|
|
Hledání lidských bílkovin ovlivňujících funkci IRES viru hepatitidy typu C
Roučová, Kristina ; Pospíšek, Martin (vedoucí práce) ; Kuthan, Martin (oponent)
Virus žloutenky typu C (HCV) představuje celosvětově rozšířený patogen infikující až 3 % lidské populace. V posledních letech se výzkum nových léčiv proti tomuto viru zaměřuje na jednotlivé kroky v jeho životním cyklu, mimo jiné na iniciaci translace. V případě HCV je iniciace translace závislá na vnitřním vazebném místě pro ribozóm (IRES) a kromě složek translačního aparátu se na ní podílí i další buněčné komponenty tzv. IRES trans-účinkující faktory (ITAF). Tato práce navazuje na předchozí výzkum naší laboratoře zaměřený na hledání nových ITAF. Pro hledání potenciálních ITAF zvyšujících aktivitu IRES HCV byly připraveny nové rekombinantní plazmidové vektory, nové referenční kvasinkové kmeny a byly optimalizovány selekční podmínky připraveného sytému. Rozdíly v růstových vlastnostech referenčních kmenů byly zkoumány a kvantifikovány v selekčních i neselekčních podmínkách. Dále byla provedena série pilotních vysokovýtěžkových transformací kvasinkového kmene pJ69-4A, nesoucího bicistronní konstrukt s IRES HCV, lidskou expresní cDNA knihovnou s cílem optimalizovat transformační účinnost a selekční podmínky a v neposlední řadě i s cílem pokusit se identifikovat nové ITAF. Několik desítek náhodně vybraných klonů získaných v selekčních podmínkách z těchto transformací bylo podrobeno analýze růstových vlastností,...
|
|
|
Studium a podjednotky lidského translačního iniciačního faktoru 3 (eIF3) metodou RNA interference.
Peclinovská, Lucie ; Stiborová, Marie (vedoucí práce) ; Martínková, Markéta (oponent)
Iniciace translace je klíčovým krokem proteosyntézy, který umožňuje regulaci genové exprese. Regulace na úrovni přepisu mRNA je nejrychlejším možným mechanismem. Celý proces je ovlivňován mnoha iniciačními faktory. Jedním z eukaryotických iniciačních faktorů, který participuje na celé řadě procesů během iniciace translace je eIF3. Za jeho velice efektivní, a pro iniciaci translace nezbytnou, alespoň v kvasinkách, byla označena největší podjednotka p170, též nazývaná eIF3a. Tato práce si klade za cíl, utvořit komplexní náhled na eIF3a, přičemž hodlá vycházet z poznatků nabytých sledováním této podjednotky v Saccharomyces cerevisiae. Snížení exprese eIF3a, které umožňuje pozorovat vliv této podjednotky pomocí různých experimentů v porovnání s kontrolní skupinou, je "navozeno" metodou RNA interference. Na eIF3a je zde nahlíženo z pohledu i) životaschopnosti buněk metodou využívající 3-(4,5-dimethylthiazol-2-yl)-2,5-difenyl- -tetrazolium bromid (MTT testu) ; ii) sleduje se vliv podjednotky na celkovou expresi proteinu inkorporací 35 S-methioninu a iii) v neposlední ředě je v této práci ukázán vliv snížené exprese eIF3a na tvorbu polysomů.
|
|
|
Minoritní proteiny viru hepatitidy typu C
Zeman, Jakub ; Vopálenský, Václav (vedoucí práce) ; Horníková, Lenka (oponent)
Virus žloutenky typu C (HCV) je hlavním původcem chronických onemocnění jater. Po celém světě je v současnosti více než 170 milionů chronicky infikovaných osob, u více jak 100 tisíc z nich se ročně rozvine hepatocelulární karcinom. HCV náležící do čeledi Flaviviridae je obalený jednořetězcový RNA virus s pozitivním vláknem (+ssRNA virus), jehož genom kóduje polyproteinový prekursor, z kterého vzniká pro štěpení buněčnými a virovými proteasami 10 virových proteinů. Mimo to je však virem kódován ještě minoritní protein v alternativním čtecím rámci. Tento protein vzniká v několika možných variantách posunem čtecího rámce či iniciací translace na vnitřních startovacích kodonech. Přes deset let výzkumu není jeho role in vivo v současné době známa. Ukazuje se, že pro robustní virovou translaci a replikaci jsou spíše než přítomnost minoritních proteinů důležité sekundární struktury v core oblasti genomu HCV. Mutace narušující tyto struktury můžou mít za následek zpomalení kinetiky virového cyklu, ale i, jak naznačuje nejnovější studie, zcela neobvyklý sérologický profil u pacientů a zvýšenou míru exprese minoritního proteinu.
|
|
|
Funkce mTORC1 komplexu v regulaci iniciace translace.
Holásková, Lucie ; Feketová, Zuzana (vedoucí práce) ; Čáp, Michal (oponent)
Práce se zabývá charakteristikou mTOR a jeho účasti na regulaci iniciace translace. Především se zaměřuje na ovlivnění iniciace translace. mTOR protein je součástí dvou komplexů, které se v organismech vyskytují - mTORC1 a mTORC2. Eukaryotický iniciační faktor 4E (eIF4E) hraje důležitou roli při kontrole iniciace translace. Aktivita eIF4E proteinu je regulována represorovými proteiny z rodiny 4E binding proteins (4E-BPs). Navázání těchto proteinů na eIF4E je regulováno stavem jejich fosforylace. Aby došlo k uvolnění 4E-BP1 z eIF4E musí dojít k fosforylaci na čtyřech fosforylačních místech (Thr37, Thr46, Ser65 a Thr70). Práce přináší formou rešerše i přehled některých dalších dějů, které se u mTOR dráhy vyskytují.
|
|
|
Úloha eIF3 v přenosu mRNA na 43S preiniciačni komplex
Beznosková, Petra ; Mašek, Tomáš (oponent) ; Valášek, Leoš (vedoucí práce)
Jedním z důležitých momentů genové exprese u eukaryot je iniciace translace, která je závislá na souhře mnoha eukaryotických iniciačních faktorů, malé (40S) a velké (60S) podjednotky eukaryotního ribosomu, mRNA a iniciační methionyl tRNA. Eukaryotický iniciační faktor 3 (eIF3), který je největší ze všech faktorů, se podílí na drtivé většině reakcí v průběhu iniciace translace. U kvasinek tvoří multifaktorový komplex (MFC) společně s eIF1,eIF5 a ternárním komplexem (TC; eIF2-GTP-Met-tRNAi Met komplex) a stimuluje formováni tzv. 43S preiniciačního komplexu. eIF3 hraje roli rovněž při nasedání mRNA na ribosom, skenování 5' nepřekládaného konce mRNA za účelem rozpoznání AUG iniciačního kodónu, a zdá se, že se významně účastní i genově-specifického regulačního mechanismu translace zvaného reiniciace, který využívá tzv. krátké otevřené čtecí rámce v 5'nepřekládané oblasti mRNA (uORF).
|
host ::
RSS.