovávají stabilitu i lokalizaci mRNA transkriptů. K sledování a objasnění úloh 3' UTR využíváme RNA vazebné proteiny rodiny PUF, které se podílejí na kontrole transkriptů jejich represí, aktivací nebo degradací. Tyto výhradně eukaryotické proteiny jsou vysoce konzervované. Každý z proteinů obsahuje v C-koncové oblasti konzervativní doménu, která specificky váže 3'UTR v mRNA. Podařilo se nám identifikovat pět různých PUF proteinů v genomu G. intestinalis (GiPUF), prokázat jejich přirozenou expresi v trofozoitech G. intestinalis a lokalizovat všech pět GiPUF proteinů v cytoplasmě. GiPUF 2, GiPUF3 a GiPUF5 navíc vykazují afinitu k povrchu ER. V proteinových sekvencích jsme identifikovali C-koncovou vazebnou doménu u všech GiPUF proteinů. Nejvíce konzervovaný GiPUF4 obsahuje 8 vazebných míst, navíc téměř identických s vazebnými místy lidského PUF proteinu PUM1, kvasinkového PUF3p, FBF1 C. elegans, PUM D. melanogaster a PUF1 P. falciparum, což...
|
|
|
Úloha kináz rodiny Src v metabolismu RNA
Gemperle, Jakub ; Rösel, Daniel (vedoucí práce) ; Mácha, Jaroslav (oponent)
Dosud bylo získáno mnoho faktů o úloze kináz rodiny Src v cytoplazmě či na plazmatické membráně a o jejich interakcích s receptory růstových faktorů nebo s komplexy ve fokálních adhezích. Jejich funkční význam u perinukleární membrány nebo dokonce uvnitř jádra však nebyl dosud dobře charakterizován. Tato práce s použitím dostupných informací poukazuje na fakt, že se kinázy rodiny Src opravdu vyskytují po určitý čas i v jádře. To otevírá novou škálu působnosti kináz rodiny Src také na metabolismus RNA, neboť se dosud předpokládalo, že jejich vliv je omezen pouze na cytoplazmatický kompartment. Tato práce shrnula dosavadní poznatky, které poukazují na složitou síť regulace metabolismu RNA závislé na kinázách rodiny Src; kinázy rodiny Src mají pleiotropní efekt nejen na RNA vazebné proteiny, ale i na remodelaci struktury chromatinu. Přímou interakcí tyto kinázy ovlivňují transport, sestřih a stabilitu RNA či genovou expresi. Tento souhrn naznačuje, že se kinázy rodiny Src nezanedbatelně podílí na metabolismu RNA a to mnoha způsoby.
|
host ::
RSS.