|
|
Vývoj vybraných CD znaků a jejich role ve fylogenezi imunitního systému člověka
Podolská, Tereza ; Růžičková, Šárka (vedoucí práce) ; Vinkler, Michal (oponent)
V první části práce byl zjišťován původ vybraných povrchových CD znaků člověka, konkrétně molekul CD19, CD20, CD21, CD24, CD27 a CD38. Dále byly v práci mezidruhově porovnávány sekvence nukleotidů a aminokyselin těchto molekul pomocí in silico přístupu. Využity byly bioinformatické databáze sekvencí vybraných molekul na úrovni DNA, mRNA a proteinu, například GeneBank, NCBI BLAST, Homologene a OrthoDB. Záměrem bylo na doménové úrovni identifikovat nejpůvodnější organismy, u nichž lze sledovaný protein poprvé nalézt. V N-koncové doméně molekuly CD38 ptáků byla nalezena sekvence vykazující významnou podobnost s archebakteriální flagelinovou doménou. Tato flagelinová sekvence se u ptačí molekuly CD38 nachází v oblasti transmembránové domény, což naznačuje, že výskyt této sekvence mohl se vznikem tramsmembránové domény souviset. Použitý postup by bylo možné zařadit do komparativních hybridizačních studií jako nástroj v přípravné nelaboratorní fázi výzkumu existence paralogů a ortologů u fylogeneticky starých druhů. Klíčová slova: CD znak, imunocyt, B lymfocyt, vrozená a adaptivní imunita, databáze sekvencí, aminokyselina, nukleotid
|
|
|
Clustering of aqueous aminoacids and similar molecules in the presence of phospholipid monolayers
Kukharchuk, Alexandra ; Cwiklik, Lukasz (vedoucí práce) ; Berka, Karel (oponent)
Cílem této práce bylo prohloubit naše znalosti o chování fenylalaninu a strukturně chemicky podobných aromatických molekul (tyrosin, fenylglycin, kyselina fenyloctová) pomocí metod molekulové dynamiky. Počítačové simulace byly provedeny na rozhraní voda-vzduch a na rozhraní voda-DPPC-vzduch. Na rozhraní voda-vzduch fenylalanin, tyrosin a kyselina fenyloctová projevují povrchovou aktivitu, tyrosin se jeví jako povrchově neaktivní molekula. Na rozhraní voda-DPPC-vzduch byla pozorována interakce mezi všemi molekulami a DPPC. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
The metabolism of amino acids in parasitic and anaerobic protists
Jakubec, Dávid ; Šuťák, Róbert (vedoucí práce) ; Hrdý, Ivan (oponent)
Parazitické prvoky sú príčinou nespočetných patologických stavov a ekonomických problémov v mnohých častiach sveta. Napriek ich fylogenetickej nepríbuznosti u nich nachádzame spoločné rysy v ich prístupe k uspokojovaniu základných životných potrieb. Na rozdiel od študovanejšieho energetického metabolizmu, dráhy využitia amino kyselín sú v mnohých oblastiach neznáme. Prehľad ukazuje, že parazitický životný štyl na metabolizmus amino kyselín nemal až taký závažný dopad ako na energetický metabolizmus, ktorý je často výrazne zjednodušený. Objavili sa u nich nové dráhy biosyntézy amino kyselín tak esenciálnych, ako aj neesenciálnych u ľudí. Arginín dihydrolázová dráha u Trichomonas a Giardia predstavuje kompletne nový spôsob využitia danej amino kyseliny. Metabolizmus síru-obsahujúcich amino kyselín je predmetom intenzívnejšieho výskumu kvôli ich roliam mimo proteogenézu. Polyamíny sú dusíkaté organické látky hrajúce úlohu v mnohých procesoch v bunke, vrátane replikácie DNA a translácie proteínov. Objasnená je syntéza polyamínov a ich derivátov, ktorá ja na metabolizmus amino kyselín priamo napojená. Zrhnutie metód využívajúcich unikátne dráhy nájdené u parazitických prvokov v sebe spája predchádzajúci výskum so zavedením amino kyselinových metabolizmov ako zatiaľ nevyužitých cieľov liečiv.
|
|
|
Intramolecular and intermolecular interactions in proteins
Fačkovec, Boris ; Vondrášek, Jiří (vedoucí práce) ; Berka, Karel (oponent)
česky Volná energie sbalení proteinu představuje pozoruhodnou rovnováhu mezi stabilizujícími a destabilizujícími nekovalentními interakcemi. V této práci stabilizující energii rozkládáme na fyzikálne smysluplné příspěvky, které by jsme následne dokázali složit do konzistentního transferabilního obrazu teplotní stability. Empririckým potenciálem vypočteme interakční energie mezi fragmenty klasifikovanými na základe jejich fyzikálních vlastností na skupine 1200 neredundantních struktur z PDB databáze. Výsledkem práce je lepší pochopení vztahu mezi interakčními energiemi vypočenými metodami teoretické chemie a příspěvkami jednotlivých interakcí na této rovnováze. 1
|
|
|
Enantioseparace a derivatizace vybrané aminokyseliny.
Rozumová, Nela ; Loukotková, Lucie (oponent) ; Bosáková, Zuzana (vedoucí práce)
Enantioseparace nativní i derivatizované formy D,L-valinu byla studována s využitím chirální stacionární fáze, založené na bázi teikoplaninového chirálního selektoru. Pro enantioseparaci a kvantifikaci nederivatizovaného D,L-valinu byla nejvhodnější mobilní fáze methanol/voda 50/50 (v/v) a UV detekce při 205 nm. Byly určeny hodnoty LOD a LOQ pro L- a D-enantiomery, řádově v setinách mg/ml. Derivatizace D,L-valinu byla provedena pomocí 9-fluorenylmethylchlormravenčanu (FMOC-Cl). Optimalizovaná mobilní fáze pro enantioseparaci FMOC-D,L-valinu byla 37/63 (v/v) methanol/0,5% triethylaminoctanový pufr, pH 4,0. S fluorescenční detekcí při vlnové délce excitace 254 nm a vlnové délce emise 314 nm byla provedena kvantifikace a hodnoty LOD a LOQ pro FMOC-L- a FMOC-D-valin se pohybovaly v řádu setin až desetin g/ml. Výsledky ukazují, že po derivatizaci bylo dosaženo mnohem vyšší citlivosti detekce.
|
|
|
Analýza nástrojů pro zjišťování podobnosti terciárních struktur proteinů
Trlica, Jiří ; Vogel, Ivan (oponent) ; Bendl, Jaroslav (vedoucí práce)
Porovnání trojrozměrných struktur proteinů má zásadní význam pro molekulární biologii. Jedním z nejvýznamnějších je možnost odvodit funkci neznámého proteinu od strukturně podobného proteinu, jehož funkce je již známá. Nástrojů pro zarovnání struktur existuje celá řada. V rámci této práce bylo vybráno pouze pět z nich, lišících se různými principy výpočtu. Kvalita nástrojů byla ověřena na třech proteinech z hlavních proteinových tříd (all-α, all-β, α/β), které byly zarovnány vůči podmnožině struktur z databáze PDB čítající 2 357 proteinů. Výsledky byly vizualizovány prostřednictvím ROC křivek a nástroje srovnány podle hodnoty ploch pod těmito křivkami (metrika AUC). Podle této metriky byl nejúspěšnějším nástrojem SPALIGN.
|
|
|
Shlukování proteinových sekvencí na základě podobnosti primární struktury
Jurásek, Petr ; Stryka, Lukáš (oponent) ; Burgetová, Ivana (vedoucí práce)
Diplomová práce je zaměřena na shlukování proteinových sekvencí na základě podobnosti primárních struktur. Seznamuje s daty v podobě aminokyselin, které tvoří primární strukturu proteinů. Představuje základní algoritmy pro porovnávání podobnosti proteinových sekvencí. Popisuje shlukovou analýzu a metody shlukování. Praktickou část práce představuje návrh vzdálenostní funkce pro proteiny a implementace metod shlukování AGNES, k-means, k-medoids v jazyce Python.
|
|
| |
host ::
RSS.