|
|
Biofyzikální studium malých RNA
Šmerková, Kristýna
Prokázání souvislosti aberantního výskytu malých RNA u některých typů onemocnění a následné potvrzení jejich potenciálu při diagnostice a léčbě vedlo k hledání nových metod a materiálů, které usnadní jejich detekci a cílený transport při genové terapii. V této práci jsou sumarizovány současné poznatky o vybraných skupinách malých RNA, o jejich významu v lékařství a možnostech jejich detekce. Práce se primárně zaměřuje na kombinaci magnetické separace s elektrochemickou detekcí. Při izolaci byly využity magnetické částice (MPs) s různými povrchovými modifikacemi. Pro nespecifickou separaci nukleových kyselin sloužily silanolové MPs, pro specifickou separaci byly použity MPs se streptavidinem na povrchu, které byly modifikovány specifickou biotinylovanou sondou. Pro citlivou elektrochemickou detekci byla využita square wave voltametrie (SWV). Optimalizovaná metoda založená na specifické magnetické separaci spojená se SWV dosáhla u microRNA nanomolárního limitu detekce (4 nM) a byla aplikována na vzorky lidských embryonálních buněk pro separaci a detekci miR-124. CdTe kvantové tečky (QDs) byly studovány jako nanotechnologický nástroj pro detekci krátkých nukleových kyselin. Povrch QDs byl modifikován streptavidinem, který zajišťoval biokonjugaci s biotinylovanými molekulami. Interakce QDs s nukleovými kyselinami byla studována pomocí kapilární elektroforézy
|
|
|
Automatizovaná příprava anti-COVID magnetického imunosorbentu
Křížová, Lucie ; Svobodová, Zuzana (vedoucí práce) ; Smělá, Denisa (oponent)
Cílem diplomové práce je automatizace manuální přípravy anti-COVID-19 magnetického imunosorbentu. Teoretická část práce je zaměřena na rešeršní zpracování informací o viru SARS-CoV-2 způsobující onemocnění COVID-19. Je zde popsána základní charakteristika nemoci, jeho původce, klinický obraz, metody pro zjištění viru SARS-CoV-2 v lidském organismu a léčba. Dále je zde popsán princip metody LIS a jsou zde popsány způsoby jejich využití v jiných oblastech analýzy. Experimentální část popisuje, jakým způsobem byla manuálně náročná vsádková metoda pro imobilizaci protilátky na magnetické částice převedena na automatizovanou metodu v systému Lab-In-Syringe (LIS). Při převodu vsádkové metody do LIS byla provedena řada experimentů, optimalizací a hledání analogií, aby došlo k plné automatizaci metody s minimálním zapojením operátora. Pomocí zařízení, jsme připravili anti-COVID-19 imunosorbenty, které byly následně otestovány pomocí PCR metody na pacientských vzorcích v laboratoři Univerzity Pardubice se stupněm ochrany BSL 3. Klíčová slova: COVID-19, SARS-CoV-2, magnetické částice, Lab-In-Syringe, LIS
|
|
|
Automatizovaná příprava anti-COVID magnetického imunosorbentu
Křížová, Lucie ; Svobodová, Zuzana (vedoucí práce) ; Smělá, Denisa (oponent)
Cílem diplomové práce je automatizace manuální přípravy anti-COVID-19 magnetického imunosorbentu. Teoretická část práce je zaměřena na rešeršní zpracování informací o viru SARS-CoV-2 způsobující onemocnění COVID-19. Je zde popsána základní charakteristika nemoci, jeho původce, klinický obraz, metody pro zjištění viru SARS-CoV-2 v lidském organismu a léčba. Dále je zde popsán princip metody LIS a jsou zde popsány způsoby jejich využití v jiných oblastech analýzy. Experimentální část popisuje, jakým způsobem byla manuálně náročná vsádková metoda pro imobilizaci protilátky na magnetické částice převedena na automatizovanou metodu v systému Lab-In-Syringe (LIS). Při převodu vsádkové metody do LIS byla provedena řada experimentů, optimalizací a hledání analogií, aby došlo k plné automatizaci metody s minimálním zapojením operátora. Pomocí zařízení, jsme připravili anti-COVID-19 imunosorbenty, které byly následně otestovány pomocí PCR metody na pacientských vzorcích v laboratoři Univerzity Pardubice se stupněm ochrany BSL 3. Klíčová slova: COVID-19, SARS-CoV-2, magnetické částice, Lab-In-Syringe, LIS
|
|
| |
|
|
Tau protein, a biomarker of Alzheimer's disease: in vitro phosphorylation and tau-reactive antibodies characterization
Hromádková, Lenka ; Bílková, Zuzana (vedoucí práce) ; Fialová, Lenka (oponent) ; Krejsek, Jan (oponent)
Tau protein je s mikrotubuly asociovaný protein, který se nachází v axonech neuronů. Je klíčovou molekulou podílející se významně na patogenezi Alzheimerovy nemoci (AN), která je nejčastější příčinou stařecké demence. Tau patří do skupiny tzv. přirozeně nesbalených proteinů postrádajících globulární strukturu a vysoce náchylných k post-translačním modifikacím. Za patologických podmínek je tau protein abnormálně modifikován a chybně sbalován, což v důsledku vede k jeho oligomerizaci a agregaci do párově helikálních filament, které jsou základní jednotkou neurofibrilárních klubek, histopatologických útvarů typických pro AN. Současné léky používané v léčbě AN neurodegenerativní procesy pouze zpomalují a lék zcela zastavující vlastní rozvoj nemoci stále chybí. V současnosti je velmi slibným a rozvíjejícím se terapeutickým přístupem imunoterapie. Testována je také imunomodulace pomocí intravenózních imunoglobulinových preparátů (IVIG), které obsahují velké množství přirozených protilátek běžně se vyskytujících u zdravé populace. Objevení přirozeně se vyskytujících protilátek reaktivních s tau proteinem (nTau-Ab) v tělních tekutinách u pacientů s AD, zdravých kontrol, i jejich přítomnost v IVIG preparátech odstartovaly snahy lépe pochopit jejich úlohu u AN a jejich potenciální terapeutické využití....
|
|
|
Imobilizace proteasy V8 na magnetických částicích pro použití k proteolytickému štěpení pepsinu A
Čepa, Adam ; Pacáková, Věra (vedoucí práce) ; Tichá, Marie (oponent)
Tato bakalářská práce navazuje na dlouholetý výzkum v oblasti diagnostiky onemocnění žaludku, který je založen na mapování žaludečního enzymu pepsinu A. Bylo zjištěno, že určité fosforylace v primární struktuře tohoto enzymu mohou sloužit jako marker počínající karcinogenity. Tato bakalářská práce je zaměřena na imobilizaci proteasy V8 izolované z mikroorganismu Stafylococcus aureus na agarosových magnetických kuličkách. Proteasa V8 je vhodným kandidátem pro tvorbu peptidové mapy pepsinu A. Byl studován vliv pH, teploty a reakční doby na aktivitu enzymu a určeny optimální podmínky pro hydrolytickou katalýzu tvorby peptidických fragmentů pepsinu A.
|
|
|
Peptidové inhibitory imobilizované na magnetické nosiče a Sepharosu aplikované na separaci žaludečních aspartátových proteinas
Rajčanová, Michaela ; Kučerová, Zdenka (vedoucí práce) ; Fusek, Martin (oponent) ; Pacáková, Věra (oponent)
v češtině Lidská žaludeční šťáva obsahuje hlavně aspartátové proteinasy: pepsin A a pepsin C. Oba pepsiny jsou produkovány v žaludeční sliznici jako inaktivní pepsinogeny a k jejich aktivaci na příslušné pepsiny dochází v kyselém prostředí žaludku. Hladiny pepsinogenů v krevním séru odrážejí morfologický a funkční stav žaludeční sliznice. Téma dizertační práce je součástí projektu zabývajícího se zejména vypracováním metody pro separaci žaludečních aspartátových proteinas, která by byla vhodná pro diagnostické účely. Konkrétním předmětem předkládané práce byla příprava nových typů ligandů, která by umožňovala po imobilizaci separaci aspartátových proteinas. Pro studium vazebných vlastností pepsinů byly syntetizovány čtyři heptapeptidy obsahující D-leucinylový zbytek (Val-D-Leu-Pro-Phe-Phe-Val-D-Leu, Val-D-Leu-Pro-Tyr-Phe-Val-D-Leu, Val-D-Leu-Pro-Tyr- Tyr-Val-D-Leu a Val-D-Leu-Pro-Phe-Tyr-Val-D-Leu). Připravené heptapeptidy imobilizované na agarosové magnetické částice byly použity pro studium jejich interakcí s prasečím pepsinem A a potkaním pepsinem C. Zatímco prasečí pepsin A byl adsorbován na všechny heptapeptidy imobilizované na magnetické částice, potkaní pepsin C se na imobilizované heptapeptidy neadsorboval. Obdobné výsledky byly získány při afinitní chromatografii na heptapeptidech...
|
|
|
Detekce patogenů pomocí molekulárně imprintovaných polymerů
Hutařová, Jitka
Teoretická část této diplomové práce se zabývá molekulárně imprintovanými polymery. Jsou zde popsány vlastnosti monomerů a templátů používaných pro polymerizaci. Část je věnována tvorbě molekulárně imprintovaných polymerů a interakcím vedoucím k tvorbě imprintovaných polymerů. Zahrnuty jsou zde i technologie a strategie imprintingu, způsoby odstraňování templátu, metody detekce a výhody i nevýhody metody molekulárního imprintingu. Značná část teoretické části je věnována aplikacím molekulárně imprintovaných polymerů v různých oblastech, se zaměřením především na oblast imprintingu proteinů a patogenů. Experimentální část se zabývá optimalizací přípravy molekulárně imprintovaného polymeru na bázi dopaminu pro detekci lysozymu, především však pro detekci Staphylococcus aureus a Enterococcus faecalis. Polymer byl aplikován na mikroskopické sklíčko s reakčními jamkami, do jamek mikrotitrační destičky a na magnetické částice. Pro detekci byla použita fluorescenční spektrometrie nebo fluorescenční mikroskopie. V práci byly úspěšně vytvořeny molekulárně imprintované polymery pro detekci Staphylococcus aureus a Enterococcus faecalis, schopné izolovat cílový analyt v poměrně nízké koncentraci.
|
|
|
Využití molekulárně biologických technik pro identifikaci a analýzu probiotických bakterií
Konečná, Jana ; Doškař, Jiří (oponent) ; Kráčmar, Stanislav (oponent) ; Obruča, Stanislav (vedoucí práce)
Izolace deoxyribonukleové kyseliny (DNA) je velmi důležitým krokem v molekulární diagnostice mikroorganismů. Pro amplifikaci DNA polymerázovou řetězovou reakcí (PCR) je nezbytná vysoká kvalita izolované DNA. Izolace DNA pomocí konvenční fenol–chloroformové extrakce a srážení DNA ethanolem je časově náročná a vyžaduje použití toxického fenolu. Dalším způsobem izolace DNA je použití komerčně dostupných izolačních kitů, které jsou ovšem ekonomický náročné a neposkytují vysoké výtěžky. Magnetické separační techniky využívající magnetické pevné částice jsou jednou z moderních metod, které urychlují izolaci nukleových kyselin. Cílem této práce bylo ověřit použití dvou typů magnetických částic pro adsorpci DNA na pevnou fázi. Magnetické mikročástice P(HEMA – co – GMA) obsahující skupinu –NH2 a nanočástice PLL, které obsahují polylysin. Množství DNA v separační směsi bylo měřeno za použití ultrafialové spektrofotometrie (UV). Metoda byla testována nejprve na DNA z kuřecích erytrocytů. Pro adsorpci DNA na magnetické částice byl použit fosfátový pufr (pH 7, 7,6 a 8). Ukázalo se, že přibližně polovina DNA byla adsorbována na částice. Následně byly optimalizovány eluční podmínky a nakonec byla testována izolace bakteriální DNA a metoda byla použita k izolaci DNA z reálných vzorků potravinových doplňků stravy. Tato DNA eluovaná z částic byla v kvalitě vhodné pro PCR. Vysokorozlišovací analýza křivek tání (HRM) je jednoduchá a levná metoda, která je používána pro diskriminaci amplikonů po polymerázové řetězové reakci (PCR) v reálném čase. V této práci byla testována HRM-PCR pro rychlou identifikaci kmenů patřících do skupiny Lactobacillus. Byly použity tři různé metody izolace DNA: fenolová extrakce, separace pomocí magnetických částic a izolace pomocí komerčního kitu. K amplifikaci genu 16S rRNA bylo testováno 10 párů primerů pro cílové genové fragmenty (LAC1 - LAC2, LAC2 - LAC4, P1V1 - P2V1, Gro F - GroR, 3BA - 338f - Primer 1, V1F - V1R, CHAU - V3F - CHAU - V3R, CHAU - V6F - CHAU - V6R, poxcDNAFw - poxPromRVC, poxcDNAFw - poxPromRVT). Použitím párů primerů GroF/R a LAC2/4 byly úspěšně identifikovány druhy patřící do rodu Lactobacillus. Výsledky analýzy HRM – PCR ukazují rozdíly mezi sledovanými metodami extrakce použitými pro izolaci DNA.
|
|
|
PROBIOTICKÉ GENY POTRAVINÁŘSKY VÝZNAMNÝCH BAKTERIÍ MLÉČNÉHO KVAŠENÍ
Konečná, Jana ; Ševčovičová,, Andrea (oponent) ; Doškař, Jiří (oponent) ; Španová, Alena (vedoucí práce)
Izolace deoxyribonukleové kyseliny (DNA) je velmi důležitým krokem v molekulární diagnostice mikroorganismů. Pro amplifikaci DNA polymerázovou řetězovou reakcí (PCR) je nezbytná vysoká kvalita izolované DNA. Izolace DNA pomocí konvenční fenol–chloroformové extrakce a srážení DNA ethanolem je časově náročná a vyžaduje použití toxického fenolu. Magnetické separační techniky využívající magnetické pevné částice jsou jednou z moderních metod, které urychlují izolaci nukleových kyselin. Cílem této práce bylo ověřit použití dvou různých typů magnetických částic pro extrakci DNA na pevné fázi. Množství DNA v separační směsi bylo měřeno za použití ultrafialové spektrofotometrie (UV). Metoda byla testována nejprve na DNA z kuřecích erytrocytů. Pro adsorpci DNA na magnetické částice byl použit fosfátový pufr (pH 7, 7,6 a 8). Ukázalo se, že přibližně polovina DNA byla adsorbována na částice. Eluční podmínky DNA byly také optimalizovány. Poté byla testována bakteriální DNA a metoda použita k izolaci z reálných vzorku potravinových doplňků stravy. Tato DNA eluovaná z částic byla v kvalitě pro PCR. Vysokorozlišovací analýza křivek tání (HRM) je jednoduchá a levná metoda, použivána pro diskriminaci amplikonů po polymerázové řetězové reakci (PCR) v reálném čase. V této práci byla testována HRM-PCR pro rychlou identifikaci kmenů patřících do skupiny Lactobacillus. Byly použity tři různé metody izolace DNA: fenolová extrakce, separace pomocí magnetických částic a izolace pomocí komerčního kitu. K amplifikaci genu 16S rRNA bylo testováno 10 párů primerů pro cílové genové fragmenty (LAC1 - LAC2, LAC2 - LAC4, P1V1 - P2V1, Gro F - GroR, 3BA - 338f - Primer 1, V1F - V1R, CHAU - V3F - CHAU - V3R, CHAU - V6F - CHAU - V6R, poxcDNAFw - poxPromRVC, poxcDNAFw - poxPromRVT). Použitím párů primerů GroF/R a LAC2/4 byly úspěšně identifikovány druhy patřící do rodu Lactobacillus. Byly zjištěny rozdíly mezi použitými metodami extrakce z křivek tání HRM – PCR analýz.
|
host ::
RSS.