|
|
Úloha tukové tkáně v rozvoji inzulinorezistence a dalších metabolických změn u nemocných s feochromocytomem
Klímová, Judita ; Petrák, Ondřej (vedoucí práce) ; Kříž, Jan (oponent) ; Mlíková Seidlerová, Jitka (oponent)
Feochromocytomy a funkční paragangliomy (PPGL) jsou vzácné neuroendokrinní tumory charakteristické nadprodukcí katecholaminů, která může vést mj. k poruchám glukózového, lipidového a energetického metabolismu. Role tukové tkáně v těchto procesech zůstává nejasná. Naším cílem bylo stanovit profil genové exprese v subkutánní a viscerální tukové tkáni pacientů s PPGL se zaměřením na endokrinní funkce tukové tkáně, výskyt hnědé (BAT) a béžové tukové tkáně (BeAT), vše v souvislosti s dalšími měřenými metabolickými a energetickými parametry a hladinami cirkulujících adipokinů. Ve vzorcích retroperitoneální VAT pacientů s PPGL jsme prokázali známky UCP1-mediované noradrenalinem indukované termogeneze s vyšší expresí DIO2 a klíčových transkripčních faktorů adipogeneze BAT/BeAT (PPARGC1A, CEBPB a PRDM16). VAT pacientů s PPGL neodpovídala na základě použitých markerů jednoznačně BAT ani BeAT. V subkutánní tukové tkáni (SAT) pacientů s PPGL jsme našli známky transformace v BeAT, ale bez známek současně probíhající UCP1-mediované termogeneze. Dále jsme prokázali, že pacienti s PPGL mají vyšší cirkulující hladiny FGF21 ve srovnání s kontrolami a po adrenalektomii dochází k jejich poklesu. Zvýšené hladiny FGF21 byly zvláště evidentní u pacientů s DM a byly pozitivně spojené s hladinami glykémie na lačno a BMI u...
|
|
|
Využití "omics" metod v molekulárně-epidemiologické studii novorozenců z různých lokalit České republiky
Hoňková, Kateřina ; Rössner, Pavel (vedoucí práce) ; Gábelová, Alena (oponent) ; Bláha, Luděk (oponent)
"Omics" je souhrnné pojmenování biologických disciplín, které se věnují globální charakterizaci a kvantifikaci biomolekul, jež mají zásadní význam pro zajištění základních funkcí organizmu. "Omics" metody jsou využívané například v molekulární epidemiologii, která na základě jejich výsledků vyhodnocuje potenciální biomarkery charakterizující dopad faktorů životního prostředí na lidské zdraví. Předložená Disertační práce se zabývá použitím těchto metod u biologických vzorků získaných od novorozenců, kteří se narodili v rozdílných lokalitách České republiky, lišících se zejména mírou průmyslové zátěže. Hlavním záměrem bylo zjistit, zda může vlivem vnějšího prostředí v průběhu prenatálního vývoje novorozenců docházet k významným změnám aktivity genů a jejich regulace, a vyhodnotit míru znečištění ovzduší v době, kdy byl odebírán biologický materiál. S využitím celogenomového přístupu bylo cílem popsat odlišně exprimované geny (DEGs) u novorozenců z Karviné a Českých Budějovic (ČB). U pilotní studie malého souboru novorozenců z Mostu a ČB bylo záměrem identifikovat rozdílně metylovaná CpG místa na DNA, která utlumují genovou aktivitu a mohla by být zodpovědna za dlouhodobé změny na genetické úrovni. Posledním cílem bylo nalézt odlišně exprimované malé nekódující RNA (DE miRNA) mezi novorozenci z Mostu...
|
|
|
Gene expression differences during regeneration in model organisms
Netušil, Jiří ; Šindelka, Radek (vedoucí práce) ; Hason, Martina (oponent)
Díky novým pokrokovým metodám, které nám umožňují studovat regeneraci v modelových organismech, máme příležitost získat důležité poznatky týkající se samotné podstaty tohoto procesu. Tyto poznatky nám mohou pomoci zásadně zlepšit momentální terapeutické přístupy. Mnoho různých živočichů disponuje schopností nahradit chybějící části svého těla. Tato schopnost jim často umožňuje uniknout predátorům a vyhnout se tak předčasnému úmrtí. Zatímco bezobratlí nám dávají příležitost prozkoumat regeneraci na té nejjednodušší úrovni, obratlovci reprezentují biologické systémy podobné tomu lidskému. Tato práce se pokouší nastínit variabilitu regenerace v běžně studovaných modelových organismech se speciálním důrazem na rozdíly v genové expresi. Klíčová slova: regenerace, modelový organismus, genová exprese, poranění
|
|
|
IGF2 a preptin, biologicky aktivní peptidy odvozené od pro-IGF2
Mrázková, Lucie ; Žáková, Lenka (vedoucí práce) ; Janovská, Petra (oponent)
Pro-IGF2 je 156 aminokyselin dlouhý protein a jedná se o prohormon, ze kterého vznik- nou dva biologicky aktivní peptidy, IGF2 a preptin. IGF2 je insulinu podobný růstový faktor 2, který společně s IGF1 a inzulínem sdílí po- dobnou 3-D strukturu i podobné biologické účinky. Je to peptid, jehož sekvence odpovídá aminokyselinám 1-67 pro-IGF2. Je produkován zejména játry, ale vytváří se ve většině buněk našeho těla. Podílí se na regulaci růstu, diferenciaci, embryogenezi a v posledních letech se zvyšuje zájem o IGF2 zejména kvůli jeho funkci v centrální nervové soustavě. Preptin je nově izolovaný 34 aminokyselin dlouhý peptid, jehož sekvence odpovídá ami- nokyselinám 69-102 (E-doméně) pro-IGF2. Preptin ovlivňuje metabolismus glukosy a také homeostázi kostí. Porucha v metabolismu glukózy vede zpravidla k onemocnění diabetes mellitus a porucha v homeostázi kostí vede nejčastěji k osteoporóze. Bylo prokázáno, že preptin zvyšuje druhou fázi sekrece insulinu a má pozitivní vliv na proliferaci a diferenciaci osteoblastů, kostních buněk podporujících růst kostí. Klíčová slova: pro-IGF2, preptin, IGF2, E-doména, genová exprese, imprinting IGF2
|
|
|
The role of ERK1 and ERK2 protein kinases in the MAPK/ERK signaling
Galvánková, Kristína ; Vomastek, Tomáš (vedoucí práce) ; Dráber, Peter (oponent)
MAPK/ERK je naprieč organizmami vysoko konzervovaná signálna dráha, zabezpečujúca procesy nevyhnutné pre život, akými sú proliferácia, diferenciácia, apoptóza alebo migrácia buniek. Všetky tieto procesy sú výsledkom spracovania celej rady extracelulárnych signálov prenášaných od receptorov cez kaskádu proteínkináz Raf, MEK a ERK pomocou následných fosforylácií. Raf fosforyluje MEK a MEK fosforyluje a aktivuje proteínkinázu ERK, ktorá následne fosforyluje a tým reguluje široké spektrum substrátov na rôznych miestach v bunke. Keďže ostatné dve proteínkinázy majú obmedzený počet substrátov, práve ERK fosforyláciou stoviek popísaných substrátov v daný moment zásadne vplýva na konečnú odpoveď bunky. Ovplyvnené substráty potom určujú výslednú bunkovú odpoveď na extracelulárny signál. Celá signálna dráha je v jednotlivých krokoch prísne regulovaná za pomoci interakčných partnerov a ďalších adaptorových proteínov. Nesprávna regulácia dráhy, ako aj mutácie jednotlivých proteínkináz vedú k závažným patologickým prejavom. Na úrovni proteínkinázy ERK sa vyskytujú dve izoformy, ERK1 a ERK2, ktoré sú z viac než 80 % identické. Ich veľká sekvenčná aj funkčná podobnosť vyvoláva otázky o ich evolučnej konzervovanosti a taktiež o tom, či majú tieto izoformy rozdielne funkcie, alebo sú funkčne zameniteľné. Cieľom...
|
|
|
Role of matrix metalloproteinases in regulation of late embryonic healing process
Kikinderová, Paulína ; Šindelka, Radek (vedoucí práce) ; Procházka, Jan (oponent)
Hojení ran lze rozdělit na dva hlavní typy: embryonální a dospělý. Embryonální hojení je na rozdíl od dospělých rychlejší, bez jizev a skládá se z rané, střední a pozdní fáze. Aktinový prstenec se tvoří během rané fáze a způsobuje, že se okraje rány tlačí směrem k sobě v místě poranění. De novo exprese specifických genů je zahájena během střední fáze. Proces hojení ran však pokračuje pod uzavřenou ránou v pozdní fázi, která zatím nebyla dobře popsána. Hojení ran u dospělých jedinců je složitější, delší a je rozděleno do čtyř fází: hemostázy, zánětu, proliferace a remodelace. Hojení ran u dospělých může končit jizvou. Stěžejní roli v hojení ran mají matrixové metaloproteinázy (MMP). Tyto remodelační enzymy jsou důležité pro uvolňování cytokinů, vyvolání apoptózy a degradaci extracelulární matrix. Naše laboratoř provedla časové RNA-sekvenování hojíce se tkáně u ocásku pulce a pokožky embryí. Výsledky ukázaly převládající expresi čtyř mmp: mmp1.L, mmp7.S, mmp8.S a mmp9.L. Poranění nebo amputace způsobily nárůst exprese, která dosáhla maxima v třech až šesti hodinách po poranění, což odpovídá pozdní fázi hojení. Zaměřila jsem se tedy na hlavní otázky: jsou tyto zvolené mmp nezbytné pro hojení embryonálních ran a jaká je jejich úloha? Použila jsem in situ hybridizaci k vizualizaci buněk exprimujících...
|
|
|
Identifikace nekódující RNA u Clostridium beijerinckii NRRL B-598 pomocí RNA-Seq dat
Pomykalová, Barbora ; Sedlář, Karel (oponent) ; Jurečková, Kateřina (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce obsahuje stručný úvod do problematiky nekódujících malých RNA u bakterií (sRNA). Zaměřuje se na jejich vlastnosti a funkce v organismu a to konktrétně pro bakterii Clostridium beijerinckii NRRL B-598. Dále obsahuje popis laboratorních metod pro stanovení genové exprese a navrhuje postup pro identifikaci malých nekódujících RNA z dat získaných metodou RNA-Seq, pro zkoumanou bakterii Clostridium beijerinckii NRRL B-598. V neposlední řadě dochází k implementaci navrženého postupu v prostředí MATLAB a zhodnocení výsledků získaných touto metodou.
|
|
|
The Role of oncogenic microRNA - 155 and proto - oncogen MYB in chronic lymphocytic leukemia
Vargová, Karina
(CZ) B-buněčná lymfocytární chronická lymfatická leukémie (B-CLL) představuje nádorové onemocnění, pro které je význačná akumulace B-buněk v periferní krvi, kostní dřeni, lymfatických uzlinách a slezině v důsledku poruchy programované smrti. Klinický průběh B- CLL je značně heterogenní, což dokazuje i fakt, že u některých pacientů toto onemocnění rychle progreduje, zatímco jiní pacienti přežívají několik let bez nutnosti léčby. I když se onemocnění charakterizuje stanovováním několika prognostických parametrů, jež jsou typické pro B-CLL, chybí spolehlivá indikace začátku včasné terapie. Z popsaného důvodu je v současnosti velice intenzivně studována nejenom biologická role malých nekódujících RNA (tzv. mikroRNA), ale také spojitost těchto molekul se vznikem a průběhem leukemických onemocnění včetne B-CLL. Proto jsme se zaměřili na studium miR-155, která reguluje diferenciaci buněk krvetvorby, zánětlivých reakcí a produkci protilátek. Zvýšená exprese miR- 155 se objevuje v leukemogenezi, kde se předpokládá, že má vliv na zástavu buněčné diferenciace a narušení normální funkce B-buněk. Naše výsledky potvrdily zvýšenou expresi jejího primárního transkriptu miR-155 a také maturované formy u pacientů s B-CLL. Analýza expresních dat kohorty 239 pacientů s B-CLL naznačuje, že vzorky pacientů s nepříznivou...
|
|
|
Profil lakasové aktivity v kulturách houby Trametes versicolor během degradace endokrinně disruptivní látky Delor 103
Plačková, Martina
V této práci byl studován endokrinně disruptivní potenciál Deloru 103 (směs kongenerů PCB) a jeho vliv na produkci a vlastnosti ligninolytického enzymu lakasy u houbové kultury Trametes versicolor. Byla prokázána androgenní aktivita Deloru 103 (EC50 = 2,29. 10-2 mg/l). Potenciální metabolity vznikající mikrobiální degradací této látky (chlorbenzoové kyseliny) vykazovaly estrogenní aktivitu, což naznačuje možné změny v hormonální aktivitě Deloru 103 v průběhu jeho mikrobiální degradace. Přítomnost Deloru 103 v kulturách T. versicolor v minerálním médiu stimulovala u houby vyšší produkci lakasy (až 257 krát), která vykazovala zároveň jiné izoformové složení než enzymy z kontrolních kultur. V komplexním médiu s Delorem 103 byla pozorovaná indukce produkce aktivního enzymu 64x nižší než u kultur rostlých v minerálním médiu. Dále bylo prokázáno, že indukce lakasy a produkce jejích různých forem závisela na stavu kultury v době přidání polutantu. Exponenciálně rostoucí kultury T. versicolor po přidání Deloru 103 produkovaly 7 různých pI forem lakasy, kdežto kultury v stacionární fázi růstu produkovaly pouze 4 formy o vyšším pI. Indukce lakasové aktivity u T. versicolor však nekorelovala s degradačním potenciálem kultur. Vyšší degradace (přibližně o 21 %) byla pozorována v kulturách rostlých v komplexním...
|
|
|
The role of evolutionarily conserved proteins BIR-1/Survivin and SKP-1 in the regulation of gene expression
Kostrouch, David ; Kostrouch, Zdeněk (vedoucí práce) ; Dráber, Pavel (oponent) ; Pacák, Karel (oponent)
Souhrn SKIP a BIR/Survivin jsou evolučně zachovalé proteiny. SKIP je známý transkripční a sestřihový kofaktor a BIR-1/Survivin reguluje bunečné dělení, genovou expresi a vývoj. Inaktivace SKP-1 a BIR-1 indukuje podobné vývojové fenotypy. K odhalení možných interakcí SKP-1 a BIR-1 jsme použili kvasinkový dvojhybridní systém a knihovnu kompletní mRNA C. elegans. Tyto experimenty identifikovaly částečně se překrývající kategorie proteinů jako interaktory proteinů SKP-1 a BIR-1. Identifikované interagující proteiny zahrnovaly ribozomální proteiny, transkripční faktory, translační faktory, cytoskeletální a motorové proteiny. Tyto výsledky naznačují jejich možnou účast v mnohočetných proteinových komplexech. Pomocí krátkodobé nadměrné exprese BIR-1 jsme sledovali účinek BIR-1 na proteom C. elegans v larválním stádiu L1. To způsobilo dramatickou změnu v celém proteomu což naznačuje, že BIR-1 má schopnost změnit chromatografický profil mnohočetných cílových proteinů včetně těch, které jsme již dříve identifikovali jako interagující proteiny v experimentach s kvasinkovým dvouhybridním systému. Výsledky jsme následně potvrdili pro RPS-3, RPL-5, myosin (non-muscle myosin) a TAC-1 (transkripční kofaktor a protein asociovaný s centrosomy). Tyto výsledky naznačují, že SKP-1 a BIR-1 jsou multifunkční proteiny, které jsou...
|
host ::
RSS.