|
|
Populační struktura, migrace a dynamika Afriky a Arábie
Čížková, Martina ; Černý, Viktor (vedoucí práce) ; Frynta, Daniel (oponent) ; Zrzavý, Jan (oponent)
Populační historie afrického sahelu a Arábie byla kromě interakce evolučních sil ovlivněna i šířením kulturních inovací neolitu. Odrazem těchto procesů je dnes velmi složitě strukturovaná diverzita současných populací, která je v předkládané práci prezentována prostřednictvím analýz několika genetických markerů. Cílem je podat ucelený pohled na historii demografických procesů v sahelu i Arábii, a to kombinací genetických, jazykových, subsistenčních a geografických dat získaných od lokálních populací. Studie rozsáhlého souboru mtDNA sekvencí ukázala, že Arábie byla významnou křižovatkou genového toku, a ačkoliv byla kolonizována anatomicky moderními lidmi z východní Afriky, dnešní diferenciace mezi oběma regiony je vyšší než diferenciace mezi jejich lokálními populacemi. I sahel byl v minulosti významným biokoridorem. Setkáváme se zde s populacemi různých subsistenčních strategií (kočovní pastevci a usedlí zemědělci), mezi nimiž byl genový tok značně omezen. Porovnání uniparentálně děděných lokusů u obou skupin poukazuje na odlišnou migrační aktivitu východní a západní části sahelu. Ke komplexnějšímu obrazu populační historie této oblasti přispěly také analýzy Alu elementů, které naznačily inklinaci západoafrických pastevců (Fulbů) k populacím východní Afriky. Práce ukazuje, že subsistenční...
|
|
|
Genetická diverzita a struktura populací Campanula glomerata na regionální škále v Bílých Karpatech
Černá, Mariana ; Münzbergová, Zuzana (vedoucí práce) ; Kotilínek, Milan (oponent)
Fragmentace stanovišť může negativně ovlivnit populace druhů kvůli snížené genetické diverzitě a zvýšené diferenciaci populací v důsledku izolace stanovišť, snížené velikosti populací a narušení genového toku. Řada druhů trpí fragmentací stanovišť a izolovaností a Campanula glomerata je dobrým příkladem druhu, který je na mnoha místech znatelně na ústupu kvůli změnám v obhospodařování krajiny. Otázkou je, jak modelový druh C. glomerata reaguje na tyto změny a jestli se tyto změny projeví v genetické diverzitě a struktuře populací. Cílem této práce je tedy zjistit míru genetické diverzity a odkrýt genetickou strukturu populací modelového druhu C. glomerata na malé regionální škále v Bílých Karpatech. Tento systém nám umožní srovnat populace ze dvou odlišných regionů, které byly různou mírou zasaženy zemědělskou intenzifikací a fragmentací v minulém století. Jde o jihozápadní a severovýchodní část regionu, které se od sebe liší historií managementu v krajině, kontinuitou lučních porostů, druhovým složením a přírodními podmínkami. Pro tento účel jsem vyvinula a optimalizovala celkem 16 použitelných mikrosatelitových markerů, z nichž 4 pochází od příbuzných druhů rodu Campanula a 12 bylo pro druh C. glomerata vyvinuto nově. Výsledky naznačují, že nedávná fragmentace stanovišť nevedla k významné ztrátě...
|
|
|
Krasová polje východní Hercegoviny z perspektivy ryby rodu Telestes
Doulíková, Tereza ; Vukićová, Jasna (vedoucí práce) ; Choleva, Lukáš (oponent)
Oblast Dinárského krasu na Balkáně patří mezi centra diverzity s vysokým počtem sladkovodních endemických ryb. Hlavním důvodem vysokého stupně endemismu jsou četné paleoklimatické a geologické události, které měly vliv na formování celé oblasti. Toky krasových poljí Dinárské oblasti tvoří specifický ekosystém, kterému se některé druhy ryb přizpůsobily. Polje bývají pravidelně zaplavována, což vede k aktivaci různých podzemních cest a propojení poljí. Tyto ryby tráví část roku v povrchových a část v podzemních vodách a mohou využívat podzemní toky k migraci. Cílem této diplomové práce je zhodnotit genetickou variabilitu dvou endemických druhů ryb rodu Telestes žijících v krasových poljích v oblasti východní Hercegoviny a zjistit přítomnost genového toku mezi jednotlivými populacemi důsledkem spojení podzemních toků. Pro tento účel byla izolována DNA 102 jedinců z pěti různých lokalit. Pro analýzy byl použit mitochondriální marker cytochrom b a 16 mikrosatelitů. Výsledky poukazují na velmi nízkou genetickou variabilitu mezi druhy a populacemi. Analýza mitochondriálního markeru neprokázala propojení populací jednotlivých druhů, s výjimkou možného propojení populace Telestes metohiensis z řeky Mušnica s populací z řeky Zalomka, které sdílely jeden haplotyp. Jednotlivé populace jsou pravděpodobně velmi...
|
|
|
Diverzita fotobiontů ve stélkách lišejníku Psora decipiens
Jadrná, Iva ; Škaloud, Pavel (vedoucí práce) ; Peksa, Ondřej (oponent)
Psora decipiens je charakteristickým druhem společenstva terikolních lišejníků Toninio-Psoretum decipientis rostoucím na vápenitých nebo bazických substrátech. Společenstvo sestává v různých modifikacích z lišejníků Placidium squamulosum, Toninia sedifolia, T. opuntioides, Fulgensia fulgens, F. bracteata a dalších. Fototobionti lišejníku Psora decipiens byli determinováni. Psora decipiens a Placidium sp. společně sdílí jeden druh fotobionta, běžnou terestrickou řasu Myrmecia israeliensis. Klonování ITS rDNA odhalilo velkou variabilitu M. israeliensis v rámci jedné lišejníkové stélky. Ve stélce bylo často nalezeno několik genotypů ve stélce, což odhaluje buď vysokou mutační rychlost řasy nebo neustálou relichenizaci. Saxikolní druhy Psora (P. testacea, P. himalayana, P. valesiaca a P. rubiformis) mají na rozdíl od terikolního druhu P. decipiens jako fotobionta M. biatorellae, což naznačuje možný vliv fotobiontů na substrátovou specifitu lišejníků rodu Psora . Práce se mimo jiné zamýšlí nad vhodnou metodikou používanou pro identifikaci fotobiontů. Není možné popsat pravého fotobionta bez morfologické determinace řasy přímo ve stélce nebo kultuře kombinované s jasnými molekulárními metodami. Postup identifikace fotobiontů byl dřív podceněn v případě lišejníku Psora decipiens. Klíčová slova: lišejník,...
|
|
|
Význam genetické diverzity rostlinných populací a faktory, které ji určují
Sýkorová, Mariana ; Münzbergová, Zuzana (vedoucí práce) ; Dostálek, Tomáš (oponent)
Tato práce je rešerší vědeckých článků a odborné literatury zabývající se genetickou diverzitou. V dnešní době dochází k rozsáhlým ztrátám genetické rozmanitosti, které jsou způsobené antropogenními vlivy. Projevují se zejména ztrátou adaptibility populací ke změnám vnějšího prostředí a tím i sníženou schopností populací přežívat ve svých přirozených habitatech, což může vést k vymírání těchto populací a nakonec i k riziku extinkce celého druhu. Cílem této bakalářské práce je shrnutí poznatků o problematice populační genetické diverzity rostlinných druhů, v neposlední řadě také v souvislosti se změnami hospodaření v krajině. Jsou zde vysvětleny základní ukazatele, které určují genetickou diverzitu a současně představeny faktory, které mohou potenciálně ovlivňovat genetickou diverzitu, zahrnující také faktory ovlivňující genetickou diverzitu ve vztahu k historickému stavu krajiny.
|
|
|
Diverzita rodu Blastocystis (Stramenopiles) v plazech a členovcích
Lorencová, Markéta ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Jirků, Kateřina (oponent)
Rod Blastocystis si v současnosti získává pozornost mnoha vědců, zejména parazitologů. Zástupci tohoto rodu ztratili bičíky, ale, obdobně jako zástupci příbuzných skupin Opalinidae a Proteromonadidae, jsou anaerobní a žijí endobioticky ve střevním traktu mnoha živočichů. Vzhledem k snadnému přenosu se s tímto prvokem můžeme setkat i u lidí, u kterých bývá spojován se syndromem dráždivého tračníku. Předpokládá se, že tento organismus má u lidí vysoký patogenní potenciál. Ten je dnes stále předmětem diskuse. Rod Blastocystis je pozoruhodný svou extrémně bohatou genetickou diverzitou, která mnohdy komplikuje výzkum. Navíc pojetí této genetické bohatosti je dnes nejednotné a problematické. Genetická diverzita bývá studována zejména u zástupců parazitujících u homoiotermních obratlovců. Ty dnes můžeme rozdělit do celkem 17 odlišných genetických forem, tzv. subtypů. Zástupci tohoto rodu jsou schopni parazitovat i ve střevech studenokrevných obratlovců a bezobratlých živočichů. Tyto blastocysty stojí při studiu genetické diverzity rodu Blastocystis samostatně, některé z nich jako samostatné druhy. Celkově je jejich genetická diverzita velmi málo prozkoumaná. Tato práce si klade za cíl objasnit genetickou diverzitu rodu Blastocystis. Celkem bylo studováno 38 izolátů ze studenokrevných obratlovců a...
|
|
|
Genetické vazby v okolí Rudého moře hodnocené pomocí mtDNA
Čížková, Martina ; Černý, Viktor (vedoucí práce) ; Rídl, Jakub (oponent)
Okolí Rudého moře je jedním z důležitých regionů, které nám umožňují poodkrýt stopy evoluce anatomicky moderního člověka. Kromě otázek souvisejících s jeho šířením z Afriky je tato oblast významná i z hlediska vzájemného vlivu afrických a arabských populací, které se po delším období vzájemné izolace a genetické diferenciace související s klimatickými změnami v pleistocénu a následným rozvojem námořních i pozemních tras v holocénu začaly dostávat do stále častějšího kontaktu. Ačkoliv byla v rámci této oblasti provedena již řada archeogenetických analýz, některé otázky týkající se pozdějšího vývoje zůstávají dosud nedostatečně zodpovězené, především z důvodu nedostatečného materiálového zastoupení. Tato práce je zaměřena na analýzu 200 sekvencí mtDNA čtyř súdánských populací - dvou populací kočovných pastevců Rašajda a Bedža žijící v těsném sousedství v okolí města Kassala a hovořící odlišnými jazyky a dvou populací z údolí Nilu žijící usedlým způsobem života. Prostřednictvím intrapopulační analýzy byla zjištěna mnohem vyšší diverzita u usedlých populací (v této práci jsou reprezentovány Núbijci a Araby). Při hodnocení interpopulační variability a genetických vzdáleností v rámci dalších 46 populací z oblasti Rudého moře bylo dále zjištěno, že ačkoliv žijí Rašajdové a Bedžové v současné době v těsném...
|
|
|
Ovlivnění genetické diverzity rákosových porostů strukturou říčních systémů
Fuxová, Gabriela ; Fér, Tomáš (vedoucí práce) ; Kubátová, Barbora (oponent)
Řada rostlinných druhů je vázána na biotopy související s říčním prostředím nebo krajinou ovlivňovanou řekami. Říční systémy vytváří v ekosystémech významné lineární koridory a přímo nebo nepřímo ovlivňují rozšíření řady druhů v krajině. Nabízí se tak řada otázek ohledně šíření druhů v tomto prostředí. Jednou z možností, jak hledat odpovědi na tyto otázky, je využití molekulárních metod. Pomocí 10 mikrosatelitových jaderných primerů byla provedena analýza 202 vzorků rákosu obecného ze 60 populací České republiky. Tato analýza umožnila odhalit příbuzenské vztahy mezi jedinci, získat informace o prostorovém rozložení populací a šíření rákosu obecného. Phragmites australis tvoří jak monoklonální populace, tak populace tvořené z několika klonů. Byla odhalena závislost míry klonality na prostředí, ve kterém se populace nachází. Populace rostoucí na březích řek byly spíše monoklonální, rybniční polyklonální. Jednotlivé populace vykazují vysoký stupeň izolovanosti. Nejvyšší procento variability bylo vysvětleno na mezipopulační úrovni, což je běžné u druhů lehce šiřitelných větrem. Dochází ke komunikaci mezi populacemi, ve větší míře na krátké vzdálenosti. Mezi populacemi byl nalezen důkaz vegetativního šíření na krátké vzdálenosti, mnohem častěji ale dochází ke generativnímu šíření. K šíření na velké vzdálenosti...
|
|
|
Diverzita rodu Blastocystis (Stramenopiles)
Lorencová, Markéta ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Kostka, Martin (oponent)
Ačkoli je rod Blastocystis málo známý, získává si v současné době pozornost mnoha protistologů a parazitologů. Zástupci tohoto rodu zcela ztratili bičíky, ale obdobně jako zástupci příbuzných skupin Opalinidae a Proteromonadidae, jsou anaerobní a žijí endobioticky ve střevním traktu mnoha živočichů. Vzhledem k těmto vlastnostem byla fylogenetická pozice rodu Blastocystis dlouhou dobu záhadou. B. hominis je jedním z nejběžnějších střevních parazitů lidí a celé škály živočichů. Jeho prevalence dosahuje poměrně vysokých hodnot, a to nejen v zemích třetího světa, ale i v rozvinutých státech. Díky jeho obrovské genetické diverzitě, patogennímu a zoonotickému potenciálu (B. hominis bývá často spojován se syndromem dráždivého tračníku) vzrůstá význam tohoto rodu.
|
|
|
Dispersal, distribution and genetic diversity of Melampyrum subalpinum group
CHLUMSKÝ, Jan
This thesis is focused on the dispersal, distribution, and genetic diversity of the taxonomically highly diverse Melampyrum subalpinum group. A complete revision of the localities of M. subalpinum in the Czech Republic and Slovakia is presented. The genetic variation and population structure of the M. subalpinum group across its distribution range is described based on allozymes, nuclear and chloroplast gene sequencing, and genome size. Signs of historical hybridization with M. nemorosum were found in some populations. A comparison of seed dispersal by ants between the co-occurring M. subalpinum and M. pratense and the influence of differences in this process are presented. A new mean of seed dispersal (endozoochory) is introduced for Melampyrum. Myrmecochorous dispersal distances are tested and Holocene migration possibilities are discussed taking into account endozoochory.
|
host ::
RSS.