|
|
Geny β-tubulinových paralogů u rodu Aspergillus: taxonomický význam a markery použitelné v jejich rozlišení
Hubka, Vít ; Kolařík, Miroslav (vedoucí práce) ; Bunček, Martin (oponent)
Gen pro beta-tubulin (benA) patří k nejvíce využívaným genům v taxonomii a identifikaci druhů u rodu Aspergillusi u ostatních hub. Napříč druhy rodu Aspergillus se v genomech gen pro beta-tubulin vyskytuje buď v podobějediného genu (benA), nebo může být přítomen ještě paralogní gen tubC. Jak bylo zjištěno, oba paralogy bylyv taxonomii rodu Aspergillus opakovaně použity v kombinovaném datasetu společně. Tato práce charakterizujeoba geny u řady druhů Aspergillus, reviduje v současnosti používané primery pro beta-tubulin a předkládá nové primery pro použití u rodu Aspergillus, které jsou více specifické pro gen benA. Navíc se snaží řešitnepřehlednou situaci kolem paralogů navržením řady markerů, které více či méně specificky odliší oba paralogy- parametry hodnotící "codon usage", složení bazí, délka intronů, sekvenční motivy. Součástí práce je i rozsáhlástudie molekulární diversity 349 izolátů Aspergillus (PCR-fingerprint, sekvenace - ITS, benA, rpb2, caM)pocházejících z českých sbírek a klinického materiálu mezi nimiž bylo nalezeno celkem 82 druhů. Na jejím základě bude navrženo devět nových taxonů, které byly odhaleny i v ekonomicky velmi významných sekcíchjako jsou sekce Nigri, Fumigati nebo Aspergillus (Eurotium spp.). Pět druhů v sekci Aspergillus budesynonymizováno s již popsanými druhy. Studie...
|
|
|
Mykorhizní a endofytické houby v kořenech vodních rostlin
Borovec, Ondřej ; Vohník, Martin (vedoucí práce) ; Kolařík, Miroslav (oponent)
Interakce mezi houbou a rostlinou jsou přítomné všude kolem nás. Jen stěží bychom hledali rostlinu, která nemá v rhizosféře ani jednu hyfu nebo není napadena houbovým patogenem. Zatímco v terestrických ekosystémech jsou interakce těchto organismů zmapovány kvalitně a systematicky, pod vodní hladinou je situace zcela jiná. Vzhledem k obtížné přístupnosti podvodních ekosystémů a také obrovskému ekonomickému významu interakcí terestrických, které zaměstnávají většinu odborníků z oboru, jsou vodní houby a jejich vztah k rostlinám dosud ne zcela probádaným tématem. Ve vodním prostředí byly objeveny všechny základní typy interakcí rostlina-houba. Z mutualistických, tedy mykorhizních asociací je stejně jako na souši nejrozšířenější arbuskulární mykorhiza, naopak ostatní známé typy mykorhiz jako orchideoidní nebo erikoidní se pod vodou nevyskytují vzhledem k absenci příslušných hostitelských rostlin. Široce rozšířený je endofytismus. Běžně jsou v kořenech vodních rostlin pozorovány i vřeckovýtrusé houby s tmavými přepážkovanými hyfami, které se označují se souhrnným pojmem "dark septate endophytes" (DSE). Zdá se, že jsou stejně rozšířeny ve vodě, jako na souši. V neposlední řadě napadá vodní rostliny mnoho houbových endoparazitů. AMH mohou ve vodním prostředí hrát důležitou roli v příjmu živin u některých...
|
|
|
Endofytní houby v nadzemních pletivech rostlin z čeledi Ericaceae
Koudelková, Barbora ; Koukol, Ondřej (vedoucí práce) ; Kolařík, Miroslav (oponent)
Endofytickým houbám se věnuje mnoho studií, nadzemní pletiva rostlin z čeledi Ericaceae však z tohoto hlediska příliš prozkoumána nejsou, většina literatury se věnuje především houbám tvořícím erikoidní mykorhizu. Tato bakalářská práce shrnuje studie diverzity endofytických hub v této čeledi, porovnává četnost a překryv hub v různých hostitelských rostlinách a geografických oblastech a také výskyt hub v živých a mrtvých pletivech rostlin. Důraz je kladen také na metodiku izolace a určování endofytických hub.
|
|
|
Diverzita a ekologie endofytických hub v různých částech rostlin.
Kovaříčková, Adéla ; Prášil, Karel (vedoucí práce) ; Kolařík, Miroslav (oponent)
Přestože byly endofytické houby v uplynulých letech intenzivně zkoumány, nevěnovalo se zatím mnoho pozornosti endofytické kolonizaci celé rostliny. Rešeršní část této práce se zabývá rozdíly v diverzitě a ekologii endofytů uvnitř celých rostlin, jejichž jednotlivé části představují kvalitativně odlišná prostředí pro růst endofytických hub. Nejvýrazněji se liší parametry kolonizace systémových endofytů travin, kteří náleží do čeledi Clavicipitaceae, a taxonomicky heterogenní skupiny nesystémových endofytů: systémový endofyt kolonizuje všechny nadzemní orgány traviny, zatímco nesystémoví endofyti tvoří pouze lokální infekce a jejich druhové složení se v jednotlivých rostlinných částech liší. Praktická část práce obsahuje pilotní studii druhové diverzity endofytických hub z dřevních částí (větví, kmenů a kořenů) jilmu (Ulmus laevis). Vzorky, kultivované na agarové půdě, vykazují rozdíly ve frekvenci kolonizace endofyty i v diverzitě izolovaných rodů hub.
|
|
|
Navození sporulace a tvorby pohlavního stádia u Ascomycota (Fungi)
Dudová, Zuzana ; Kolařík, Miroslav (vedoucí práce) ; Novotný, David (oponent)
V této práci jsem se zabývala faktory indukujícími sporulaci nepohlavního stádia a tvorbu pohlavního stádia u ascomycet, mezi které v závislosti na druhu patří světlo, dostupnost vody, vzduchu a esenciálních látek, přítomnost různých chemických látek a osmolarita. Některé druhy vyžadují pro sporulaci a tvorbu pohlavního stádia velmi specifické podmínky a stejně tak i složení médií, kterým je též věnována část mé práce. V kapitole o genetickém pozadí fruktifikace a sporulace jsem svoji pozornost zaměřila především na párovací (MAT) geny a geny hrající roli v procesu sporulace. Klíčová slova: sporulace, tvorba pohlavního stádia, MAT geny, párovací faktory, anamofa, teleomorfa, Ascomycota, homothalismus, heterothalismus.
|
|
|
Genetika hub, evoluce genomu a vyuziti prutokoveho cytometru pri studiu DNA
Würtherlová, Tereza ; Kostovčík, Martin (oponent) ; Kolařík, Miroslav (vedoucí práce)
Genom hub je dynamicky se měnící struktura. Jeho přestavbou může organismus reagovat na změny v prostředí a neustále se vyvíjet. Zajímavý jev je časté zvětšení genomu doprovázející přechod houby k parazitickému nebo mutualistickému způsobu života. Může se jednat o zmnožení některých chromosomů (aneuploidizace), duplikaci celého genomu (polyploidizace) nebo o šíření repetitivních sekvencí. Vliv velikosti genomu na ekologii a životní strategii organismu je v posledních letech stále více studován. V mykologii však prozatím uniká větší pozornosti. Průtokový cytometr (FCM) je moderní a progresivně se vyvíjející metoda umožňující zjistit velikost genomu, případně i odhadnout procentuální zastoupení GC/AT bází. Kombinace FCM se znalostmi ekologie hub a mechanismů utvářejících genom umožňuje odhalit obecné tendence evolučních procesů. Má práce shrnuje poznatky o mechanismech vedoucích ke změně velikosti/struktury houbového genomu, o korelacích s velikostí genomu a představuje princip průtokového cytometru a jeho uplatnění v mykologii.
|
|
| |
|
|
Comparison of ITS nrDNA and alternative markers for fungal metabarcoding in environmental samples
Zelenka, Tomáš ; Kolařík, Miroslav (vedoucí práce) ; Mašek, Tomáš (oponent)
Studium diverzity hub může ve výsledku vést k mnoha významným objevům a závěrům. Molekulární genetika a konkrétně metody masivně paralelního sekvenování se používají ke studiu ekologie a diverzity hub čím dál tím častěji. Využívá se k tomu krátkých úseků DNA označovaných jako barcode markery. Nejčastěji používaným markerem je úsek jaderné ribozomální DNA zvaný ITS (Internal Transcribed Spacer). Vyskytuje se v genomu ve formě rozsáhlých repetic až 200 kopií, což značně zjednodušuje jeho namnožení z environmentálních vzorků. Zároveň to ale vzbuzuje také určité obavy kvůli výskytu vnitrodruhové a vnitrogenomové variability. Obě tyto variability mohou být zdrojem silného nadhodnocování odhadů diverzity. Použití alternativních, nízko-kopiových markerů, může zmíněný problém částečně vyřešit. V této studii byly porovnány tradičně používané markery ITS1 a ITS2 s protein-kódujícími geny EF-1α a RPB2. Smícháním genomových DNA druhů z různých fylogenetických skupin bylo vytvořeno in vitro umělé společenstvo. To bylo následně sekvenováno pro všechny zmíněné markery a data byla vyhodnocena dle postupů běžně používaných v environmentálních studiích. Výsledky jednoznačně vyzdvihují ITS2 jako nejvhodnější marker pro studium environmentálních vzorků. Průměrný koeficient nadhodnocení lze očekávat kolem dvou pro ITS1, ITS2,...
|
|
| |
|
| |
host ::
RSS.