|
|
Morfogeneze a vzájemné ovlivňování bakteriálních kolonií
Rieger, Tomáš ; Markoš, Anton (vedoucí práce) ; Rulík, Martin (oponent) ; Kuthan, Martin (oponent)
Tato disertace navazuje svým zaměřením na další práce naší skupiny (Rieger T. et al., 2008, dále Cepl J. et al., 2010 a Patkova I. et al., 2012), kde jsme se věnovali studiu morfogeneze bakteriálních kolonií Serratia marcescens za různých inokulačních podmínek na nutričně bohatých agarech. Bakterie S. marcescens dokáží, pokud rostou v dostatečné izolaci na misce s živným agarem obohaceném o glukózu, vytvářet barevné strukturované kolonie, jež jsme nazvali "fontánka" (F). Díky schopnosti reagovat na proměny okolních podmínek změnou struktury či barevnosti, se tento fenotyp stal ideálním organismem pro další studia vzájemného ovlivňování bakteriálních kolonií. Všimli jsme si, že při standardním výsevu se bakteriální kolonie rostoucí v těsné blízkosti vybarvují dříve než kolonie rostoucí na misce izolovaně. Zjišťovali jsme, za jakých podmínek a jakým způsobem se toto ovlivňování děje. Prokázali jsme, že různé druhy bakteriálních makrokolonií (S. marcescens-fenotyp M, S. rubidea a E. coli) vysílají skrze živný agar informační agens, po jehož přijetí na ní dokáží recipientní fontánkové kolonie S. marcescens reagovat vždy stejným způsobem (X struktura). Jde tedy patrně o jakousi univerzální reakci na látku vysílánou různými druhy Enterobakterií. Růst kolonií fenotypu F na definovaném agaru je pomíněn...
|
|
|
Kvasinkové kolonie jako model mnohobuněčného chování mikroorganizmů
Kuthan, Martin ; Palková, Zdena (vedoucí práce) ; Hašek, Jiří (oponent) ; Kolarov, Jordan (oponent)
- 32 - Závěr Již v úvodu jsem se zmínil, že mnohé laboratorní kmeny kvasinek ztratili vlivem domestikace schopnost filamentálního růstu. Ukázkovým příkladem cílené domestikace je laboratorní kmen S288C. Historie vzniku tohoto kmene je zajímavá a dokumentuje výrazný vliv genetiků na jeho vlastnosti. Velké množství kmenů S. cerevisiae používaných v laboratořích má společného předka kterým je kmen EM93. Tento diploidní kmen izoloval v Kalifornii v roce 1938 Emil Mrak z hnijícího fíku (MORTIMER and JOHNSTON 1986). Není však jasné, zda se jednalo o přirozenou mikroflóru fíků, nebo o kontaminaci komerčními pekařskými či kvasnými kmeny. Kmen EM93 je heterothalický a je schopen filamentálního růstu (LIU et al. 1996). Pro laboratorní účely ale nebyl úplně ʺpohodlnýʺ. Protože tvorba shluků buněk brání izolaci klonů vzniklých z jediné buňky a ztěžuje přesné určení počtu buněk v tekutých kulturách, snažili se genetici získat prototrofní kmen s neadherujícími, dobře resuspendovatelnými buňkami. Mnohonásobným křížením haploidních segregantů kmene EM93 s dalšími laboratorními kmeny a komerčními pekařskými kmeny vytvořil Robert Mortimer kmen S288C, jehož 90 % genomu pochází...
|
|
| |
|
| |
|
| |
|
| |
|
| |
|
| |
|
|
Vývoj a validace nové metodiky pro obohacení a detekci cirkulující nádorové DNA u onkologických pacientů
Pláničková, Lenka ; Minárik, Marek (vedoucí práce) ; Kuthan, Martin (oponent)
Nádorová onemocnění jsou v celosvětovém měřítku jednou z nejčastějších příčin úmrtí, přičemž prognóza je obecně lepší, pokud je onemocnění diagnostikováno a léčeno včas. Protinádorová léčba je postupně posouvána od klasické chemoterapie s omezenou účinností a známými negativními vedlejšími účinky směrem k cílené biologické léčbě, která se používá, jsou-li zjištěny specifické genetické mutace. Součástí léčby nádorového onemocnění je také detekce následné progrese založená zejména na sledování nádorových biomarkerů. V současné době je stále více zkoumána možnost vyšetřování molekulárních markerů metodou tzv. tekuté biopsie, na kterou byla tato práce zaměřena. Hlavním cílem práce byl experimentální vývoj a validace metody záchytu ctDNA ze vzorků krevní plazmy na základě detekce vybraných somatických mutací. Vývoj a optimalizace systému založeného na principu denaturační kapilární elektroforézy probíhaly na vzorcích pozitivních na mutace onkogenu KRAS, následně byla provedena klinická část výzkumu na pilotním souboru 21 vzorků krevní plazmy. Na závěr práce byla metoda optimalizována pro detekci markerů BRAF a EGFR. Dílčím cílem práce bylo ověření klinické využitelnosti zvýšením citlivosti detekce a tím i podílu záchytu pacientů v pokročilém stádiu onemocnění. Výsledky práce naznačují možnost využití...
|
|
|
Vnitřní terminace transkripce vícepodjednotkových RNA polymeráz
Vojáčková, Jitka ; Sýkora, Michal (vedoucí práce) ; Kuthan, Martin (oponent)
Transkripce je proces, při kterém dochází k přepisu genetické informace z DNA sekvence do RNA kopie pomocí DNA dependentní RNA polymerázy. U bakterií jsou známy dva způsoby terminace transkripce: vnitřní terminace transkripce, která nevyžaduje žádné další přídatné faktory, a terminace závislá na proteinovém faktoru Rho. Vnitřní terminace transkripce je běžná hlavně u bakterií, ale odlišné, i když částečně podobné formy vnitřní terminace transkripce se vyskytují i u eukaryot a archea. Tato práce udává stručný přehled struktury RNA polymerázy a stability elongačního komplexu, popisuje jednotlivé kroky mechanismu vnitřní terminace transkripce u bakterií včetně jejich dnes diskutovaných modelů a udává příklady vnitřní terminace transkripce u eukaryot a archea a jejich porovnání s bakteriálním mechanismem vnitřní terminace transkripce. Klíčová slova: RNA polymeráza, elongační komplex, vnitřní terminace transkripce, vlásenkové RNA struktury
|
host ::
RSS.