|
|
Vizualizace historického vývoje katastrální mapy
Klecanda, Vojtěch ; Čábelka, Miroslav (vedoucí práce) ; Souček, Petr (oponent)
Cílem této diplomové práce je navrhnout metodiku pro vizualizaci historie změn v katastrální mapě. Navržená metodika se zabývá výběrem původních historických a současných dat, postupu jejich zpracování a následné vizualizaci prostřednictvím již existujících otevřených webových technologií. Největší přínos práce spočívá v konstrukci časoprostorové databáze, protože v současné době dosud neexistuje použitelný editor pro vytváření takovýchto dat. Navržený postup vychází z metody aktualizace databáze ISKN pomocí změnových vět, kterou ovšem výrazně zobecňuje pomocí prostorových funkcí PostgreSQL/PostGIS. První část se zabývá rešerší dostupné literatury a ostatních informačních zdrojů k uvedenému tématu. Je zde podrobně rozebrán pojem časoprostorová data, uvedeny možnosti integrace času do prostorových dat, metody vizualizace obecně časoprostorových dat a současný stav implementace do desktopových platforem a webových aplikací. Dále následuje popis historických i současných datových zdrojů a jejich využitelnost v práci. Ve druhé části je již detailně popsána vlastní metodika přípravy a zpracování dat a následné vizualizace pomocí kombinace několika otevřených technologií. Praktickým výsledkem práce je interaktivní webová aplikace pro vizualizaci připravených dat.
|
|
|
Biomarkery prognózy a účinnosti terapie ovariálního karcinomu
Cerovská, Ela ; Souček, Pavel (vedoucí práce) ; Schierová, Michaela (oponent)
Ovariální karcinom je závažné nádorové onemocnění s nejvyšší mortalitou mezi gynekologickými malignitami. Doposud nejsou k dispozici optimální metody včasné diagnostiky, určení prognózy ani predikce účinnosti terapie, což vede k odhalení nemoci v pokročilých stadiích a ke značnému omezení účinnosti léčby. Velkým problémem při léčbě pacientek je také vznik rezistence ke konvenčním léčivům a častý návrat onemocnění. Hlavním cílem předkládané práce byla identifikace nových potenciálních prognostických a terapeutických biomarkerů, jejichž zavedení do klinické praxe by mohlo pomoci zlepšit terapeutický přístup k ovariálnímu karcinomu. Diplomová práce poskytuje výsledky analýzy exprese genů, jejichž proteiny se účastní transportu, metabolizmu a mechanizmu působení platinových derivátů a taxanů, dále regulace buněčného cyklu a signalizace. Hladina exprese byla měřená na úrovni transkriptu v nádorové a kontrolní ovariální tkáni, kde byly vyhodnoceny rozdíly. Exprese v nádorech byla dále porovnána s klinickými daty pacientek a ze získaných výsledků byly vybrány kandidátní geny, ABCA2 a PRC1, pro další analýzy. U kandidátních genů bylo stanoveno množství proteinu v nádorové a kontrolní tkáni a byla provedena genotypizační analýza vybraných dědičných jednonukleotidových polymorfizmů v DNA z periferní krve...
|
|
|
Mechanismus enzymové aktivace karcinogenů a léčiv systémem cytochromů P450
Indra, Radek ; Stiborová, Marie (vedoucí práce) ; Souček, Pavel (oponent) ; Koblihová, Jitka (oponent)
12 Abstrakt Environmentální polutant benzo[a]pyren (BaP) je prokazatelným lidským karcinogenem, který se po aktivaci cytochromy P450 (CYP) kovalentně váže na DNA. V rámci dizertační práce byl studován vliv jednotlivých složek systému monooxygenas se smíšenou funkcí (MFO), systému lokalizovanému v membráně endoplasmatického retikula, na metabolismus benzo[a]pyrenu a na tvorbu aduktů BaP s DNA. Zaměřili jsme se především na porovnání vlivu cyt b5 na tento metabolismus a potenciál cyt b5 sloužit jako donor elektronů v rámci reakčního cyklu cytochromu P450 1A1. Tento vliv byl studován jednak z pohledu tvorby metabolitů BaP, a jednak z pohledu tvorby jeho aduktů s DNA. Byl také studován vliv dvou expresních systémů pro cytochrom P450 1A1 (prokaryotický a eukaryotický), na jeho účinnost v metabolismu BaP. Vliv cyt b5 na účinnost monooxygenasového systému byl studován i s další cizorodou látkou, rostlinným alkaloidem ellipticinem, jenž vykazuje protinádorové účinky. Jeho protinádorový efekt, stejně jako vedlejší účinky, závisí na jeho metabolické aktivaci cytochromy P450. Významný z tohoto hlediska je zejména CYP3A4. Ten byl proto použit i v našich experimentech. Dále byla v práci studována vhodnost laboratorního potkana sloužit jako model metabolického osudu BaP v lidském organismu. Při studiu...
|
|
|
Studium genové exprese faktorů signální dráhy oxysterolů u pacientek s karcinomem prsu
Kloudová, Alžběta ; Souček, Pavel (vedoucí práce) ; Vopálenský, Václav (oponent)
Hormonální terapie je běžnou součástí léčby karcinomu prsu u nádorů exprimujících estrogenové a progesteronové receptory. Tato terapie má za cíl zabránit proliferativním účinkům hormonů skrze příslušné receptory a inhibovat tak růst nádoru. Část nádorů je ovšem k této terapii rezistentní navzdory expresi hormonálních receptorů, přičemž důvody této rezistence nejsou v současné době zcela objasněny. Oxysteroly jsou hydroxylované deriváty cholesterolu, které by mohly ve vzniku této rezistence hrát roli. Jejich působení může ovlivňovat účinky hormonální terapie a zároveň některé signální dráhy vedoucí k nádorové progresi. Tato práce přináší výsledky analýzy exprese genů kódujících proteiny ovlivněné působením oxysterolů, proteiny metabolismu a transportu oxysterolů, transkripční faktory a proteiny signálních drah, které mohou souviset s účinky oxysterolů v buňce. Na základě porovnání expresního profilu mezi tumory lišícími se v expresi estrogenových receptorů a porovnání s klinicko-patologickými daty identifikuje kandidátní geny pro další studium. To by mohlo v konečném výsledku vést k vytvoření nových diagnostických markerů pro terapii karcinomu prsu. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Vliv biotransformace a transportu na účinky chemoterapie a prognózu rakoviny prsu
Hubáčková, Miluše ; Souček, Pavel (vedoucí práce) ; Pávek, Petr (oponent) ; Janatová, Markéta (oponent)
Vliv biotransformace a transportu na účinky chemoterapie a prognózu rakoviny prsu Abstrakt: Úvod: Cílem této práce bylo sledování vlivu biotransformačních enzymů a enzymů mnohočetné lékové rezistence na prognózu a účinky chemoterapie u pacientek s karcinomem prsu. První část se zabývala genetickými faktory, a to vlivem genetických polymorfismů ve vybraných biotransformačních genech a v genu ABCB1 a jejich vlivu na vznik a prognózu karcinomu prsu. V další části byly analyzovány expresní profily těchto genů a jsou sledovány jejich případné vztahy ke genotypu, prognóze, a predikci odpovědi na onkologickou léčbu. Materiál a metody: Polymorfismy biotransformačních genů byly stanoveny pomocí real- time PCR a polymorfismy genu ABCB1 byly stanoveny pomocí metody NanoChip Assay, která byla provedena na spolupracujícím pracovišti. V obou případech byly polymorfismy stanoveny v DNA získané z krve pacientek. Exprese genů byly stanoveny metodou kvantitativní real-time PCR v párových vzorcích nádorové a okolní nenádorové tkáně. Exprese proteinu NQO1 a p53 byla stanovena imunohistochemicky ve vzorcích nádorové tkáně. Výsledky: Frekvence studovaných polymorfismů se významně nelišily od dříve publikovaných výsledků, zajímavým však byl SNP SOD3 rs1799895, u kterého nebyly nalezeny nosičky variantní alely. Pro gen NQO1 byly v...
|
|
|
Vliv biotransformace a transportu xenobiotik na incidenci rakoviny kolorekta a účinky chemoterapie
Krus, Ivona ; Souček, Pavel (vedoucí práce) ; Králíčková, Milena (oponent) ; Hodis, Jiří (oponent)
Úvod: Kolorektální karcinom (CRC) je jedním z nejčastějších nádorových onemocnění, které postihuje přibližně 5% celosvětové populace. Více než 75% případů CRC představují tzv. sporadické formy. Náchylnost k sporadickému karcinomu kolorekta je výrazně ovlivněna polymorfismy a mutacemi v genech s nízkou penetrancí. Alterace v genech biotransformace a DNA reparace mohou vést k akumulaci toxinů v buňce, poškození DNA a následně k rozvoji rakoviny. Navíc, změny v genové expresi membránových transportérů, které ovlivňují hromadění protinádorových léčiv v nádorových buňkách, např. ABC transportéry, mohou významně ovlivnit interindividuální variabilitu odpovědi na léčbu a účinnost chemoterapie. Cílem této práce bylo zhodnotit vliv genetických faktorů a životního stylu na riziko vzniku a progresi karcinomu kolorekta. Ve studii byly sledovány vybrané alterace v genech enzymů biotransformace (CYP1B1, GSTM1, GSTT1, GSTP1, NQO1 a EPHX1) a v genech zapojených v odpovědi na poškození DNA (CHEK2 a NBN) jako potenciální rizikové faktory CRC. Dalším cílem práce bylo vyhodnotit míru exprese všech známých lidských ABC transportérů ve vztahu k prognose a predikci úspěšnosti léčby karcinomu kolorekta. Materiál a metody: Polymorfismy a ostatní genetické alterace byly detekovány pomocí real-time PCR, alel-specifické PCR,...
|
|
|
Právní úprava doručování v civilním řízení
Souček, Petr ; Pohl, Tomáš (vedoucí práce) ; Smolík, Petr (oponent)
Tato rigorózní páce se zabývá problematikou doručování písemností v civilním řízení. Základem práce je rozbor současné právní úpravy, kterému v úvodní kapitole pro úplnost předchází historický exkurs do jejího vývoje v minulosti. Kapitoly jsou pro přehlednost členěny podle jednotlivých způsobů doručování. Každý z těchto způsobů je podroben detailní analýze, v rámci níž je v každé kapitole poukázáno zejména na nedostatky, které se k jednotlivým způsobům doručování váží. Cílem práce je nejen komplexně zpracovat problematiku doručování v civilním řízení, ale především poukázat na aplikační potíže, které se dnes v souvislosti s platnou právní úpravou doručování v praxi vyskytují. Značná pozornost je v této práci věnována datovým schránkám a jejich roli v procesu doručování, a to jak ze směru od soudu k účastníkům řízení, tak ve směru opačném. Vedle elektronické formy doručování prostřednictvím datových schránek a e-mailu se tato práce zabývá rovněž ostatními způsoby doručování, zejména doručování skrze doručující orgán. V sedmé kapitole je pak podroben analýze institut neúčinnosti doručení, jehož účelem je zmírnit následky, které může současný systém, založený na přísné doručovací fikci, účastníků přivodit. Poslední kapitola této práce je potom věnována doručování písemností do zahraničí.
|
|
|
Interakce léčiv s nukleárními receptory při regulaci biotransformačních enzymů a lékových transportérů
Nová, Alice ; Pávek, Petr (vedoucí práce) ; Skálová, Lenka (oponent) ; Souček, Pavel (oponent)
Univerzita Karlova v Praze, Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra: Farmakologie a toxikologie Kandidát: Mgr. Alice Nová Školitel: Doc. PharmDr. Petr Pávek, Ph.D. Název dizertační práce: Interakce léčiv s nukleárními receptory při regulaci biotransformačních enzymů a lékových transportérů Biotransformační enzymy metabolizující xenobiotika hrají klíčovou roli v metabolismu, eliminaci a detoxifikaci xenobiotik, která se dostanou do kontaktu s organismem a chrání tak organismus před potenciálními škodlivými účinky xenobiotik, i některých endobiotik. Ve většině tkání se nacházejí biotransformační enzymy fáze I, II i lékové transportéry, které jsou exprimovány na bazální úrovni nebo jsou inducibilní a jejich exprese se zvyšuje po vystavení organismu xenobiotikům. Ovlivnění exprese a aktivity biotransformačních enzymů a lékových transportérů může vyústit v nepředvídatelnou tkáňovou a systémovou distribuci podaných léčiv, nežádoucí účinky nebo selhání terapie. Indukce biotransformačních enzymů a lékových transportérů je zprostředkována především orphan nukleárními receptory - pregnanovým X receptorem (PXR) a konstitutivním androstanovým receptorem (CAR), a transkripčním faktorem aryl hydrokarbonovým receptorem AhR. Tato dizertační práce předkládá výsledky tří studií, zabývajících se studiem genové...
|
|
|
Úloha estrogenových receptorů v prognóze a predikci terapie karcinomu prsu
Kloudová, Alžběta ; Souček, Pavel (vedoucí práce) ; Dračínská, Helena (oponent)
Estrogenové receptory (ER) jsou součástí rodiny jaderných receptorů, které po navázání steroidního ligandu zprostředkovávají různé fyziologické funkce. Kromě toho hrají roli také v řadě onemocnění, mezi nimiž je rakovina prsu. ER patří mezi proteiny detekované v karcinomu prsu v rámci klinické praxe a na základě jeho přítomnosti jsou pacientky léčeny endokrinní terapií. Názory na roli ER v rakovinných buňkách nejsou v současné době zcela jednotné, v budoucnu by však jeho detekce a léčba ER a ER selektivními ligandy mohla přinést pokrok v nádorové terapii. Dalším důležitým faktorem, jenž může ovlivnit estrogenovou signalizaci a také účinnost endokrinní terapie, jsou izoformy, mutace a posttranslační modifikace ER a rozluštění jejich významu v rakovinných buňkách může významně rozšířit znalosti o signalizaci ER a naznačit další cesty ke zlepšení léčby.
|
|
|
Molekulární mechanismus karcinogenity aristolochové kyseliny
Levová, Kateřina ; Stiborová, Marie (vedoucí práce) ; Ryšlavá, Helena (oponent) ; Souček, Pavel (oponent)
Aristolochové kyseliny (AA) jsou karcinogenní a nefrotoxické alkaloidy z rostlin čeledi podražcovitých (Aristolochiaceae). Aristolochová kyselina I (AAI), která je hlavní toxickou komponentou AA, je příčinou nefropatie vyvolané AA (Aristolochic acid nephropathy, AAN) a podílí se také na vývoji balkánské endemické nefropatie (Balkan endemic nephropathy, BEN). Obě choroby se projevují selháním ledvin a tvorbou nádorů v urotheliální tkáni, vznikajících působením karcinogenních AA. Za skutečnost, že tyto choroby nepostihly všechny osoby, které byly vystaveny působení AA, mohou být zodpovědné rozdílné aktivity a koncentrace enzymů metabolisujících AAI. Poznání enzymů metabolisujících AAI a také vliv na jejich exprese a aktivity jsou důležité pro posouzení, zda daní jedinci jsou, a v jaké míře, ohroženi při vystavení tomuto karcinogenu. Aristolochová kyselina I (AAI) může být metabolisována několika typy reakcí. Stejně jako u většiny nitroaromátů, je hlavní aktivační metabolickou cestou AAI redukce nitroskupiny za vzniku cyklického nitréniového iontu, který se může vázat na purinové báze a dochází tak k tvorbě aduktů AAI s DNA. Při detoxikačních reakcích je AAI oxidačně demethylována cytochromy P450 za tvorby 8-hydroxyaristolochové kyseliny Ia (AAIa). V předkládané disertační práci byl sledován...
|
host ::
RSS.