|
|
Automatická detekce mikrokalcifikací v mamografických snímcích
Hývlová, Denisa ; Jakubíček, Roman (oponent) ; Harabiš, Vratislav (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá detekcí mikrokalcifikací v mamografických snímcích. V úvodu je rozebrána souvislost jejich přítomnosti se vznikem rakoviny prsu, princip mamografie a standard DICOM využívaný v radiologii. Následně jsou přiblíženy metody používané pro zvýraznění a segmentaci mikrokalcifikací. V prostředí MATLAB byl navržen algoritmus detekce založený na vlnkové transformaci, morfologickém uzavření a prahování. Pro zhodnocení výsledků detekce bylo vytvořeno grafické uživatelské rozhraní a algoritmus umožňující automatické vyhodnocení úspěšnosti detekce na databázi snímků s anotacemi.
|
|
|
Korekce pohybu v hrudních dynamických kontrastních CT datech
Jakubíček, Roman ; Malínský, Miloš (oponent) ; Walek, Petr (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá pružnou registrací obrazů pro korekci pohybů v 4D hrudních dynamických kontrastních CT datech. Disparitní analýzou založenou na přizpůsobené filtraci je inicializováno deformační pole určující lokální deformace, jehož hodnoty jsou poté zpřesněny optimalizačním algoritmem. Na základě charakteru pohybových zkreslení je aplikována FFD metoda s 3D geometrickou transformací B-splajn deformačním modelem. V první části je uvedena stručná teorie pro slícování obrazů. Ta je nezbytná pro porozumění dalším kapitolám této práce, které pojednávají o navržené metodě a její realizaci. Velká pozornost je věnována geometrické transformaci, která je velmi důležitou součástí procesu registrace. Popsán je zde i Nelder-Meadův algoritmus jako jedna z možných optimalizačních metod. Jsou zde uvedeny tři používané publikované algoritmy pro registraci 4D CT dat. V nadcházející kapitole jsou popsány jednotlivé dílčí části navržené pružné registrace, včetně možných problémů a jejich odstranění.
|
|
|
Program pro zobrazení a práci s objemovými daty
Viktorínová, Michaela ; Jakubíček, Roman (oponent) ; Harabiš, Vratislav (vedoucí práce)
Práce souhrnně popisuje možnosti zobrazení objemových dat. Blíže se věnuje skalárnímu typu objemových algoritmů, který následně dělí na techniky nepřímého a přímého zobrazení objemových dat. Z nepřímých technik přibližuje metodu Marching Cubes. Přímé techniky dále člení na algoritmy triviální a pokročilé. V praktické části popisuje návrh, implementaci a vyhodnocení funkčnosti programu, jenž využívá právě triviálních metod. Celkové hodnocení je složeno z dílčích hodnocení výpočetní náročnosti, zatížení paměti a kvality výsledného zobrazení za použití různých metod a druhů vstupních objemových dat.
|
|
|
3D rekonstrukce objektů z multiskopických snímků
Řehoř, Jan ; Odstrčilík, Jan (oponent) ; Jakubíček, Roman (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá 3D rekonstrukcí objektů z multiskopických snímků. Je rozdělena na pět kapitol. První kapitola se týká teoretického seznámení problematiky, tedy, co je 3D rekonstrukce, popis geometrie kamery a rekonstrukční algoritmy. Dále je práce tvořena praktickou částí, ve které jsou popsány jednotlivé kroky realizace 3D rekonstrukce, tedy akvizice snímků, kalibrace a použitých algoritmech. Poslední část práce tvoří diskuze a závěr, ve které jsou diskutovány a shrnuty výsledky pokusu.
|
|
|
Klasifikace arteriálního a žilního řečiště v obrazových datech sítnice
Černohorská, Lucie ; Jakubíček, Roman (oponent) ; Kolář, Radim (vedoucí práce)
Tato práce je zaměřena na klasifikaci arteriálního a žilního řečiště v obrazových datech sítnice. Je zde popsána anatomie oka se zaměřením na cévní zásobení a dále jsou stručně uvedeny zobrazovací a diagnostické metody sítnice. V práci jsou zmíněny metody pro klasifikaci cévního řečiště s důrazem na hluboké učení. Praktická část probíhala v programovacím jazyku Python, kdy byla nejdříve předzpracována retinální sada dat spolu s výpočtem AV poměru. Na základě literární rešerše byla pro klasifikaci cévního řečiště zvolena architektura U-net, která byla modifikována pomocí open-source knihovny Keras. Trénování sítě probíhalo na datasetu získaném pomocí experimentálního video-oftalmoskopu, který poskytuje šedotónové snímky. Modifikovaná architektura byla nejdříve využita pro klasifikaci cév do jednotlivých tříd, a z důvodů neuspokojivých výsledků byla dále implementována na segmentaci retinálního řečiště jako celku či zvlášť na žíly a tepny.
|
|
|
Charakterizace tkání ve spektrálních CT datech
Poláková, Veronika ; Jan, Jiří (oponent) ; Jakubíček, Roman (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývala charakterizací tkání na virtuálních monoenergetických obrazech (VMI). Byla zpracována literární rešerše o spektrálním CT, díky kterému lze VMI vytvořit. Dále bylo provedeno statistické vyhodnocení CT čísel tkání napříč spektrem energií VMI. Bylo zjištěno, že medián CT čísla s rostoucí energií VMI roste, nebo klesá různě strmě v závislosti na tkáni. To přispívá k lepšímu kontrastnímu rozlišení vybraných dvojic tkání na vhodných VMI a tím pádem i jejich lepší segmentaci a klasifikaci na těchto obrazech.
|
|
| |
|
|
Segmentation and morphological analysis of mouse embryo choroid plexus
Parobková, Viktória ; Jakubíček, Roman (oponent) ; Chmelík, Jiří (vedoucí práce)
The Choroid Plexus is a regulated gate between blood and cerebrospinal fluid and takes place in several functions connected with the neural system. However, many functions are still unknown caused by the fragility, location and shape of the plexus. Thus the noninvasive techniques are used to access this crucial brain component located within the ventricles. Moreover, there is a link between its shape and brain pathologies. This project aimed to extract the ChP of the 4th ventricle by implementing segmentation methods followed by morphological analysis to discover patterns between the shape and disease.
|
|
|
Automatické zarovnání CT skenu hlavy
Karmazinová, Inna ; Kolář, Radim (oponent) ; Jakubíček, Roman (vedoucí práce)
Práce se zabývá automatickým zarovnáním CT skenu hlavy. V současné době je zarovnávání prováděno manuálně zaškoleným personálem, tento proces je však časově náročný, a tak existuje snaha o zautomatizování tohoto procesu. V prostředí MATLAB byly navrženy a implementovány dvě metody pro zarovnání CT skenu hlavy v axiální a koronální rovině využívající bilaterální symetrie hlavy. Dále byla vytvořena metoda pro zarovnání sagitální roviny s využitím CG-TOB referenční přímky pro detekci rotačního úhlu. Tyto přístupy byly otestovány a validovány na databázi manuálně anotovaných CT skenů hlavy.
|
|
|
Aktivní kontury pro segmentaci ultrazvukových dat
Hesko, Branislav ; Jakubíček, Roman (oponent) ; Harabiš, Vratislav (vedoucí práce)
Táto diplomová práca má za úlohu implementovať metódu aktívnych kontúr pre užitie v~segmentácii ultrazvukových obrazov. Teoretická časť popisuje vlastnosti ultrazvukových obrazov, základné segmentačné prístupy a ozrejmuje princíp vybraných metód aktívnych kontúr. Existujú dve rôzne skupiny metód, metódy využívajúce gradient a metódy bez využitia gradientu. Pre porovnanie je implementovaná v praktickej časti jedna metóda z každej skupiny a následne je v časti vyhodnotenia porovnaná segmentačná účinnosť oboch metód ako aj ich vlastnosti.
|
host ::
RSS.