|
|
Koevoluce kartézských genetických algoritmů a neuronových sítí
Kolář, Adam ; Král, Jiří (oponent) ; Zbořil, František (vedoucí práce)
Cílem práce bylo ověřit možnost spojení metod kartézského genetického programování a neuronových sítí. Výsledek práce reprezentuje sada experimentů s úlohami vyvažování tyče, průchodu agenta bludištěm a detekce buňek rakoviny prsu, provedených za pomocí implementované knihovny. Použil jsem jak nepřímé, tak přímé zakódování dopředné i rekurentní sítě. Zaměřil jsem se na nalezení nejlepší konfigurace výpočtu, detekci přeučování jedinců během evoluce, míru robustnosti řešení a možnosti stimulace řešení pomocí fitness funkce. Zjistil jsem, že obecně nejlépe konvergují řešení s nižšími hodnotami parametru n_c a n_r a jsou také méně náchylné k přeučování. Úpravami fitness funkce jsem evolvoval kontrolér, který redukoval rozkmit vyvažované tyče. Klasifikátor buňek rakoviny rozpoznával korektně více než 98% vzorků, čímž překonal většinu srovnávaných metod. Podařilo se také navrhnout model bludiště, ve kterém agent úspěšně plnil vícekrokové úlohy.
|
|
|
Simulátor MHD linek v Brně
Němec, František ; Král, Jiří (oponent) ; Rozman, Jaroslav (vedoucí práce)
Cílem této práce je navrhnout a implementovat simulátor linek městské hromadné dopravy na území Brna. Časy odjezdů jednotlivých linek jsou extrahovány z online jízdních řádů. Data, ze kterých je generována dopravní síť, jsou získána z projektu OpenStreetMap. Práce obsahuje popis základních přístupů k tvorbě dopravních simulátorů, zejména pak popis mikroskopického přístupu, na kterém je tento simulátor založen. Druhá část práce obsahuje návrh a implementaci simulátoru, jejíž hlavními částmi je způsob řízení vozidel, reprezentace dopravní sítě a její generování z OpenStreetMap dat.
|
|
|
Návrh a konstrukce ukázkové úlohy do předmětu PPI
Král, Jiří ; Krejčí, Petr (oponent) ; Návrat, Tomáš (vedoucí práce)
Bakalářská práce se zabývá vytvořením výpočtového modelu pro určení napjatosti a deformace rovinné prutové soustavy.Na základě tohoto modelu je pak následně vytvořen fyzický model určený pro výukové účely. S využitím tenzometrů bude měřeno napětí jednotlivých prutů soustavy. V závěru budou prezentovány případné rozdíly mezi teoretickým a reálným modelem.
|
|
| |
|
|
Shluková analýza 100 českých firem na základě účetních výkazů
Langer, Tomáš ; Král, Jiří (oponent) ; Novotná, Veronika (vedoucí práce)
Diplomová práce nazvaná Shluková analýza 100 českých firem na základě účetních výkazů se zabývá testováním dvou stanovených hypotéz za využití vícerozměrné statistické metody – shlukové analýzy. Jako vstupní podkladová data k aplikaci statistických metod slouží veřejně dostupné finanční výkazy vybraných společností za období 2014 a 2015. Tato data jsou digitalizována a podrobena metodám finanční analýzy.
|
|
|
Karyotypová evoluce u vybraných čeledí entelegynních pavouků
Kotz, Matěj ; Král, Jiří (vedoucí práce) ; Nguyen, Petr (oponent)
Araneoidea je nadčeledí entelegynních pavouků s obrovskou druhovou diverzitou. Celá nadčeleď je však velmi konzervativní, co se pozorovaného karyotypu týče. Pravděpodobně ancestrálním stavem celé skupiny je v případě samců 24 akrocentrických chromozomů s chromozomovým systémem určení pohlaví X1X20. Cílem této práce bylo zmapovat karyotypovou diverzitu dvou čeledí - Araneidae a Mimetidae. Většina studovaných druhů odpovídá svým karyotypem ancestrálnímu stavu. V rámci těchto čeledí bylo však u některých zástupců pozorováno skokové zvýšení počtu chromozomů, u Araneidae až 2n♂ = 52, v případě Mimetidae až na 2n♂ = 57. Což představuje vůbec nejvyšší pozorovaný počet u Entelegynae. Zvýšené 2n je doprovázeno i zvyšováním počtu pohlavních chromozomů, vedoucí až k X1X2X3X40 u Araneidae, respektive k X1X2X3X4X5X6X70 u Mimetidae. Jako možný mechanismus zvyšování počtu chromozomů navrhuji polyploidii. Tato hypotéza je v práci testována pomocí měření velikosti genomu za použití průtokové cytometrie a fluorescenční in situ hybridizace se sondami pro 18S rRNA a 5S rRNA geny. Pro jeden druh byla optimalizována sonda také pro U2 snRNA gen. U velké části studovaných druhů byly tyto techniky použity vůbec poprvé. V případě čeledi Mimetidae se podařilo odhalit zatím největší genomy v rámci Entelegynae. Všechny...
|
|
|
Význam aberací MLL genu u nemocných s akutní myeloidní leukemií
Šárová, Iveta ; Březinová, Jana (vedoucí práce) ; Král, Jiří (oponent)
4 ABSTRACT Significance of MLL gene aberrations in patients with acute myeloid leukemia In acute myeloid leukemia (AML), predominantly in AML M5a, the most frequent recurrent aberration of chromosome 11 involves region 11q23. Molecular breakpoint studies of several translocations involving chromosomal band 11q23 led to the detection of a gene that was named MLL (myeloid/lymphoid leukemia). Since that time, more than 70 different translocation partners of the MLL gene have been described. This gene is important for the proper HOX gene expression during ontogenesis and hematopoiesis. Chromosomal aberrations affecting the MLL gene occur in 5 - 10 % of AML cases and are very variable. Aberrations of the MLL gene are associated with an aggresive type of the disease and its detection is needed for the treatment decision. Therefore, we investigated the occurrence of MLL abnormalities in bone marrow cells of the 66 newly diagnosed AML patients, using conventional cytogenetic and fluorescence in situ hybridization (FISH) analyses with a commercially available MLL Break Apart Rearrangement probe (Abbott VYSIS). Out of the 66 patients, we proved MLL abnormalities in 9 (13,6%): 5 (7,6%) showed translocation of MLL gene, in 3 (4,5%) we detected MLL gene amplification without any evidence of rearrangement and in 1 (1,5%)...
|
|
|
Karyotypová evoluce afrických linií sklípkanů čeledi Theraphosidae
Košátko, Prokop ; Král, Jiří (vedoucí práce) ; Nguyen, Petr (oponent)
Karyotypy pavouků infrařádu Mygalomorphae jsou poměrně málo známy. Tématem diplomové práce je základní cytogenetická analýza vybraných zástupců afrických linií mygalomorfní čeledi Theraphosidae. Jedná se o podčeledi Eumenophorinae, Harpactirinae, Ischnocolinae a Stromatopelminae. U samčích jedinců vybraných druhů těchto podčeledí byly studovány diploidní počty, chromosomová morfologie, systémy pohlavních chromosomů a chování chromosomů v pohlavní dráze. Zjištěné údaje podporují publikované výsledky, že čeleď Theraphosidae vykazuje značnou karyotypovu diverzitu. Významným trendem karyotypové evoluce terafosidů je pravděpodobně snižování diploidního počtu chromosomů. Většina analyzovaných druhů má systémy chromosomového určení pohlaví tvořené jedním až třemi chromosomy X, u některých byly nalezeny systémy neopohlavních chromosomů. U řady zástupců byly detekovány také jeden nebo dva páry nediferencovaných pohlavních chromosomů (SCP). Metodou fluorescenční in situ hybridizace byly u některých druhů detekovány nukleolární organizátory jadérka. U dvou druhů byla provedena detekce konstitutivního heterochromatinu metodou C-pruhování. Klíčová slova: diploidní počet, fluorescenční in situ hybridizace, karyotyp, konstitutivní heterochromatin, Mygalomorphae, nukleolární organizátor, pavouk, pohlavní...
|
|
|
Vliv jednobodových mutací hemaglutininu na patogení potenciál chřipkového viru
Nitkulincová, Lucie ; Drda Morávková, Alena (vedoucí práce) ; Král, Jiří (oponent)
Chřipkový virus v posledních letech vzbudil hned několikrát celosvětové obavy ze vzniku pandemie. Nejzávažnějším problémem v boji proti tomuto viru je jeho schopnost neobvykle rychle měnit antigenní specifitu jednak přeskupením genových segmentů, jednak pomocí bodových mutací, a to především v povrchových glykoproteinech - hemaglutininu a neuraminidáze. V této práci jsem se zaměřila na bodové mutace zasahující hemaglutinin chřipkového viru, které způsobují změnu vazebné preference. Tato změna následně umožňuje chřipkovému viru jednak přenos mezi různými hostiteli a také neomezené šíření v jejich tkáních. Neustálá změna aminokyselinové sekvence a tím i povrchu hemaglutininu také do značné míry znemožňuje imunitnímu systému hostitele virus efektivně zlikvidovat a dostatečně rychle rozpoznat při další nákaze. Každý ze subtypů hemaglutininu má ovšem jiné pozice aminokyselin ovlivňující jeho vazebnou preferenci. Jejich souhrn je obsažen v této práci. Klíčová slova: chřipka, jednobodové mutace, pandemie, patogenita, hemaglutinin
|
|
|
Genetické interakce genu Prdm9
Šebestová, Lenka ; Trachtulec, Zdeněk (vedoucí práce) ; Král, Jiří (oponent)
Gen Prdm9 (PR domain containing 9, Meisetz, Hybrid sterility 1) kóduje enzym, který trimethyluje histon 3 na lysinech 4 a 36. Tyto metylační značky určují pozice budoucích dvouřetězcových zlomů DNA, které jsou pak opraveny meiotickou homologní rekombinací. V této práci byly zjišťovány interakce Prdm9 se dvěma geny důležitými pro spermatogenezi - Mili (Piwil2) účastnícím se biogeneze piRNA a Mybl1 kódujícím transkripční faktor regulující expresi genů důležitých pro průběh meiotické profáze I včetně piRNA prekurzorů. Křížením laboratorních myší nesoucích mutovanou alelu Prdm9 s myšmi heterozygotními pro mutaci v genu Mybl1 nebo Mili jsme vytvořili samce dvojitě heterozygotní a pro Mybl1 i dvojitě homozygotní. U těchto myší jsme stanovili hmotnost těla a parametry fertility (hmotnost varlat, počet spermií v nadvarlatech, procento malformovaných spermií, podíl semenotvorných kanálků obsahujících spermatocyty a procento abnormálních jader pachytenních spermatocytů) a porovnali je s kontrolami. Zkoumali jsme také vliv mutací v Mybl1 a Mili na plodnost F1 mezipoddruhových hybridů. Výsledky odhalily možnou interakci Prdm9 a Mybl1 u laboratorních myší. Snížená dávka genu Mybl1 redukovala fertilitu mezipoddruhových F1 hybridů. Interakci genu Prdm9 s Mili jsme zatím neprokázali ani u laboratorních myší ani u...
|
host ::
RSS.