|
|
Izolace DNA a identifikace nepatogenních druhů klostridií izolovaných ze sýrů
Sedláček, Zbyněk ; Eva, Kvasničková (oponent) ; Rittich, Bohuslav (vedoucí práce)
V potravinářství jsou požadovány rychlé a přesné metody identifikace bakterií při mikrobiologickém testování produktů. Molekulárně diagnostické metody jsou založené na izolaci DNA z bakteriálních buněk, která je amplifikována v polymerázové řetězové reakci (PCR). Výsledkem je fragment DNA o specifické velikosti, charakteristický pro rod nebo druh bakterie. Cílem práce bylo izolovat bakteriální DNA v kvalitě vhodné pro použití v PCR. DNA byla izolována z 8 kmenů bakterií rodu Clostridium. Byl optimalizován postup lyze buněk s cílem nalézt optimální koncentraci EDTA a proteinázy K v lyzačním pufru. DNA byla izolována fenolovou extrakcí a pomocí magnetických částic. Pro izolaci DNA pomocí fenolové extrakce byly zjištěny jako nejvhodnější koncentrace pro lyzi buněk 10 mM EDTA a 10 l proteinázy K (100 g/ml). Pro izolaci DNA pomocí magnetických částic byly zjištěny jako nejvhodnější koncentrace pro lyzi buněk 10 mM EDTA a 15 l proteinázy K (100 g/ml). Izolovaná DNA byla detegována gelovou elektroforézou, kvantifikována spektrofotometricky a testována v PCR. Jednotlivé druhy byly rozlišeny pomocí denaturační gradientové gelové elektroforézy (DGGE).
|
|
|
PCR identification of selected bacteria in cheeses
Gregušová, Barbora ; Burdychová, Radka (oponent) ; Španová, Alena (vedoucí práce)
This work is focused on identification and species specification of a collection of 44 clostridial strains using molecular-genetic methods. DNA of bacteria isolated from late-blowing defected cheeses was used. The purified DNA was diluted to 10 ng/µl and its ability to be amplified was verified by PCR with universal primers. By genus-specific PCR was proved that DNA of all samples belongs to Clostridium genus. Based on species-specific PCR reactions, it was determined that 7 strains belong to C. butyricum and 12 strains belong to C. tyrobutyricum. 15 strains were positively detected in both species-specific PCRs and therefore identified as mixed cultures. Another 10 strains were not classified into tested species. Strains with the gene encoding the enzyme hydrogenase hydA were searched using PCR. Specific PCR products for this gene were detected in 30 strains of the analysed collection. Especially intense were the amplicons by all strains belonging to C. butyricum species.
|
|
|
Produkce vodíku s využitím bakterií rodu Clostridium
Filová, Dagmar ; Kvasničková, Eva (oponent) ; Rittich, Bohuslav (vedoucí práce)
Bakalárska práca sa zaoberá produkciou vodíka baktériami rodu Clostridium – konkrétne C. butyricum a C. tyrobutyricum. V teoretickej časti sú rozobrané spôsoby výroby vodíka, rozdelené na biologické a nebiologické metódy. Práca sa ďalej zameriava na praktické využitie vyššie uvedených mikroorganizmov na účely výroby vodíku. Ako jedno z možných rastových médií pre vyššie uvedené baktérie predstavuje srvátku z mliekarenských výrob. V experimentálnej časti práce bola použitá polymerázová reťazová reakcia na identifikáciu baktérií rodu Clostridium, druhov Clostridium butyricum a Clostridium tyrobutyricum. PCR produkty boli z dôvodu overenia špecifity reamplifikované s použitím rovnakých primerov. Ďalej bola pomocou PCR dokázaná prítomnosť génu na produkciu enzýmu hydrogenázy A.
|
|
|
Izolace DNA a identifikace nepatogenních druhů klostridií izolovaných ze sýrů
Sedláček, Zbyněk ; Eva, Kvasničková (oponent) ; Rittich, Bohuslav (vedoucí práce)
V potravinářství jsou požadovány rychlé a přesné metody identifikace bakterií při mikrobiologickém testování produktů. Molekulárně diagnostické metody jsou založené na izolaci DNA z bakteriálních buněk, která je amplifikována v polymerázové řetězové reakci (PCR). Výsledkem je fragment DNA o specifické velikosti, charakteristický pro rod nebo druh bakterie. Cílem práce bylo izolovat bakteriální DNA v kvalitě vhodné pro použití v PCR. DNA byla izolována z 8 kmenů bakterií rodu Clostridium. Byl optimalizován postup lyze buněk s cílem nalézt optimální koncentraci EDTA a proteinázy K v lyzačním pufru. DNA byla izolována fenolovou extrakcí a pomocí magnetických částic. Pro izolaci DNA pomocí fenolové extrakce byly zjištěny jako nejvhodnější koncentrace pro lyzi buněk 10 mM EDTA a 10 l proteinázy K (100 g/ml). Pro izolaci DNA pomocí magnetických částic byly zjištěny jako nejvhodnější koncentrace pro lyzi buněk 10 mM EDTA a 15 l proteinázy K (100 g/ml). Izolovaná DNA byla detegována gelovou elektroforézou, kvantifikována spektrofotometricky a testována v PCR. Jednotlivé druhy byly rozlišeny pomocí denaturační gradientové gelové elektroforézy (DGGE).
|
|
|
PCR identification of selected bacteria in cheeses
Gregušová, Barbora ; Burdychová, Radka (oponent) ; Španová, Alena (vedoucí práce)
This work is focused on identification and species specification of a collection of 44 clostridial strains using molecular-genetic methods. DNA of bacteria isolated from late-blowing defected cheeses was used. The purified DNA was diluted to 10 ng/µl and its ability to be amplified was verified by PCR with universal primers. By genus-specific PCR was proved that DNA of all samples belongs to Clostridium genus. Based on species-specific PCR reactions, it was determined that 7 strains belong to C. butyricum and 12 strains belong to C. tyrobutyricum. 15 strains were positively detected in both species-specific PCRs and therefore identified as mixed cultures. Another 10 strains were not classified into tested species. Strains with the gene encoding the enzyme hydrogenase hydA were searched using PCR. Specific PCR products for this gene were detected in 30 strains of the analysed collection. Especially intense were the amplicons by all strains belonging to C. butyricum species.
|
|
|
Produkce vodíku s využitím bakterií rodu Clostridium
Filová, Dagmar ; Kvasničková, Eva (oponent) ; Rittich, Bohuslav (vedoucí práce)
Bakalárska práca sa zaoberá produkciou vodíka baktériami rodu Clostridium – konkrétne C. butyricum a C. tyrobutyricum. V teoretickej časti sú rozobrané spôsoby výroby vodíka, rozdelené na biologické a nebiologické metódy. Práca sa ďalej zameriava na praktické využitie vyššie uvedených mikroorganizmov na účely výroby vodíku. Ako jedno z možných rastových médií pre vyššie uvedené baktérie predstavuje srvátku z mliekarenských výrob. V experimentálnej časti práce bola použitá polymerázová reťazová reakcia na identifikáciu baktérií rodu Clostridium, druhov Clostridium butyricum a Clostridium tyrobutyricum. PCR produkty boli z dôvodu overenia špecifity reamplifikované s použitím rovnakých primerov. Ďalej bola pomocou PCR dokázaná prítomnosť génu na produkciu enzýmu hydrogenázy A.
|
host ::
RSS.