|
|
Interakce rostlin s pathogeny: význam proteasomu a cytoskeletu
Zelená, Pavla
Modifikace proteinů ubiquitinem je jeden z regulačních procesů v eukaryotických buňkách a rostliny používají tuto modifikaci při reakci na exogenní a endogenní podněty. Stále více důkazů naznačuje, že ubiquitin- proteasomový systém je klíčový prvek při reakci na biotický stres. Tato práce s názvem Interakce rostlin s patogenem: význam proteasomu a cytoskeletu popisuje úlohu proteasomu v rostlinné signalizaci a stručně shrnuje interakce mezi cytoskeletem a patogenem a nastiňuje roli cytokininů při interakci rostliny s patogenem. V experimentální části byla pomocí několika rozdílných přístupů sledována signalizace proteasomu. Byla sledována růstová odezva, využita metoda pro identifikaci substrátů proteasomu a analyzovány změny cytoskeletu pomocí konfokální mikroskopie. Výsledky ukazují, že použité metody budou užitečné i pro studium interakcí rostlin s patogeny.
|
|
|
Kultivace vrstvy buněk v mikrofluidním systému
Kachan, Ksenia ; Svoboda, Ondřej (oponent) ; Chmelíková, Larisa (vedoucí práce)
Teoretická část této práce se zabývá popisem principů kultivace buněk in vitro a moderních in vitro modelů pro kultivaci endoteliální buněčné vrstvy. V práci jsou dále popsány principy konfokální a fluorescenční mikroskopie. Praktická část je věnována práci s buněčnými kulturami a realizaci experimentu, který spočívá v kultivaci buněčné vrstvy v mikrofluidním systému. Buněčná vrstva byla během experimentu snímána konfokálním laserovým skenovacím mikroskopem Leica TCS SP8 X. Pro zpracování a analýzu pořízených snímku byl navržen algoritmus v programovacím prostředí MATLAB.
|
|
|
Analýza konfluence adherentních buněk ve 2D kultuře
Bracková, Michaela ; Čmiel, Vratislav (oponent) ; Chmelíková, Larisa (vedoucí práce)
První část práce se zabývá teoretickým popisem adherentních buněk, především jejich stavbou a funkcemi. Dále je práce věnována popisu kultivace buněk, kde jsou zmíněny podmínky nutné pro kultivaci a látky, podporující růst buněk. Poslední část teoretické rešerše se zaobírá mikroskopickou technikou, která je vhodná pro snímání endoteliálních buněk. Zejména se jedná o fluorescenční a konfokální mikroskopy. Praktická část se zabývá kultivací adherentních buněk a zhodnocením provedených experimentů.
|
|
|
Aktuoekologie krytének ve sladkovodním a půdním prostředí v interakci s houbami a jejich analýza novými mikroskopickými technikami.
Burdíková, Zuzana ; Holcová, Katarína (vedoucí práce) ; Jansa, Jan (oponent) ; Hudáčková-Hlavatá, Natália (oponent)
3 Abstrakt Tato disertační práce se zabývá studiem krytének ve vztahu k jejich p irozenému biotopu a možností analýzy krytének pokročilými mikroskopickými technikami. Hlavní výzkum se opírá o p vodní publikované v decké články, ty jsou za azeny do t í samostatných kapitol (ýást I, ýást II & ýást III) a každá je opat ena úvodem. (ýást I) Metodická část disertační práce se v nuje využití pokročilých mikroskopických technik používaných k rozší ení rozsahu ekologických analýz. Zejména p esné rozlišení živých a mrtvých jedinc ve vzorku, p esné m ení biomasy uvnit schránky či vizualizace cytoplazmy mohou výrazn ovlivnit výsledky ekologických studií. Jako hlavní metody analýzy krytének byly použity nov konfokální a dvoufotonová mikroskopie. Tyto pokročilé mikroskopické metody umožnily zkoumat podrobn morfologii krytének. Údaje mohou mít vliv na taxonomii a ekofyziologii, včetn využití krytének jako bioindikátoru znečišt ní. (ýást II) Aktuoekologická analýza se zam uje na výkyvy v druhovém složení společenstva krytének ve sladkovodním ekosystému, jmenovit Komo anských t kách v Praze, v pr b hu roku. Zm ny v druhovém složení krytének jsou korelovány se současn zaznamenávanými limnologickými parametry jako je teplota, pH, koncentrace t žkých kov (Ni, Cd, Pb, Mn, As) nebo polycyklických aromatických uhlovodík a...
|
|
|
Využití elektrod na bázi uhlíku pro elektrochemickou detekci v průtokových metodách
Mika, Jan ; Dejmková, Hana (vedoucí práce) ; Fischer, Jan (oponent)
Uhlík je pro své elektrochemické vlastnosti oblíbeným pracovním materiálem používaným ke konstrukci detektorů, které jsou vhodné i pro průtokové metody. V této práci budou diskutovány dvě nejčastěji používané techniky detekce, a to amperometrická a coulometrická. Představitelem amperometrických detektorů jsou uhlíkové pastové elektrody (CPE), jejichž hlavním nedostatkem je nízká stabilita v prostředích s vysokým obsahem organických rozpouštědel, která jsou běžnou součástí mobilní fáze HPLC. Tímto nedostatkem již netrpí uhlíkové pasty ze skelného uhlíku (GCPE). V této práci jsou popsány změny povrchu a odezvy elektrody vyvolané působením methanolu a vysvětlen mechanizmus zvýšené stability GCPE. Konfokální mikroskopie prokázala, že vlivem methanolu dochází ke zhrubnutí povrchu, které vede k nárůstu výšky píků, šumu a pozadí měření a posunu potenciálu píku k méně pozitivním hodnotám při voltametrických měřeních. Tyto změny jsou závislé na době působení methanolu na elektrodu a na jeho koncentraci. Coulometrické detektory pracují s vysokým stupněm konverze a citlivostí, ale jejich reaktivace v případě pasivace je relativně komplikovanou záležitostí a vyžaduje výměnu pracovního materiálu. Úspory času a financí lze dosáhnout použitím detektorů s vyměnitelnou náplní. Tento způsob reaktivace je rozvíjen a...
|
|
|
Mechanismy invazivity a transkripční regulace nádorových buněk
Tolde, Ondřej ; Folk, Petr (vedoucí práce) ; Kovář, Jan (oponent) ; Brdička, Tomáš (oponent)
Mechanismy invazivity a transkripční regulace nádorových buněk Nádorové onemocnění má svůj původ v normálních tělních buňkách, které se vymknuly kontrole mateřského organismu. Nádorové buňky se pak mohou uvolnit z místa svého vzniku a šířit se po organismu. Pro průchod mezibuněčnou hmotou nebo vrstvou jiných buněk mohou tyto buňky využít mechanismy, které vedou k efektivnější migraci a invazivitě. Výzkum mechanizmů, které nádorové buňky využívají pro migraci, má význam pro pochopení vzniku a šíření metastáz a následně pro protinádorovou léčbu. V rámci mé disertační práce jsem se podílel na výzkumu vlastností invazivních nádorových buněk. Porovnávali jsme vlastnosti neinvazivní sarkomové buněčné linie a z ní odvozené, vysoce metastatické linie. Ukázali jsme, že buňky invazivní linie využívají améboidní způsob migrace a vykazují zvýšenou aktivitu Rho/ROCK signalizace. Na vedoucím okraji mají tyto buňky nabohacený aktin a myosin a dochází zde ke generování síly. Buňky neinvazivní linie využívají mezenchymální způsob migrace a generují sílu převážně na zatahujícím se konci. Dále jsme porovnávali buňky dvou linií odvozených od prsního karcinomu. Ukázali jsme, že invazivnější linie, odvozená od méně invazivní, vykazuje větší dynamičnost v přestavbě aktinového skeletu. Rovněž jsme u těchto linií popsali přítomnost...
|
|
|
Vliv zvýšené koncentrace CO2 a ozářenosti na kvantitativní parametry mezofylových buněk smrku ztepilého
Kubínová, Zuzana ; Albrechtová, Jana (vedoucí práce) ; Radochová, Barbora (oponent)
KUBÍNOVÁ, Zuzana. Vliv zvýšené koncentrace CO2 a ozářenosti na kvantitativní parametry mezofylových buněk smrku ztepilého. Praha, 2010. 74 s. Diplomová práce. Přírodovědecká fakulta Univerzity Karlovy v Praze. Abstrakt Cílem práce bylo zvolit a upravit metodiku pro počítání částic v prostoru, aby byla použitelná pro nevychýlený odhad počtu chloroplastů v mezofylových buňkách jehlic. Pro počítání chloroplastů byla poprvé použita metoda disektoru, která umožňuje nevychýlený odhad počtu chloroplastů na objem jehlice z preparátů čerstvých řezů jehlicemi nasnímaných konfokálním mikroskopem bez nutnosti složité přípravy preparátů. Dalším cílem bylo porovnat vybrané fotosyntetické a anatomické charakteristiky ve slunných a stinných jehlicích smrku ztepilého pěstovaného dlouhodobě pod vlivem různé koncentrace CO2 v atmosféře. Stromy byly pěstovány v kultivačních sférách na experimentálním ekologickém pracovišti Ústavu systémové biologie a ekologie Akademie věd České republiky, v.v.i. na Bílém Kříži v Moravskoslezských Beskydech po dobu osmi let v současné atmosférické koncentraci CO2 (v době experimentu stoupající od 357 až po 370 µmol CO2 ∙ mol-1 ) a ve zvýšené koncentraci CO2 (700 µmol ∙ mol-1 ). Z korun stromů byly odebrány slunné jehlice ze třetího přeslenu (ozářenost 1000-1200 µmol(fotonů) ∙ m-2 ∙ s-1 ) a...
|
|
|
Simulation of adhesion and transmigration imune-cells through capillary wall
Morgaenko, Katsiarina ; Čmiel, Vratislav (oponent) ; Chmelíková, Larisa (vedoucí práce)
Theoretical part of this study includes biophysical description of endothelial layer and cell transmigration through it. There is descripted characteristics of all important components used for creation of capillary model in vitro (endothelial cells, stem cells, white blood cells, Calcein AM, PKH26). Practical part of the study devotes to fabrication of two-dimensional and three-dimensional in-vitro models of endothelial layers, processing of visualization by microscope and testing interaction between leukocytes, stem cells and endothelial layer. In conclusion is proposed the best form and size of microfluidic models simulated capillary.
|
|
| |
|
|
Analýza fluorescence organického barviva s využitím konfokální mikroskopie
Mocko, Štefan ; Chmelíková, Larisa (oponent) ; Čmiel, Vratislav (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá dlouhodobou analýzou fluorescence rhodaminu, který je navázán na železité SPIO nanočástice. V první části seznamuje s nutným vědeckým základem pro pochopení fyzikálního jevu fluorescence. Dále se zaměřuje na použité hardwarové a softwarové vybavení pro dlouhodobou analýzu vývoje fluorescence u mezenchymálních kmenových buněk. V neposlední řadě je zde popsán analytický software pro práci s naměřenými daty, který byl vyvinut pro tuto práci.
|
host ::
RSS.