|
|
Detekce CNV v bakteriálních genomech
Lacinová, Michaela ; Sedlář, Karel (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá rozborem strukturní variability genomu a metodami jeho sekvenování napříč všemi generacemi. Součástí rozboru je popis variability počtu kopií a možnosti její detekce. Praktická část práce je zaměřena na návrh algoritmu pro detekci CNV na základě analýzy a testování simulovaných genomických dat podle nerovnoměrného pokrytí v genomovém sestavení, proměnlivého zastoupení GC obsahu a vzdálenosti sekvenčních čtení. Tento algoritmus je následně otestován na genomických datech bakterie Klebsiella pneumoniae.
|
|
|
Genotypizace kmenů bakterie Klebsiella pneumoniae
Nykrýnová, Markéta ; Sedlář, Karel (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá typizací kmenů bakterie Klebsiella pneumoniae. V první části jsou představeny metody typizace včetně jejich výhod a nevýhod. Následně je charakterizován bakteriální genom a popsána bakterie Klebsiella pneumoniae. V praktické části je uveden postup složení jednotlivých genomů včetně otestování jejich kvality a je představen navržený algoritmus pro nalezení variabilních úseků genů, které vykazují vyšší míru variability. Poté jsou uvedeny získané výsledky, které jsou následně otestovány na dalších genomech Klebsiella pneumoniae.
|
|
|
Antibiotic resistance profile determination in hybrid assembled bacterial genomes
Dzurčaninová, Natália ; Škutková, Helena (oponent) ; Nykrýnová, Markéta (vedoucí práce)
Antibiotic resistance is a severe problem largely caused by changes in bacteria's genomes. The acquisition and storage of reliable bacterial genomic data is, therefore, vital for the study of mechanisms and transfer of antibiotic resistance. This thesis describes bacterial genome, antibiotic resistance and tools for its identification along with processes necessary for genome acquisition, sequencing and assembly. It focuses on hybrid assembly of genomes of generally highly resistant bacteria Klebsiella pneumoniae and subsequent analysis of this genomes. The purpose of the analysis is construction of antibiotic resistance profiles and determination of phylogenetic relatedness between the genomes.
|
|
|
Antibiotic resistance profile determination in hybrid assembled bacterial genomes
Dzurčaninová, Natália ; Škutková, Helena (oponent) ; Nykrýnová, Markéta (vedoucí práce)
Antibiotic resistance is a severe problem largely caused by changes in bacterial genome. The acquisition and storage of reliable bacterial genomic data is, therefore, vital for the study of mechanisms and transfer of antibiotic resistance. This thesis describes bacterial genome, antibiotic resistance and tools for its identification along with processes necessary for genome acquisition, sequencing and assembly. It focuses on hybrid assembly of genomes of generally highly resistant bacteria Klebsiella pneumoniae and subsequent analysis of this genomes. The purpose of the analysis is construction of antibiotic resistance profiles and determination of phylogenetic relatedness between the genomes.
|
|
|
Diagnostika a léčba polyrezistentních druhů bakterií v Nemocnici Havlíčkův Brod
KOSTKOVÁ, Monika
Antibiotická rezistence je problémem nejen u nás, ale i ve světě. Stále více narůstá výskyt polyrezistentních druhů bakterií, které způsobují závažné a těžko léčitelné infekce. Tato problematika má dopady jak na zdravotní stav pacientů, tak na náklady zdravotní péče. Praktická část mé bakalářské práce byla prováděna v Laboratoři klinické mikrobiologické Nemocnice Havlíčkův Brod (ONHB). Vzorky byly odebírány z ONHB, z Psychiatrické nemocnice a od praktických lékařů z okolí Havlíčkova Brodu. V mé práci jsem se zaměřila na kmeny Klebsiella pneumoniae a Pseudomonas aeruginosa, které jsou častými původci nozokomiálních infekcí. Prvním krokem byla správná izolace a diagnostika těchto bakterií a vyšetření citlivosti bakterií k antibiotikům, kde jsem použila diskovou difuzní metodu, stanovení minimální inhibiční koncentraci a metody pro průkaz širokospektrých -laktamáz. Cílem této práce bylo zjistit zastoupení počtu těchto bakterií v komunitě a v nemocničním prostředí, kde jsem předpokládala, že v nemocničním prostředí je výskyt rezistentních bakterií vyšší. Dále jsem se zabývala vývojem rezistence těchto bakterií k daným antibiotikům za období 2017-2022. Na závěr jsem poukázala na správné zásady antibiotické politiky a tím i k předcházení vzniku rezistence k antibiotikům a dále i možnosti prevence a léčby nozokomiálních infekcí.
|
|
|
Detekce CNV v bakteriálních genomech
Lacinová, Michaela ; Sedlář, Karel (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá rozborem strukturní variability genomu a metodami jeho sekvenování napříč všemi generacemi. Součástí rozboru je popis variability počtu kopií a možnosti její detekce. Praktická část práce je zaměřena na návrh algoritmu pro detekci CNV na základě analýzy a testování simulovaných genomických dat podle nerovnoměrného pokrytí v genomovém sestavení, proměnlivého zastoupení GC obsahu a vzdálenosti sekvenčních čtení. Tento algoritmus je následně otestován na genomických datech bakterie Klebsiella pneumoniae.
|
|
|
Sledování a detekce kmenů Escherichia coli a Klebsiella pneumoniae s produkcí ESBL v Nemocnici Prachatice, a. s. v období 2014-2018.
TVRDKOVÁ, Pavla
Bakteriální rezistence a její stále se zvyšující nárůst je velmi závažným problémem rozšířeným po celém světě. Některé bakterie jsou rezistentní přirozeně, některé však rezistenci získávají. Proto se můžeme setkat s bakterií, která byla původně antibiotiky bez problémů zničena, ale v průběhu času, díky komunikaci mezi různými bakteriálními druhy a předávání si informací v podobě různých mutací a také často i nesprávnému podání antibiotik a působení selekčního tlaku, se stane bakterií rezistentní na určitá antibiotika. Jedním typem takto získané rezistence je produkce širokospektrých beta laktamáz typu ESBL. Cílem této práce je zjistit zastoupení a vývoj produkce ESBL u kmenů Escherichia coli a kmenů Klebsiella pneumoniae, jakožto nejčastějších producentů těchto širokospektrých beta laktamáz, na jednotlivých nemocničních odděleních a v různých typech klinického materiálu v časovém úseku 5 let. Práce je také zaměřena na vývoj antibiotické rezistence rovněž v časovém úseku 5 let. Sběr dat a metodické provedení probíhalo na Oddělení lékařské mikrobiologie v Nemocnici Prachatice, a.s. Pro určení mikroba byla použita komerční souprava ENTEROtest 24 N a INDOL test. Pro stanovení citlivosti k antimikrobiálním látkám byla použita disková difuzní metoda a metoda stanovení minimální inhibiční koncentrace. Pro detekci ESBL byl požit komerční set MASTDISC AmpC a ESBL (D68C). Bylo zjištěno že, téměř každým rokem (kromě 2016) se počet kmenů Escherichia coli s produkcí ESBL a kmenů Klebsiella pneumoniae s produkcí ESBL zvyšoval. Bylo také zjištěno, že největší počet producentů ESBL byl zachycen u kmenů Klebsiella pneumoniae. Dále byly producenti ESBL rozděleni podle nemocničních oddělení, kde byl zjištěn u obou producentů nejčastější výskyt ESBL na interním oddělení. Dále bylo provedeno rozdělení producentů ESBL podle záchytu v různých typech klinického materiálu, kde u obou mikrobů byl největší záchyt v moči. Díky této skutečnosti byl zjištěn vývoj antibiotické rezistence u obou mikrobů v časovém úseku 5 let právě ve vzorcích moči. Při sledování vývoje antibiotické rezistence v časovém úseku 5 let nebyl zjištěn u jednotlivých antimikrobiálních látek výrazný nárůst rezistentních kmenů. Pouze u cefalosporinů 3. generace byl zaznamenán jistý nárůst rezistence téměř každým rokem u obou mikrobů. Konkrétně u izolátů Escherichia coli se procentuální počet rezistentních kmenů na tato antibiotika zvýšil z 6 % na 9 % a u izolátů Klebsiella pneumoniae se zvýšil z 29 % na 33 %.
|
|
|
Genotyping Of Klebsiella Pneumoniae Isolates
Nykrýnová, Markéta
Typing methods capable of distinguishing bacterial strain are essential for epidemiologist because they help to prevent and control infections. Unfortunately, many typing methods are timeconsuming, expensive and reproducibility of their results is questionable. Therefore, we propose a new genotyping method, which is capable of identifying genes with high rate of variability to distinguish different bacterial strains.
|
|
|
Genotypizace kmenů bakterie Klebsiella pneumoniae
Nykrýnová, Markéta ; Sedlář, Karel (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá typizací kmenů bakterie Klebsiella pneumoniae. V první části jsou představeny metody typizace včetně jejich výhod a nevýhod. Následně je charakterizován bakteriální genom a popsána bakterie Klebsiella pneumoniae. V praktické části je uveden postup složení jednotlivých genomů včetně otestování jejich kvality a je představen navržený algoritmus pro nalezení variabilních úseků genů, které vykazují vyšší míru variability. Poté jsou uvedeny získané výsledky, které jsou následně otestovány na dalších genomech Klebsiella pneumoniae.
|
|
|
Vývoj antibiotické rezistence na vybrané bakteriální druhy v komunitě a v nemocnici ve spádové oblasti oddělení klinické mikrobiologie Nemocnice Písek a.s. v letech 2000 - 2010
MAREŠOVÁ, Lucie
Tato práce je zaměřena na vývoj antibiotické rezistence vybraných bakteriálních druhů, konkrétně Pseudomonas aeruginosa, Escherichia coli a Klebsiella pneumoniae v regionu Písek a v celé České republice v letech 2000 - 2010. Její neustálý nárůst je velkým problémem nejen v České republice, ale na celém světě. V úvodní části práce je popsána problematika antibiotické rezistence, problematika antibakteriálních látek a také informace o systému EARS-Net. Praktická část obsahuje vyhodnocení šíření rezistence v regionu Písek podle dat klinické mikrobiologie Nemocnice Písek, šíření rezistence v České republice podle EARS-Net a také spotřebu jednotlivých skupin antibiotik podle Státního ústavu pro kontrolu léčiv. Antibiotická rezistence se neustále šíří a existuje pro to mnoho různých důvodů, například nevhodné používání antibiotické léčby nebo nedostatečné informace o bakteriálních patogenech, které nejčastěji způsobují infekční onemocnění.
|
host ::
RSS.