|
|
Vliv mikrobiomu na patogenezi střevních onemocnění
Galanová, Natalie ; Kolařík, Miroslav (vedoucí práce) ; Hudcovic, Tomáš (oponent)
Střevní mikrobiota je významným faktorem ve vývoji některých onemocnění, k nimž patří i idiopatické střevní záněty (IBD, n = 127), Ulcerózní kolitida, Crohnova choroba, a kolorektální karcinom (CRC, n = 64). Součástí této práce je připravit klinický materiál různého typu (stolice, biopsie) k sekvenaci na platformě Illumina Miseq. Tohoto je dosaženo přes izolaci DNA, amplifikaci 16S a vnitřního přepisovaného mezerníku (ITS), normlaizaci a ligaci sekvenačních adaptorů. Cílem je pomcí sekvenačních dat popsat rozdíly v mikrobiomu zdravých a nemocných jedinců v případě IBD nebo zdravé a karcinomem zasažené tkáně u pacientů s CRC. Tuto práci tvoří i kultivační část, kdy jsou vzorky čerstvé stolice (n = 3) kultivovány při široké škále aplikovaných podmínek, jimiž je zjištěna ekofyziologická a druhová diverzita těchto vzorků klasickými a molekulárními metodami. Zároveň je spolehlivě taxonomicky určena diverzita kultivovatelných hub ve fekálních vzorcích amplifikací relevantních genů (ITS1, β tubulin, druhé největší podjednotky RNA polymerázy II., RPB2) a následnou oboustrannou sekvenací Sangerovou metodou. Vybrané druhy hub jsou zpracovány na lyzáty, kterými jsou stimulovány buněčné kultury myších makrofágů (RAW). Vliv hub na imunitní odpověď je tak studován in vitro a analyzován imunologickými metodami...
|
|
|
Vliv mikrobiomu na patogenezi střevních onemocnění
Galanová, Natalie ; Kolařík, Miroslav (vedoucí práce) ; Hudcovic, Tomáš (oponent)
Střevní mikrobiota je významným faktorem ve vývoji některých onemocnění, k nimž patří i idiopatické střevní záněty (IBD, n = 127), Ulcerózní kolitida, Crohnova choroba, a kolorektální karcinom (CRC, n = 64). Součástí této práce je připravit klinický materiál různého typu (stolice, biopsie) k sekvenaci na platformě Illumina Miseq. Tohoto je dosaženo přes izolaci DNA, amplifikaci 16S a vnitřního přepisovaného mezerníku (ITS), normlaizaci a ligaci sekvenačních adaptorů. Cílem je pomcí sekvenačních dat popsat rozdíly v mikrobiomu zdravých a nemocných jedinců v případě IBD nebo zdravé a karcinomem zasažené tkáně u pacientů s CRC. Tuto práci tvoří i kultivační část, kdy jsou vzorky čerstvé stolice (n = 3) kultivovány při široké škále aplikovaných podmínek, jimiž je zjištěna ekofyziologická a druhová diverzita těchto vzorků klasickými a molekulárními metodami. Zároveň je spolehlivě taxonomicky určena diverzita kultivovatelných hub ve fekálních vzorcích amplifikací relevantních genů (ITS1, β tubulin, druhé největší podjednotky RNA polymerázy II., RPB2) a následnou oboustrannou sekvenací Sangerovou metodou. Vybrané druhy hub jsou zpracovány na lyzáty, kterými jsou stimulovány buněčné kultury myších makrofágů (RAW). Vliv hub na imunitní odpověď je tak studován in vitro a analyzován imunologickými metodami...
|
|
|
Mykobiom lidského trávicího traktu ve zdraví a nemoci
Galanová, Natalie ; Kolařík, Miroslav (vedoucí práce) ; Hudcovic, Tomáš (oponent)
Práce komplexním způsobem shrnuje poznatky o mykobiomu trávicího traktu člověka. Podává tak přehled o výskytu, diverzitě a četnosti hub v jednotlivých částech trávicí trubice, faktorech určujících složení jejích společenstev, interakcích s imunitním systémem, ostatními mikroby i mezi jednotlivými členy houbové komunity. Stručně naznačuje používanou metodologii při studiu daného předmětu spolu s výhodami jednotlivých postupů. Shrnuje a diskutuje současné znalosti o přirozeném mykobiomu, který se podílí na efektivním fungování organismu a to i v případech, kdy se tento podílí na vzniku a udržování stavu disbalance. Pro rod Candida, dominantní gastrointestinální rod, je shrnuta ekologie i podrobnější interakce s okolím. Střevní mykobiota je dle posledního výzkumu považována za důležitý faktor ve vývoji některých lokálních onemocnění, k nimž patří také idiopatické střevní záněty, ulcerózní kolitida a Crohnova choroba, nebo syndrom dráždivého tračníku. Ovšem také různá zdánlivě nesouvisející onemocnění jsou v posledních letech spojována se změnou ve střevním mykobiomu. Navíc se střevní komunita svou imunogenní podstatou podílí i na vzniku obraných reakcí v jiných částech těla. Klíčová slova: mykobiom, mikrobiota, sekvenování nové generace, ITS rDNA, diverzita, idiopatické střevní záněty, dráždivý tračník
|
host ::
RSS.