|
|
Vliv výrobního prostředí na výskyt kontaminující plísně typu Penicillium u sýrů zrajících pod mazem
Veselá, Vendula ; Brázda, Václav (oponent) ; Vítová, Eva (vedoucí práce)
Tématem této diplomové práce je monitoring prostředí výrobního závodu na výrobu sýrů zrajících pod mazem se zaměřením na výskyt plísně typu Penicillium jako hlavního kontaminujícího mikroorganismu. Během celého výrobního procesu byly odebírány vzorky ovzduší ve výrobním závodě metodou spadu na vytipovaných 21 místech. Pomocí kultivačních (dle ČSN norem), mikroskopických a molekulárně diagnostických technik byl u odebraných vzorků sledován celkový počet mikroorganismů, vybrané skupiny mikroorganismů a cílový mikroorganismus (plísně rodu Penicillium). Cílem bylo zhodnotit výskyt druhů Penicillium citrinum, chrysogenum a commune v závislosti na místě odběru vzorku a času výroby. V rámci screeningu výroby byla nejprve hodnocena širší mikroflóra a až posléze byl sledován výskyt kontaminujících plísní. Pomocí makroskopických a mikroskopických metod, bylo vybráno 36 morfologicky rozdílných kolonií. Mikroskopicky byla prokázána přítomnost bakterií, kvasinek a plísní rodu Penicillium, Cladosporium a Aspergillus. Za účelem identifikace vyskytujících se mikroorganismů byla provedena analýza pomocí metody polymerázové řetězové reakce, čemuž předcházela izolace DNA pomocí NucleoSpin Microbial DNA kitu a pomocí fenolové extrakce. Na základě výsledků pozorování potvrzených polymerázovou řetězovou reakcí v reálném čase, byl zjištěn výskyt kontaminující plísně rodu Penicillium i Cladosporium již v počátku výroby. Plísně těchto rodů se vyskytují napříč celým provozem kromě jediné místnosti, která slouží jako chladírna tvarohu před formováním. Rod Aspergillus v podobě žluté plísně s bílým myceliem na okraji kolonie byl zachycen pouze jednou v sušárně, kde dochází ke zrání sýrů, a prokázán mikroskopickým pozorováním. Rod Cladosporium byl ve výrobním prostředí zachycen v pěti morfologicky odlišných formách. Rod Penicillium byl reprezentován 13 morfologicky rozdílnými koloniemi, polymerázovou řetězovou reakcí v reálném čase byla prokázána přítomnost Penicillium commune, Penicillium chrysogenum. Kromě uvedených plísní bylo zachyceno 11 morfologicky rozdílně se projevujících bakterií, z nichž byla izolována DNA. Polymerázovou reakcí v reálném čase byla tato DNA prokázána jako DNA koryneforem, u čtyř z nich se jednalo o DNA rodu Brevibacterium. Výsledky této práce kompletně mapují kontaminaci výrobního prostředí závodu, na jejich základě byly navrženy způsoby sanitace prostředí pro zajištění dekontaminace výrobního procesu.
|
|
|
Detekce patogenů u infekcí kloubů včetně totálních endoprotéz metodou BioFire (Biomérieux)
ŠTĚTINOVÁ, Lucie
Tato bakalářská práce se zabývá detekcí patogenů u infekcí kloubů včetně totálních endoprotéz metodou BioFire (Biomérieux, Francie). Tato metoda je systémem multiplexní PCR pro rychlé a komplexní vyšetření. Panel Biofire Joint Infection (BioMérieux, Francie) nabízí oproti konvenčním metodám současnou detekci až 39 patogenů a markerů antimikrobiální rezistence a to již zhruba za hodinu času. Jde o inovativní metodu, která díky své rychlosti a komplexnosti umožní klinickým mikrobiologům a lékařům činit včasná rozhodnutí v rámci vhodné antibiotické terapie. Díky včasnému a cílenému nasazení vhodného ATB bude rovněž umožněna brzká deeskalace této antibiotické terapie. Teoretická část práce pojednává o významných infekcích kloubů a kloubních náhrad, seznamuje čtenáře s nejvýznamnějšími původci těchto infekcí a část je též věnována mikrobiologické diagnostice. V praktické části je popsána klasická multiplexní PCR, FilmArray multiplexní PCR systém a s ním panel BioFire Joint Infection, jenž byl použit v analýze synoviální tekutiny u pacientů s podezřením na septickou artritis, či periprotetickou infekci. Data z analýzy jsou v praktické části též vyhodnocena. Data pochází z období od března roku 2021 do června roku 2022 a jsou v praktické části zpracována v podobě tabulek a grafů. Závěr práce shrnuje význam metody pro rutinní diagnostiku a zodpovídá stanovené výzkumné otázky.
|
|
|
Molekulárně genetická diagnostika solitárních fibrózních nádorů
ZÍTOVÁ, Lucie
Cílem této práce je vypracování odborné rešerše na téma solitárních fibrózních nádorů (SFT) a v praktické části vytvoření komplexního pohledu na jejich molekulární diagnostiku. Biologické chování SFT vykazuje spektrum od benigního až po maligní a prognóza je nejistá. Jedním z možných markerů agresivního biologického chování je mutace v promotorové oblasti genu TERT, která způsobuje reaktivaci telomerázové reverzní transkriptázy. V tomto kontextu je klíčovou hypotézou práce otázka, zda je možné na základě sekvenační analýzy promotorové oblasti genu TERT určit biologické chování nádoru. Analyzován byl soubor 33 pacientů Fakultní nemocnice v Motole a data byla statisticky zpracována.
|
|
|
Vyšetření včel na vybrané onemocnění pomocí PCR.
GREGOROVÁ, Sabina
Nosema ceranae je druh mikrosporidie, která působí negativně nejen na včelu medonosnou (Apis mellifera). Nejčastěji je přenášena koprofagií neboli pojídáním výkal při naplňění výkalových vaků. Je to celosvětově rozšířený patogen, který je považován za jednu z příčin CCD (colony collaps disorder). Méně známá Crithidia mellificae patřící do třídy Trypanosomatidae působí podobně jako N. ceranae. Oba tyto patogeny napadají střeva včel medonosných, nakažené včely slábnou a včelstvo hyne. Cílem této bakalářské práce bylo praktické vyšetření vybraných vzorků včel ze včelnice Jihočeské univerzity fakulty zemědělské a technologické pomocí metody PCR. V teoretické části popisuji Nosemu ceranae a Crithidii mellificae a jejich vliv na včely medonosné. Dále je zmíněná i cesta přenosu těchto patogenů a také potenciální léčba nakažených včelstev. V praktické části, kterou jsem vykonávala v laboratoři na katedře rostlinné výroby Fakulty zemědělské a technologické, je detailně popsán postup izolace DNA, PCR a gelová elektroforéza. V této části je také uvedeno vyhodnocení výsledků.
|
|
|
Optimalizace izolačních metod a PCR metody pro identifikaci CMS u cibule kuchyňské
PETERKA, Václav
Tato bakalářská práce se zabývá optimalizací různých metod izolace DNA z různých typů vzorků cibule kuchyňské (Allium cepa L.) a následnou detekcí lokusu Ms a detekcí cytoplazmatické samčí sterility (CMS). Jednotlivé provedené typy extrakcí DNA a jejich výsledky byly mezi sebou porovnány a vyhodnoceny. Nejkvalitnější DNA byla izolována z listů pomocí metody CTAB-PVP. Tyto testovací vzorky se také využily pro PCR pro detekci CMS a lokusu Ms za použití několika různých markerů, které se mezi sebou porovnávaly. Nejvhodnější markery se následně využily v PCR pro hlavní vzorky. Izolace DNA metodou CTAB-PVP se využila i pro další izolaci DNA z hlavních vzorků cibule kuchyňské, jimiž byly dvě sterilní linie a čtyři fertilní linie. Extrahovaná DNA z těchto vzorků se nejprve využila pro detekci lokusu Ms. Detekce se provedla pomocí markeru AcSKP1. Vzorky byly odebírány v průběhu několika týdnů. Lokus Ms byl detekován u všech vzorků (C1C6), bez ohledu na stáří rostliny. Nicméně u vzorků z linií označených jako C2, C4 a C5 byl detekován lokus Ms v různých podobách zygotnosti. Dále byly vzorky DNA využity pro detekci CMS v rostlinách a určil se typ CMS. Pro tuto detekci se využili markery cob a orfA501. Pomocí těchto markerů se zjistilo, že linie, které byly deklarovány jako sterilní (linie označeny C1 a C4) jsou skutečně sterilní a mají typ sterility CMS-T. U linií C2, C3 a C6, které byly označovány jako fertilní se detekovaly i sterilní vzorky. To znamená, že tyto linie nejsou 100% fertilní. U linie označené jako C5 nebyla detekována žádná sterilita ani u jednoho ze vzorků.
|
|
|
Vývoj metodiky pro identifikaci hmyzu určeného pro lidskou spotřebu na základě molekulárních metod
MÜLLEROVÁ, Veronika
Hmyz bývá často označován jako potravina budoucnosti. Důležitým předpokladem pro využití hmyzu jako potraviny je konstrukce přesné a spolehlivé metody detekce hmyzu. Cílem bakalářské práce bylo vyvinout molekulární metodu, podle které by se v potravinách dala ověřit přítomnost potemníka moučného (Tenebrio molitor), jenž je od roku 2021 v EU schválen ke konzumaci. Experimentální část zahrnovala optimalizaci izolace DNA potemníka moučného. Pro ověření specificity metody bylo pracováno i s potemníkem brazilským (Zophobas morio), který ke konzumaci schválen není. DNA byla izolována ze sušených larev brouků, z běžného pečiva, perníku, čokolády a rýžové kaše. Pro izolaci DNA byly provedeny 3 různé postupy. Jako vhodná metoda s nejvyšší výtěžností a čistotou DNA byla stanovena metoda izolace DNA pomocí CTAB-PVP. Následně byla provedena optimalizace složení reakční směsi a reakčního cyklu PCR včetně optimalizace annealingu primerů. Výsledky byly vizualizovány pomocí gelové elektroforézy. Výsledná metoda je přesná, specifická a vhodná pro rutinní detekci potemníka moučného v potravinách.
|
|
|
Klasický vs. bulharský jogurt – senzorická kvalita vs. chemické a mikrobiologické složení
Podloučková, Michaela ; Němcová, Andrea (oponent) ; Vítová, Eva (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá porovnáním klasického a bulharského jogurtu z hlediska obsahu těkavých látek, senzorické kvality a mikrobiálního profilu. Těkavé látky byly identifikovány a semikvantifikovány pomocí plynové chromatografie s hmotnostní detekcí ve spojení s mikroextrakcí pevnou fází, pro stanovení mikrobiálního profilu byla použita klasická kultivace a následně polymerázová řetězová reakce (PCR) v reálném čase. Senzorická analýza se skládala z hodnocení pomocí grafických stupnic, profilového a pořadového testu. V experimentální části byly vyrobeny 3 vzorky, „klasický“ bílý a bulharský jogurt vyrobené z komerčních jogurtových kultur, a tradiční bulharský jogurt dovezený přímo z Bulharska. Na základě provedené PCR analýzy byla u všech jogurtů potvrzena bakteriální DNA, pouze u jogurtu bulharského tradičního se vyskytovala také DNA kvasinek. Bulharský tradiční jogurt se tak odlišoval detekovatelnou kvasinkovou chutí, ale především kvalitativním i kvantitativním složením těkavých látek. Z celkem identifikovaných 29 sloučenin se jich v tomto jogurtu nacházelo 20; hlavní skupinu tvořily estery, zatímco u ostatních jogurtů převažovaly ketony. Ze senzorického hlediska byl nejlépe hodnocen jogurt bulharský vyrobený z komerční kultury, který měl příjemný vzhled, vůni a příjemně kyselou chuť a celkově výbornou senzorickou kvalitu.
|
|
|
Molecular identification of probiotic bacteria in milk products form commercial yoghurt cultures
Horňan, Samuel ; Fialová, Lenka (oponent) ; Smetana, Jan (vedoucí práce)
Lactic acid bacteria are considered as an important group of bacteria with probiotic effects, which are being widely used in the food industry or pharmacology. Identification and characterization of important probiotic strains play an essential role in the validation of probiotic products for commercial purposes. Their identification using molecular-biology techniques (most commonly PCR method) is one of the standard tools in commercial operations and services. The aim of this bachelor thesis is a literature review of probiotics and probiotic strains as well as a summary of current knowledge about the use of molecular biology techniques for identification of these bacteria with probiotic properties in dairy products. The experimental part of this work verifies the presence of probiotic bacteria declared on selected commercial dairy products using the polymerase chain reaction (PCR) method.
|
|
|
Využití molekulárních technik k charakterizaci kvasinek rodu Metschnikowia
Schneiderwindová, Nicole ; Brázda, Václav (oponent) ; Němcová, Andrea (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá možnostmi provedení a využití molekulárních metod k charakterizaci kvasinek rodu Metschnikowia a také aplikací metod v biotechnologiích případně v potravinářském průmyslu. V teoretické části je zaměřená na stručný popis kvasinek, zejména vybraných druhů, které se používaly během praktické části, možnosti jejich využití, a především na detailní popis všech použitých molekulárních technik. V praktické části se zaměřuje na optimalizaci použitých molekulárních metod, konkrétně metody pulzní gelové elektroforézy (PFGE) a metody denaturační gradientové gelové elektroforézy (DGGE). Na začátku byla provedena kultivace kvasinek za optimálních podmínek, které jsou pro tento rod specifické. Dále byla pomocí izolačních technik izolována jejich DNA, která byla následně podrobena zpracování pomocí metod PFGE a PCR–DGGE. Nejvíce bylo třeba optimalizovat postup izolace DNA. Bylo provedeno několik optimalizací koncentrace lyzačních enzymů, zejména pak enzymu lytikázy. Také bylo potřeba stanovit správný poměr low-melting agarosy a izolované DNA, což bylo zásadní pro správnou konzistenci izolovaných DNA bločků a pro jejich další uplatnění při PFGE analýze. Nakonec byla provedena optimalizace metody PFGE, která přinesla správné rozdělení chromozomů, díky čemuž bylo možné jednotlivé chromozomy popsat dle jejich velikosti podle použitého standardu CHEF kvasinky Hansenula wingei. Pro správnou optimalizaci samotného procesu DGGE analýzy bylo třeba nejdříve izolovat kvasinkovou DNA pomocí kitu, tato DNA byla následně použita jako templát pro PCR reakci. Byla optimalizována také teplota annealingu pro jednotlivé skupiny použitých primerů. Amplikony, které byly získány pomocí této reakce byly separovány pomocí metody DGGE. U této techniky bylo zapotřebí především optimalizace základních parametrů jako je rozsah denaturačního gradientu či celkový čas separace. Dle výsledků měření lze určit, že postup izolace DNA kvasinek a jejich následná analýza pomocí molekulárních metod pulzní gelové elektroforézy a denaturační gradientové gelové elektroforézy byla úspěšná. Podařilo se nám alespoň částečně popsat genom a určit počet chromozomů u všech použitých druhů kvasinek rodu Metschnikowia.
|
|
|
Využití magnetických nano- a mikro částic při izolaci DNA z vybraných druhů potravin
Ráčková, Lucie ; Rittich, Bohuslav (oponent) ; Kovařík, Aleš (vedoucí práce)
V práci byla ověřována mikrometoda izolace rostlinné DNA z vybraných druhů zeleniny (cibule, brokolice) a potravinových výrobků v kvalitě vhodné pro konvenční polymerázovou řetězovou reakci (PCR). Mikrometoda umožňuje izolaci DNA pomocí magnetických nosičů z hrubých lyzátů buněk, získaných přímou homogenizací rostlinných tkání. Byly porovnávány různé způsoby zpracování homogenátů. Homogenizace probíhala v lyzačním pufru s obsahem cetyltrimetylamoniumbromidu (CTAB). Byl testován vliv organických extrakčních činidel chloroform-oktanolu a isopropanolu. Z homogenátů byla DNA purifikována reverzibilní adsorpcí na magnetické částice. Byly testovány celkem čtyři různé typy magnetických částic. U izolovaných DNA bylo provedeno spektrofotometrické stanovení koncentrace a čistoty. Amplifikovatelnost DNA byla ověřena pomocí polymerázové řetězové reakce (PCR). Byly použity dvě sady specifických primerů pro rostlinnou ribosomální DNA (rDNA). Produkty PCR dlouhé 700 a 220 bp byly detegovány agarózovou gelovou elektroforézou. Byly prokázány rozdíly ve výtěžku a kvalitě DNA v závislosti na způsobu zpracování homogenátů a použitých magnetických nosičích. Navržený postup s dvěma nosiči byl testován pro izolaci DNA z potravinových výrobků obsahujících rostlinný materiál (rostlinné pomazánky). DNA se amplifikovala v PCR. Mikrometoda je vhodná pro DNA analýzu potravin.
|
host ::
RSS.