|
|
Taxonomy, diversity and clinical relevance of the genus Aspergillus
Hubka, Vít ; Kolařík, Miroslav (vedoucí práce) ; Labuda, Roman (oponent) ; de Beer, Wilhelm (oponent)
Aspergillus je druhově bohatý rod zahrnující téměř 400 druhů, který má velký ekonomický význam v oblastech medicíny, potravinářství, farmakologii a biotechnologických disciplínách. Výzkum zahrnutý v této práci se zaměřuje na aktuální problémy týkající se rodového konceptu, podrodové klasifikace a delimitace druhů. Práce reaguje na potřebu taxonomických revizí některých sekcí a druhových komplexů, a poskytuje nové informace o etiologii aspergilózy. Citlivosti k běžně užívaných antimykotikům jsou poskytnuty pro některé méně běžné oportunní patogeny. Taxonomická část práce přispěla k taxonomické stabilitě a novému konceptu rodu Aspergillus, který se změnil v reakci na přerušení duální nomenklatury u hub. Byl shromážděn dostatek argumentů (např. ověření monofilie, jednotící fenotypové znaky) pro zachování širokého pojetí rodu a vyhnutí se jeho rozdělení na několik rodů. Všechny rody typifikované jmény teleomorf a mající anamorfu Aspergillus byly synonymizovány s rodem Aspergillus, a byla vybrána vhodná jména podle pravidel priority; byly vytvořeny nové kombinace pro teleomorfní druhy, které postrádaly příslušná jména v rodě Aspergillus. Tato práce také přispěla ke zdokonalení podrodového členění prostřednictvím návrhu čtyř nových sekcí v podrodu Circumdati, které byly vytvořeny pro druhy s dosud...
|
|
|
Vliv mikrobiomu na patogenezi střevních onemocnění
Galanová, Natalie ; Kolařík, Miroslav (vedoucí práce) ; Hudcovic, Tomáš (oponent)
Střevní mikrobiota je významným faktorem ve vývoji některých onemocnění, k nimž patří i idiopatické střevní záněty (IBD, n = 127), Ulcerózní kolitida, Crohnova choroba, a kolorektální karcinom (CRC, n = 64). Součástí této práce je připravit klinický materiál různého typu (stolice, biopsie) k sekvenaci na platformě Illumina Miseq. Tohoto je dosaženo přes izolaci DNA, amplifikaci 16S a vnitřního přepisovaného mezerníku (ITS), normlaizaci a ligaci sekvenačních adaptorů. Cílem je pomcí sekvenačních dat popsat rozdíly v mikrobiomu zdravých a nemocných jedinců v případě IBD nebo zdravé a karcinomem zasažené tkáně u pacientů s CRC. Tuto práci tvoří i kultivační část, kdy jsou vzorky čerstvé stolice (n = 3) kultivovány při široké škále aplikovaných podmínek, jimiž je zjištěna ekofyziologická a druhová diverzita těchto vzorků klasickými a molekulárními metodami. Zároveň je spolehlivě taxonomicky určena diverzita kultivovatelných hub ve fekálních vzorcích amplifikací relevantních genů (ITS1, β tubulin, druhé největší podjednotky RNA polymerázy II., RPB2) a následnou oboustrannou sekvenací Sangerovou metodou. Vybrané druhy hub jsou zpracovány na lyzáty, kterými jsou stimulovány buněčné kultury myších makrofágů (RAW). Vliv hub na imunitní odpověď je tak studován in vitro a analyzován imunologickými metodami...
|
|
|
Mykorhizní a endofytické houby v kořenech vodních rostlin
Borovec, Ondřej ; Vohník, Martin (vedoucí práce) ; Kolařík, Miroslav (oponent)
Interakce mezi houbou a rostlinou jsou přítomné všude kolem nás. Jen stěží bychom hledali rostlinu, která nemá v rhizosféře ani jednu hyfu nebo není napadena houbovým patogenem. Zatímco v terestrických ekosystémech jsou interakce těchto organismů zmapovány kvalitně a systematicky, pod vodní hladinou je situace zcela jiná. Vzhledem k obtížné přístupnosti podvodních ekosystémů a také obrovskému ekonomickému významu interakcí terestrických, které zaměstnávají většinu odborníků z oboru, jsou vodní houby a jejich vztah k rostlinám dosud ne zcela probádaným tématem. Ve vodním prostředí byly objeveny všechny základní typy interakcí rostlina-houba. Z mutualistických, tedy mykorhizních asociací je stejně jako na souši nejrozšířenější arbuskulární mykorhiza, naopak ostatní známé typy mykorhiz jako orchideoidní nebo erikoidní se pod vodou nevyskytují vzhledem k absenci příslušných hostitelských rostlin. Široce rozšířený je endofytismus. Běžně jsou v kořenech vodních rostlin pozorovány i vřeckovýtrusé houby s tmavými přepážkovanými hyfami, které se označují se souhrnným pojmem "dark septate endophytes" (DSE). Zdá se, že jsou stejně rozšířeny ve vodě, jako na souši. V neposlední řadě napadá vodní rostliny mnoho houbových endoparazitů. AMH mohou ve vodním prostředí hrát důležitou roli v příjmu živin u některých...
|
|
| |
|
|
Diverzita a ekologie endofytických hub v různých částech rostlin.
Kovaříčková, Adéla ; Prášil, Karel (vedoucí práce) ; Kolařík, Miroslav (oponent)
Přestože byly endofytické houby v uplynulých letech intenzivně zkoumány, nevěnovalo se zatím mnoho pozornosti endofytické kolonizaci celé rostliny. Rešeršní část této práce se zabývá rozdíly v diverzitě a ekologii endofytů uvnitř celých rostlin, jejichž jednotlivé části představují kvalitativně odlišná prostředí pro růst endofytických hub. Nejvýrazněji se liší parametry kolonizace systémových endofytů travin, kteří náleží do čeledi Clavicipitaceae, a taxonomicky heterogenní skupiny nesystémových endofytů: systémový endofyt kolonizuje všechny nadzemní orgány traviny, zatímco nesystémoví endofyti tvoří pouze lokální infekce a jejich druhové složení se v jednotlivých rostlinných částech liší. Praktická část práce obsahuje pilotní studii druhové diverzity endofytických hub z dřevních částí (větví, kmenů a kořenů) jilmu (Ulmus laevis). Vzorky, kultivované na agarové půdě, vykazují rozdíly ve frekvenci kolonizace endofyty i v diverzitě izolovaných rodů hub.
|
|
|
Geny β-tubulinových paralogů u rodu Aspergillus: taxonomický význam a markery použitelné v jejich rozlišení
Hubka, Vít ; Kolařík, Miroslav (vedoucí práce) ; Bunček, Martin (oponent)
Gen pro beta-tubulin (benA) patří k nejvíce využívaným genům v taxonomii a identifikaci druhů u rodu Aspergillusi u ostatních hub. Napříč druhy rodu Aspergillus se v genomech gen pro beta-tubulin vyskytuje buď v podobějediného genu (benA), nebo může být přítomen ještě paralogní gen tubC. Jak bylo zjištěno, oba paralogy bylyv taxonomii rodu Aspergillus opakovaně použity v kombinovaném datasetu společně. Tato práce charakterizujeoba geny u řady druhů Aspergillus, reviduje v současnosti používané primery pro beta-tubulin a předkládá nové primery pro použití u rodu Aspergillus, které jsou více specifické pro gen benA. Navíc se snaží řešitnepřehlednou situaci kolem paralogů navržením řady markerů, které více či méně specificky odliší oba paralogy- parametry hodnotící "codon usage", složení bazí, délka intronů, sekvenční motivy. Součástí práce je i rozsáhlástudie molekulární diversity 349 izolátů Aspergillus (PCR-fingerprint, sekvenace - ITS, benA, rpb2, caM)pocházejících z českých sbírek a klinického materiálu mezi nimiž bylo nalezeno celkem 82 druhů. Na jejím základě bude navrženo devět nových taxonů, které byly odhaleny i v ekonomicky velmi významných sekcíchjako jsou sekce Nigri, Fumigati nebo Aspergillus (Eurotium spp.). Pět druhů v sekci Aspergillus budesynonymizováno s již popsanými druhy. Studie...
|
|
|
Endofytní houby v nadzemních pletivech rostlin z čeledi Ericaceae
Koudelková, Barbora ; Koukol, Ondřej (vedoucí práce) ; Kolařík, Miroslav (oponent)
Endofytickým houbám se věnuje mnoho studií, nadzemní pletiva rostlin z čeledi Ericaceae však z tohoto hlediska příliš prozkoumána nejsou, většina literatury se věnuje především houbám tvořícím erikoidní mykorhizu. Tato bakalářská práce shrnuje studie diverzity endofytických hub v této čeledi, porovnává četnost a překryv hub v různých hostitelských rostlinách a geografických oblastech a také výskyt hub v živých a mrtvých pletivech rostlin. Důraz je kladen také na metodiku izolace a určování endofytických hub.
|
|
|
Interakce iniciálně mykoheterotrofních rostlin s prostředím
Figura, Tomáš ; Ponert, Jan (vedoucí práce) ; Kolařík, Miroslav (oponent) ; Janoušková, Martina (oponent)
Iniciálně mykoheterotrofní rostliny v poslední době ubývají z přírody, a to i bez zjevných příčin. Jsou ovlivňovány řadou biotických i abiotických faktorů. Cílem této práce je zjistit, jak mohou vybrané faktory, např. nitrát nebo symbiotické houby, ovlivňovat jejich rozšíření v přírodě. Práce využívá zejména in vitro experimenty, molekulární určování houbových symbiontů v kořenech a analýzy obsahu stabilních izotopů. Popisuje jak působení abiotického faktoru, konkrétně dusičnanu, tak biotické interakce iniciálně mykohetreotrofních rostlin s houbovými symbionty. Pozorovaná byla inhibice klíčení extrémně nízkými koncentracemi dusičnanu v asymbiotických kulturách in vitro u několika druhů orchidejí. Míra citlivosti jednotlivých druhů k dusičnanům odpovídá obsahu nitrátu v půdě a nárokům daného druhu na dostupnost živin podle Ellenbergových indikačních hodnot. Inhibiční efekt nitrátu na klíčení orchidejí se jsme pozorovali i v symbiotických kulturách in vitro, s výjimkou jediného izolátu rodu Ceratobasidium. Dále práce odhaluje, že mixotrofní orchideje mohou využívat vlastní fotosyntáty pro výživu nadzemních částí, zatímco podzemní jsou živeny symbiotickými houbami. Na rozdíl od autotrofů mají mixotrofní druhy obvykle v kořenech široké spektrum symbiotických hub. Během evoluce k mykoheterotrofii se ale...
|
|
|
Sekundární metabolity hub s antivirotickou aktivitou
Besedová, Alena ; Čmoková, Adéla (vedoucí práce) ; Kolařík, Miroslav (oponent)
Uplynulý rok 2020 jasně ukázal, jak rychle mohou některé virové infekce dosáhnout pandemických rozměrů. Je tedy stále potřeba objevovat nové látky s antivirotickou aktivitou. Takovéto látky (např. asteltoxin E, cytosporaquinon B) byly v minulosti objeveny u několika skupin hub, nicméně jejich potencionál jako zdroj virostatických chemoterapeutik není příliš prozkoumán. O možném využití hub jako zdroje látek s antivirotickou aktivitou vypovídá i použití některých druhů (např. Ganoderma linghzi, Lentinula edoles), při zmírnění nebo prevenci virotických onemocnění v lidové medicíně. Ve většině případů se však nepodařilo najít látky za tento účinek zodpovědné. Ve své bakalářské práci se proto budu nejprve zabývat rozborem hub tradičně využívaných při onemocněních virovými infekcemi v lidové medicíně. Dále shrnu nejvýznamější houbové látky, u kterých byla prokázala antivirotická aktivita. Bakalářská práce tak přinese ucelený přehled současně známých sekundárních metabolitů hub a jejich virostatických účinků. Informace shrnuté v práci tak mohou ukázat na možné kandidáty v boji proti virovým infekcím.
|
|
|
Modulace metabolismu hub pomocí fytochemikálií
Sedláková, Vendula ; Čmoková, Adéla (vedoucí práce) ; Kolařík, Miroslav (oponent)
Fytochemikálie jsou biologicky aktivní látky, kterými rostliny ovlivňují organismy ve svém okolí. Houby na jejich přítomnost často reagují změnou metabolismu, která se projevuje spuštěním produkce sekundárních metabolitů, navýšením biomasy nebo regulací virulence. Mechanismus těchto změn lze připisovat schopnosti některých fytochemikálií (např. kurkuminu, EGCG) modulovat epigenetickou informaci. První polovina práce je věnována jednotlivým mechanismům epigenetické modifikace (např. metylace, modifikace histonů), které byly u hub studovány. V druhé polovině jsou přehledně shrnuty studie zaměřené na fytochemikálie, u kterých byla pozorována schopnost modifikovat epigenetickou informaci u eukaryotických organismů. Bakalářská práce tak přináší cenné poznatky o možnosti modifikovat houbový metabolismus fytochemikáliemi, které jsou často odpadními produkty průmyslu. Informace shrnuté v práci mohou mít významný dopad na zkvalitnění biotechnologických postupů, tam kde je snaha o zvýšení výnosu biomasy a navození produkce sekundárních metabolitů v případech, kde je jejich produkce za normálních podmínek umlčená. Klíčová slova: sekundární metabolity, epigenetika, epigenetické modifikace, fytochemikálie, vláknité houby
|
host ::
RSS.