|
|
Rekonstrukce transposonů
Šurina, Oliver ; Martínek, Tomáš (oponent) ; Puterová, Janka (vedoucí práce)
Táto práca sa zaoberá rekonštrukciou transpozónov na základe výstupu programu RepeatExplorer. V prvej časti práca predstavuje základy molekulárnej biológie so zameraním na transpozóny a ich štruktúru. Ďalej popisuje návrh a implementáciu aplikácie, ktorá rekonštruuje transpozóny na základe výstupov RepeatExploreru. K prezentácii dosiahnutých výsledkov bolo vytvorené interaktívne grafické uživateľské rozhranie. Aplikácia bola ná- sledne testovaná v realnom prostredí. Práca tiež prináša prehľad o existujúcich nástrojoch pre identifikáciu transpozónov.
|
|
|
Reconstruction of Repetitive DNA Segments
Bikár, Robert ; Lexa, Matej (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
The main motivation for master's thesis is to find suitable algorithm that creates a graph representation of NGS sequencing data in linear time. De Bruijn graph was chosen as a method for research. Next, the tool was designed to be able to transform the graph and correct errors created during construction of the graph. The main aim of the thesis is to implement a tool that reconstructs repetitive segments in DNA. Implemented tool was tested and is able to identify repetitive segments, specify types, visualize them properly and is also able to assemble their sequence with fine accuracy on simpler genomes. When using complex genomes, tool is able to reconstruct only fragments of repetitive segments.
|
|
|
Binding of Cyanine Fluorescent Probes to DNA
ROMANCOVÁ, Ingrid
This master thesis is focused on theoretical study of the Cy3 and Cy5 dyes and their interactions with DNA. The main aim was to find the mot populated conformations of the Cy3-DNA and Cy5-DNA complexes. A comparison with the experimental structure was also done and the influence of the cyanine dyes on the conformational changes of the DNA chain was evaluated.
|
|
|
Možnosti izolace nukleových kyselin v rostlinných a živočišných matricích
Truong, Thanh Huong
Izolace nukleových kyselin je prvním krokem ve většině molekulárních diagnostik. Hlavní část bakalářská práce je věnována vypracování literární rešerše zabývající se různými možnostmi izolace nukleových kyselin. Vypracovaná práce je průřezem nejpoužívanějších metod od nejstarších až po ty nejnovější, což se týká metod srážení pomocí solí a organickými činidel, chromatografie, fenol -- chloroformové extrakce a pomocí magnetických částic. V jedné ze tří kapitol literárního přehledu je popsána podstata nukleových kyselin. V malé kapitole literární části jsou uvedeny možné inhibitory separace nukleových kyselin. Minoritní část bakalářské práce je věnována experimentální části, v níž je porovnávána kvalita získané DNA z různých matric konopí setého u navážek 20 mg a 100 mg. Po vyhodnocení výsledků bylo zjištěno, že pro vyšší kvalitu izolátu je vhodné použití navážky 20 mg.
|
|
|
Metody izolace a archivace DNA z živočišných tkání
Dratvová, Lenka
Tato bakalářská práce na téma Metody izolace a archivace DNA z živočišných tkání se nejprve zabývá různými vzorky živočišných tkání vhodnými pro efektivní izolaci DNA. Dále jsou zde popsány vybrané jednoduché i moderní metody izolace DNA. Práce se zabývá také možností krátkodobého a dlouhodobého uchovávání DNA s popisem vybraných konkrétních archivačních metod. Dále jsou metody izolace DNA porovnány z hlediska kvality, kvantity, pracnosti, časové a finanční náročnosti. Taktéž jsou na závěr zhodnoceny jednotlivé metody archivace. Práce obsahuje i praktickou část, která se věnuje izolaci DNA především z živočišných produktů (mléko a mléčné výrobky, krev, maso a masné výrobky), ale i jiných biologických tkání. Postup a výsledky jsou zpracovány v kapitolách Materiál a metodika a Výsledky a diskuze.
|
|
|
Využití magnetických nanočástic pro transfekci plasmidu do HEK293 buněk
Bílek, Ondřej ; Svoboda, Ondřej (oponent) ; Fohlerová, Zdenka (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá využitím magnetických nanočástic, SPIO nanočástic a nanočástic komerčního produktu MATra pro transfekci plasmidu ASAP do HEK293 buněk a následnou optimalizací tohoto procesu. K experimentální části je přiložena teoretická část shrnující poznatky z oblasti syntézy magnetických nanočástic, jejich využití v biomedicíně, teorii zabývající se možnostmi vložení cizorodé DNA či plasmidu do buňky a způsoby vyhodnocování úspěšnosti těchto experimentů.
|
|
|
Klasifikace organismů na základě nukleotidových četností
Kremličková, Lenka ; Maděránková, Denisa (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá klasifikací organismů na základě nukleotidové četnosti. Cílem práce je seznámit se s problematikou vyhodnocení příbuznosti organismů na základě podobnosti DNA sekvencí, navrhnout a realizovat v programovém prostředí Matlab algoritmus pro klasifikaci organismů na základě klasické fylogenetické metody, základních i pokročilých numerických metod a tyto metody mezi sebou porovnat.
|
|
|
Algoritmy pro vyhledávání transkripčních motivů
Peřinová, Barbora ; Škutková, Helena (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá vyhledáváním transkripčních motivů v sekvencích DNA. V první části je popsán proces transkripce DNA, význam transkripčních motivů a je uveden přehled databází transkripčních motivů. Druhá část obsahuje rozdělení algoritmů pro vyhledávání transkripčních motivů a detailně popisuje sedm existujících algoritmů. V praktické části byly vytvořeny funkce pro analýzu podle algoritmu Oligo-Analysis. Vytvořené funkce byly validovány na uměle vytvořených sekvencích s vnesenými motivy. Dále byla provedena analýza dvou rodin koregulovaných genů a výsledky porovnány s hodnotami, kterých dosáhli autoři algoritmu Oligo-Analysis.
|
|
|
Srovnání genomů analýzou pozice genů
Pavel, Tomáš ; Škutková, Helena (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Teoretická část této bakalářské práce se zabývá základy genetiky. Nejprve jsou popsány pojmy gen a mutace. Jsou popsány mutace genové a chromozomové. Následující část je věnována komparativní genomice a především synteny. Je zde popsáno, co je to synteny a jak vzniká. Konec teoretické části je věnován evoluci a způsobům třídění permutačních vektorů. Praktická část bakalářské práce obsahuje popis vytvořeného programu. Výstupem programu je dotplot zobrazující synteny bloky, jejichž indexy jsou vypsány v GUI. Druhým podstatným výstupem je stanovení počtu permutačních kroků. Tento počet kroků slouží ke stanovení evoluční vzdálenosti porovnávaných sekvencí. Poslední část práce je věnována testování programu a analýze uměle vytvořených a reálných sekvencí DNA.
|
|
|
Číslicové zpracování rostlinných genomů
Jugas, Robin ; Škutková, Helena (oponent) ; Sedlář, Karel (vedoucí práce)
Práce navazuje na rozvoj v oblasti numerických reprezentací DNA sekvencí v uplynulých letech. Cílem bakalářské práce je zpracovat přehled numerických reprezentací DNA sekvencí a popsat vlastnosti a rozdíly genetického kódu jaderného a mitochondriálního genomu se zaměřením na rostliny. Zakončením je zhodnocení využitelnosti daných signálových reprezentací pro klasifikaci organismů. Teoretická část se zabývá popisem biologických skutečností, přehledem metod konverze DNA sekvence do signálové podoby, metodami klasifikace organismů a algoritmem DTW. Praktická část sestává z vytvoření uživatelské aplikace pro klasifikaci organismů na základě numerických reprezentací a analýza využitelnosti těchto reprezentací pro klasifikaci. Výstupy shlukové analýzy numerických sekvencí jsou srovnány s fylogenetickým stromem
|
host ::
RSS.