|
|
Phylogeography of temperate plant species with the focus on Central Europe
Daneck, Hana
Fylogeografie temperátních rostlinných druhů se zaměřením na střední Evropu Hana Daneck Univerzita Karlova v Praze Přírodovědecká fakulta Katedra botaniky Školitel: Prof. RNDr. Karol Marhold, CSc. Konzultant: Mgr. Tomáš Fér, Ph.D. Praha 2012 Abstrakt Tato práce přináší příspěvek k objasnění postglaciální historie temperátních rostlinných druhů v Evropě se zaměřením na zvláště zajímavou oblast - střední Evropu, pro kterou byly navrženy různé role v postglaciální historii současné evropské flory. První část práce shrnuje obecné pohledy a metodologické přístupy současné fylogeografie s ohledem na vývoj rozšíření druhů po poslední ledové době v Evropě. Diskutovány jsou i nejdůležitější aspekty fylogeografie evropských temperátních druhů. Druhá část se skládá ze tří souvisejících odborných článků, které se zabývají vybranými evropskými temperátními rostlinnými druhy, pro které byly sestaveny fylogeografické modely v celém rozsahu jejich součastného geografického areálu. Zvláštní zřetel byl věnován určení původu středoevropských populací a porovnání fylogeografie těchto druhů s dalšími dříve zveřejněnými studiemi, které byly zaměřeny na území Evropy.
|
|
|
Genetic and Morphological Variability of the European Genus Cochlodina (Mollusca: Gastropoda: Clausiliidae) with Focus on Species C. laminata (Montagu, 1803)
Szalontayová, Veronika ; Juřičková, Lucie (vedoucí práce) ; Drozd, Anna (oponent)
Tato práce se zaměřuje na genetickou a morfologickou diverzitu vřetenovky hladké (Cochlodina laminata). Zatímco většina druhů patřících do rodu Cochlodina je typická svými malými areály rozšíření, areál C. laminata pokrývá většinu Evropy, vyjma jejích nejteplejších a nejchladnějších částí. Již drive zazněly názory, že tento taxon není pouze jedním druhem, ale že by mohlo jít o komplex několika druhů. Předchozí studie také upozornily na velkou, avšak zatím nepopsanou, diverzitu jak na genetické úrovni, tak i v morfologii. Pro studium diversity byly použity dva mitochondriální geny (16S rDNA, COI) a bylo hodnoceno třináct morfologických znaků. Zjistila jsem, že druh C. laminata v současném pojetí jediného druhu neodpovídá zjištěné genetické ani morfologické variabilitě. Původní druhy C. laminata/C. dubiosa vytvářejí společný druhový complex a rovněž klasické pojetí druhu C. fimbriata bude třeba podrobněji zhodnotit.Ostatní středoevropské druhy rodu Cochlodina jsou validními druhy.
|
|
|
Fylogeografie a genetická variabilita bentických korýšů v evropských vnitrozemských vodách
Pešek, Pavel ; Petrusek, Adam (vedoucí práce) ; Sacherová, Veronika (oponent)
Tato bakalářská práce se zabývá shrnutím známých údajů o geografickém rozložení genealogických linií a genetické variability převážně na vnitrodruhové úrovni a jeho historických příčin u bentických korýšů evropských kontinentálních vod z podtřídy Eumalacostraca. V práci jsou zahrnuty ty druhy, ke kterým bylo publikováno dostatečné množství souvisejících prací. Detailněji je diskutována situace raků rodu Austropotamobius. Současné rozložení genealogických linií vyšších bentických korýšů bylo ovlivněno změnami v propojenosti a obyvatelnosti vodních habitatů. Linie druhové se často oddělily v důsledku geologických a klimatických procesů ve třetihorách, příkladem může být oddělení druhových komplexů račího rodu Austropotamobius, rozdělení druhových linií komplexu blešivce potočního Gammarus fossarum a berušky vodní Asellus aquaticus. Dnešní distribuce vnitrodruhových linií byla silně ovlivněna čtvrtohorními cykly zalednění, se kterými souvisí nejen zánik mnoha ekosystémů při postupu ledovců, ale i vznik nových kolonizačních cest. Takovými byla jezera při okraji tajících ledovců, která využil například blešivec jezerní Gammarus lacustris, nebo ústup moří, který umožnil rakovi bělonohému Austropotamobius pallipes kolonizovat Británii a krabovi říčnímu Potamon fluviatile kolonizovat Itálii a je možná příčinou...
|
|
|
Fylogeografie a vnitrodruhová variabilita zlatohlávka Potosia cuprea
Fuchsová, Aneta ; Šípek, Petr (vedoucí práce) ; Růžička, Jan (oponent)
Diplomová práce se zabývá vnitrodruhovou variabilitou zlatohlávků druhového komplexu Potosia cuprea (Fabricius, 1795), který představuje komplex taxonů na druhové a poddruhové úrovni. Zlatohlávci tohoto druhového komplexu patří mezi nejvariabilnější palearktické zlatohlávky vůbec. Taxony spadající do tohoto komplexu vytváří řadu poddruhů, ras a chromatických variet, které byly, ale i stále jsou vnímány různými autory odlišným způsobem. Taxony zahrnuté do analýz pocházejí především ze západopalearktické oblasti, přičemž hlavní důraz byl kladen na evropské druhy a poddruhy. Cílem práce je s použitím molekulárně genetických metod ověřit opodstatnění jejich druhového či poddruhového statutu. Celkem byly získány sekvence dvou mitochondriálních genů (cytochrom B a cytochromoxidáza I) u 14 taxonů druhového komplexu Potosia cuprea a tří příbuzných druhů P. angustata (Germar, 1817), P. fieberi (Kraatz, 1931) a P. marginicollis (Ballion, 1870). Molekulární analýzy založené na datasetu COI a konkatenátu CytB a COI odhalily existenci "evropského" kládu P. cuprea, který zahrnuje poddruhy Potosia cuprea bourgini (Ruter, 1967), P. c. brancoi (Baraud, 1992), P. c. cuprea (Fabricius, 1775), P. c. metallica (Herbst, 1790) a P. c. obscura (Mikšić, 1954), do kterého dále zapadají dva sibiřští zástupci ssp. metallica a...
|
|
|
Speciace rodu Lethrus (Coleoptera: Geotrupidae) ve východním středomoří
Drožová, Dana ; Janšta, Petr (vedoucí práce) ; Bezděk, Aleš (oponent)
Chrobáci rodu Lethrus Scopoli, 1777 patří do čeledi Geotrupidae, která je klasifikována do tří podčeledí (Geotrupinae, Lethrinae a Taurocerastinae). Podle morfologie a geografického rozšíření je v dnešní době popsáno téměř 120 druhů, které se člení na devět podrodů. Diagnostickými morfologickými znaky pro jednotlivé taxony je tvar mandibul, mandibulárních výrůstků, pronota a genitálií samců. Největší druhová diverzita je známa ve Střední Asii. Areál rozšíření zasahuje na východ do Mongolska a Číny, na západ do Evropy. Všechny druhy jsou robustní, relativně velcí apterní brouci s nízkou schopností šíření. Na rozdíl od ostatních chrobákovitých brouků se neživí trusem, ale částmi čerstvých rostlin. Diplomová práce se zaměřuje na druhy žijící ve východním Středomoří a střední Evropě. V této oblasti je rozšířen pouze nominotypický podrod Lethrus. Cílem práce je použitím molekulárně genetických metod objasnit fylogenetické vztahy mezi druhy podrodu a události, které mohly vést ke speciaci. Z vymezené oblasti bylo zkoumáno 91 jedinců rodu Lethrus pomocí dvou mitochondriálních genů - gen pro cytochrom b (382 bp, 80 sekvencí) a gen pro cytochromoxydázu I (815 bp, 87 sekvencí) a jeden jaderný 28S rDNA (D2-D5) (1100 bp, 11 sekvencí). Na základě fylogenetických analýz byly identifikovány dvě hlavní linie,...
|
|
|
Phylogeography of Rousettus aegyptiacus in the Mediterranean region
Dundarova, Cheliana ; Hulva, Pavel (vedoucí práce) ; Janko, Karel (oponent)
Rod Rousettus má pro kaloně netypický areál zahrnující Asii i Afriku. V Persii, Arábii a východním Středomoří tvoří severní hranici rozšíření čeledi. To bylo ovlivněno schopností echolokace, která umožnila této skupině používat jako úkryty jeskyně, šířit se nezávisle na přítomnosti lesních biotopů a osídlit oblasti s mediteránním typem klimatu. Cílem práce je pomocí sekvenování mitochondriálního markeru s rychlou evolucí studovat genetickou variabilitu, její geografickou distribuci a demografii u severních populací kaloně egyptského (Rousettus aegyptiacus). Fylogenetické rekonstrukce naznačují relativně hlubokou divergenci mezi disjunktními částmi areálu ve východní Africe a východním Mediteránu. Haplotypy ze Sinaje a Jordánu mají bazální pozici v rámci severního klastru, což ukazuje na roli příslušných oblastí při kolonizaci východního Středomoří. Severní haploskupina je středně diverzifikovaná s částečnou geografickou lokalizací jednotlivých haplotypů. Signifikantní korelace mezi maticí genetických a geografických vzdáleností svědčí o určitém omezení genového toku mezi jednotlivými koloniemi, přinejmenším u samic. Analýzy landscape genetics odhalují diskontinuity v prostorové distribuci genetické variability, v některých případech korelující s geografickými bariérami, např. na Kypru, kde patrně hraje roli...
|
|
|
Phylogeography of temperate plant species with the focus on Central Europe
Daneck, Hana ; Marhold, Karol (vedoucí práce) ; Štech, Milan (oponent) ; Tremetsberger, Karin (oponent)
Phylogeography of temperate plant species with the focus on Central Europe Ph.D. Thesis Hana Daneck Charles University Prague Faculty of Science Department of Botany Supervisor: Prof. RNDr. Karol Marhold, CSc. Consultant: Mgr. Tomáš Fér, Ph.D. Praha 2012 2 Souhrn Tato práce přináší příspěvek k objasnění postglaciální historie temperátních rostlinných druhů v Evropě se zaměřením na zvláště zajímavou oblast - střední Evropu, pro kterou byly navrženy různé role v postglaciální historii současné evropské flory. První část práce shrnuje obecné pohledy a metodologické přístupy současné fylogeografie s ohledem na vývoj rozšíření druhů po poslední ledové době v Evropě. Diskutovány jsou i nejdůležitější aspekty fylogeografie evropských temperátních druhů. Druhá část se skládá ze tří souvisejících odborných článků, které se zabývají vybranými evropskými temperátními rostlinnými druhy, pro které byly sestaveny fylogeografické modely v celém rozsahu jejich součastného geografického areálu. Zvláštní zřetel byl věnován určení původu středoevropských populací a porovnání fylogeografie těchto druhů s dalšími dříve zveřejněnými studiemi, které byly zaměřeny na území Evropy. Článek 1: Phylogeographic pattern of the European forest grass species Hordelymus europaeus: cpDNA evidence. [Fylogeografická studie evropské temperátní...
|
|
|
Fylogeografie rodu Squalius v Albanii
Lerch, Zdeněk ; Švátora, Miroslav (vedoucí práce) ; Kalous, Lukáš (oponent)
Souhrn Diplomová práce na téma Fylogeografie rodu Squalius v Albánii popisuje genetickou diverzitu tohoto rodu v Albánii a přilehlých oblastech a to na základě molekulární analýzy cytochromu b. V této oblasti byly identifikovány celkem tři linie nejasného taxonomického postavení, které se vzájemně geneticky lišily v průměru o 1,6 % - 2,1 %. Jedna linie je rozšířena směrem na sever od Albánie, v celé perijadranské oblasti, další linie se vyskytuje hlavně v severní polovině Albánie a konečně třetí linie má centrum výskytu v oblasti starých tektonických jezer Prespa a Ochrid, odkud proniká zejména do jižní části Albánie. V povodí Ochrid -Drin- Skadar systému se obě linie vyskytují sympatricky. Fylogenetická a taxonomická situace rodu Squalius se v této části Balkánu jeví jako zajímavé téma i pro budoucí detailnější studie. Klíčová slova: Squalius, Albánie, cytochrom b, fylogeografie
|
|
|
Kolonizace Střední Evropy bentickým sladkovodním korýšem Asellus aquaticus (Isopoda, Crustacea)
Střížek, Antonín ; Sacherová, Veronika (vedoucí práce) ; Špaček, Jan (oponent)
Dlouhodobé klimatické změny, jsou pevnou součástí vývoje planety Země. V několika posledních miliónech let znamenalo střídání glaciálů a interglaciálů stejně běžný a pravidelný proces jako je střídání dne a noci, nebo jara a zimy. Stejně významně také tyto cykly ovlivňují vývoj přírody na Zemi. I když se nám v průběhu několika uplynulých lidských generací zdá stav přírody stabilním, realita v dlouhodobém je měřítku podstatně jiná. Během těchto cyklů se významně měnila poloha podnebních pásů, velikost ledovců, pouští, savan, stepí či deštných pralesů. Ogranizmy měnily polohy svých areálů rozšíření, mnoho dnes široce rozšířených druhů bylo zatlačeno do izolovaných lokálních populací. Tato diplomová práce odhaluje dopad glaciálních cyklů na drobného sladkovodního korýše berušku vodní (Asellus aquaticus). Vysoce variabilní mitochondriální gen COI byl osekvenován u 139 jedinců tohoto druhu z 62 lokalit střední Evropy. Tato data byla doplněna do širšího rámce již známé fylogeografické struktury celého kontinentu. Beruška vodní na území České republiky vykazuje poměrně vysokou míru genetické heterogenity (maximální objevená nukleotidová divergence dosahuje hodnoty 0,132 a průměrna hodnota je 0,016). Na území České republiky se vyskytují zástupci dvou hlavních evropských genealogických linií, které se od...
|
|
|
Diverzita, rozšíření a genetická struktura tribu Pipistrellini
Eliášová, Kristýna ; Hulva, Pavel (vedoucí práce) ; Fornůsková, Alena (oponent)
Tato literární rešerše diskutuje fylogenetické vztahy v rámci čeledi Vespertilionidae, s podrobným zaměřením na tribus Pipistrellini a následně vztahy jednotlivých rodů a druhů uvnitř tohoto tribu. Obsahuje historický přehled snahy o rozřešení fylogenetických vztahů uvnitř taxonu nejprve na základě morfologických studií, porovnání karyotypu a nejnověji na základě genetických markerů. Mitochondriální genetické markery jsou užitečné při studiu fylogeografie, jak tato práce ukazuje na příkladu druhového komplexu Pipistrellus pipistrellus s.l. a na druzích Nyctalus azoreum, Nyctalus leisleri, Nyctalus noctula a Pipistrellus abramus. Dále tato práce popisuje současnou distribuci jednotlivých taxonů tribu, fosilní záznam a migrační chování evropských temperátních druhů, dané do souvislosti s jejich populační strukturou (též studovanou u některých druhů pomocí mtDNA a mikrosatelitů) a v příloze zobrazuje areály rozšíření všech pěti rodů tribu Pipistrellini. Klíčová slova: Pipistrellini, fylogenetika, fylogeografie, distribuce, populační struktura
|
host ::
RSS.